Skip to main content

Table 7 Results of the study on the sensitivity with respect to the number of experiments. Mean AUPR in the top 20 % of the possible connetions with a undirected evaluation with respect to number of experiments (# exp). The best results are highlighted. Results obtained with current version (1.0) of the package and are updated online

From: NetBenchmark: a bioconductor package for reproducible benchmarks of gene regulatory network inference

Datasource # exp ARACNE C3NET CLR GeneNet Genie3 MRNET MutRank MRNETB PCIT Zscore Random
R1 20 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.018 0.001
  50 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.056 0.046 <0.001
  200 0.008 0.004 0.010 0.181 0.035 0.010 0.060 0.010 0.226 0.179 0.001
  800 0.160 0.114 0.166 0.723 0.249 0.166 0.306 0.167 0.764 0.726 <0.001
S1 20 0.021 0.016 0.113 0.096 0.097 0.077 0.058 0.089 0.055 0.005 0.002
  50 0.027 0.020 0.129 0.099 0.122 0.091 0.060 0.110 0.057 0.017 0.002
  200 0.036 0.030 0.138 0.066 0.135 0.108 0.064 0.122 0.059 0.034 0.002
  800 0.064 0.054 0.141 0.053 0.144 0.139 0.065 0.130 0.059 0.058 0.003
S2 20 0.003 0.003 0.033 0.025 0.026 0.014 0.019 0.019 0.011 0.003 0.001
  50 0.005 0.004 0.040 0.025 0.033 0.018 0.021 0.025 0.013 0.002 0.001
  200 0.007 0.006 0.044 0.018 0.040 0.024 0.022 0.028 0.013 0.004 0.001
  800 0.011 0.010 0.045 0.010 0.044 0.028 0.022 0.027 0.012 0.013 0.001
G1 20 0.014 0.012 0.020 0.001 0.015 0.017 0.009 0.024 0.029 0.001 0.001
  50 0.051 0.047 0.078 0.056 0.065 0.064 0.020 0.063 0.048 <0.001 0.001
  200 0.136 0.127 0.160 0.083 0.122 0.164 0.038 0.090 0.061 0.001 0.001
  800 0.242 0.215 0.222 0.091 0.156 0.238 0.049 0.105 0.071 0.001 0.001
G2 20 0.012 0.010 0.022 0.001 0.012 0.017 0.007 0.025 0.023 0.001 0.001
  50 0.040 0.038 0.064 0.026 0.042 0.059 0.015 0.047 0.034 <0.001 0.001
  200 0.137 0.127 0.120 0.037 0.079 0.157 0.028 0.063 0.046 <0.001 0.001
  800 0.246 0.214 0.157 0.036 0.100 0.218 0.034 0.070 0.051 <0.001 0.001
  1. p < 0.05