Skip to main content

Table 1 Empirical type I error rates of eight GSA tests at α=0.05 for data of two biological conditions

From: Gene set analysis using sufficient dimension reduction

Sample size   I. Homogeneity II.Heterogeneity
n Methods p=20 p=100 p=200 p=20 p=100 p=200
20 GSEA 0.112 0.108 0.096 0.142 0.096 0.102
  GT 0.048 0.058 0.048 0.046 0.044 0.042
  MVAT 0.058 0.074 0.048 0.038 0.052 0.048
  PCOT 0.050 0.046 0.044 0.038 0.052 0.028
  GSNCA 0.045 0.060 0.052 0.062 0.045 0.045
  GSCA 0.042 0.076 0.066 0.048 0.046 0.046
  SDR T 0.049 0.052 0.052 0.051 0.044 0.049
  SDR V 0.049 0.062 0.056 0.048 0.044 0.049
40 GSEA 0.094 0.086 0.092 0.138 0.114 0.092
  GT 0.054 0.044 0.044 0.058 0.050 0.042
  MVAT 0.042 0.036 0.048 0.062 0.038 0.056
  PCOT 0.056 0.058 0.058 0.046 0.064 0.056
  GSNCA 0.050 0.038 0.062 0.042 0.041 0.050
  GSCA 0.053 0.056 0.062 0.060 0.052 0.055
  SDR T 0.043 0.048 0.046 0.055 0.037 0.047
  SDR V 0.039 0.050 0.038 0.046 0.036 0.046
60 GSEA 0.138 0.112 0.090 0.136 0.114 0.098
  GT 0.046 0.058 0.052 0.052 0.068 0.044
  MVAT 0.052 0.062 0.050 0.042 0.048 0.038
  PCOT 0.058 0.074 0.048 0.046 0.056 0.060
  GSNCA 0.042 0.044 0.050 0.048 0.047 0.058
  GSCA 0.049 0.064 0.044 0.056 0.061 0.067
  SDR T 0.047 0.046 0.044 0.049 0.044 0.054
  SDR V 0.055 0.040 0.040 0.050 0.051 0.055