Skip to main content

Table 7 Results of the study on the sensitivity with respect to the number of experiments. Mean AUPR in the top 20 % of the possible connetions with a undirected evaluation with respect to number of experiments (# exp). The best results are highlighted. Results obtained with current version (1.0) of the package and are updated online

From: NetBenchmark: a bioconductor package for reproducible benchmarks of gene regulatory network inference

Datasource

# exp

ARACNE

C3NET

CLR

GeneNet

Genie3

MRNET

MutRank

MRNETB

PCIT

Zscore

Random

R1

20

0.001

0.001

0.001

0.001

0.001

0.001

0.002

0.001

0.018

0.018

0.001

 

50

0.001

0.001

0.001

0.001

0.004

0.001

0.007

0.001

0.056

0.046

<0.001

 

200

0.008

0.004

0.010

0.181

0.035

0.010

0.060

0.010

0.226

0.179

0.001

 

800

0.160

0.114

0.166

0.723

0.249

0.166

0.306

0.167

0.764

0.726

<0.001

S1

20

0.021

0.016

0.113

0.096

0.097

0.077

0.058

0.089

0.055

0.005

0.002

 

50

0.027

0.020

0.129

0.099

0.122

0.091

0.060

0.110

0.057

0.017

0.002

 

200

0.036

0.030

0.138

0.066

0.135

0.108

0.064

0.122

0.059

0.034

0.002

 

800

0.064

0.054

0.141

0.053

0.144

0.139

0.065

0.130

0.059

0.058

0.003

S2

20

0.003

0.003

0.033

0.025

0.026

0.014

0.019

0.019

0.011

0.003

0.001

 

50

0.005

0.004

0.040

0.025

0.033

0.018

0.021

0.025

0.013

0.002

0.001

 

200

0.007

0.006

0.044

0.018

0.040

0.024

0.022

0.028

0.013

0.004

0.001

 

800

0.011

0.010

0.045

0.010

0.044

0.028

0.022

0.027

0.012

0.013

0.001

G1

20

0.014

0.012

0.020

0.001

0.015

0.017

0.009

0.024

0.029

0.001

0.001

 

50

0.051

0.047

0.078

0.056

0.065

0.064

0.020

0.063

0.048

<0.001

0.001

 

200

0.136

0.127

0.160

0.083

0.122

0.164

0.038

0.090

0.061

0.001

0.001

 

800

0.242

0.215

0.222

0.091

0.156

0.238

0.049

0.105

0.071

0.001

0.001

G2

20

0.012

0.010

0.022

0.001

0.012

0.017

0.007

0.025

0.023

0.001

0.001

 

50

0.040

0.038

0.064

0.026

0.042

0.059

0.015

0.047

0.034

<0.001

0.001

 

200

0.137

0.127

0.120

0.037

0.079

0.157

0.028

0.063

0.046

<0.001

0.001

 

800

0.246

0.214

0.157

0.036

0.100

0.218

0.034

0.070

0.051

<0.001

0.001

  1. p < 0.05