Skip to main content

Table 2 Empirical type I error rate of five GSA tests at α=0.05 for data with a continuous phenotype

From: Gene set analysis using sufficient dimension reduction

   α=0.01 α=0.05
(n,p,p 1) ρ 0.0 0.3 0.6 0.9 0.0 0.3 0.6 0.9
(20,20,5) GSEA 0.030 0.040 0.033 0.053 0.126 0.154 0.164 0.187
  GT 0.011 0.008 0.010 0.009 0.049 0.039 0.043 0.053
  LCT 0.010 0.008 0.014 0.008 0.047 0.047 0.066 0.037
  SDR V 0.009 0.008 0.013 0.017 0.048 0.044 0.052 0.046
  SDR T 0.014 0.011 0.010 0.017 0.055 0.053 0.049 0.055
(30,100,20) GSEA 0.021 0.036 0.035 0.057 0.110 0.147 0.178 0.188
  GT 0.010 0.013 0.005 0.009 0.053 0.044 0.050 0.067
  LCT 0.013 0.010 0.008 0.017 0.060 0.046 0.047 0.052
  SDR V 0.009 0.015 0.010 0.012 0.043 0.047 0.045 0.042
  SDR T 0.008 0.014 0.016 0.009 0.048 0.052 0.051 0.042
(50,200,40) GSEA 0.018 0.047 0.050 0.058 0.096 0.159 0.184 0.197
  GT 0.004 0.015 0.007 0.008 0.038 0.050 0.061 0.054
  LCT 0.012 0.012 0.014 0.013 0.056 0.052 0.060 0.042
  SDR V 0.010 0.008 0.007 0.008 0.059 0.039 0.045 0.048
  SDR T 0.018 0.008 0.009 0.008 0.072 0.050 0.044 0.050