BMC Bioinformatics

Table 2 Empirical type I error rate of five GSA tests at α=0.05 for data with a continuous phenotype

From: Gene set analysis using sufficient dimension reduction

		α=0.01				α=0.05
(n,p,p ₁)	ρ	0.0	0.3	0.6	0.9	0.0	0.3	0.6	0.9
(20,20,5)	GSEA	0.030	0.040	0.033	0.053	0.126	0.154	0.164	0.187
	GT	0.011	0.008	0.010	0.009	0.049	0.039	0.043	0.053
	LCT	0.010	0.008	0.014	0.008	0.047	0.047	0.066	0.037
	SDR _V	0.009	0.008	0.013	0.017	0.048	0.044	0.052	0.046
	SDR _T	0.014	0.011	0.010	0.017	0.055	0.053	0.049	0.055
(30,100,20)	GSEA	0.021	0.036	0.035	0.057	0.110	0.147	0.178	0.188
	GT	0.010	0.013	0.005	0.009	0.053	0.044	0.050	0.067
	LCT	0.013	0.010	0.008	0.017	0.060	0.046	0.047	0.052
	SDR _V	0.009	0.015	0.010	0.012	0.043	0.047	0.045	0.042
	SDR _T	0.008	0.014	0.016	0.009	0.048	0.052	0.051	0.042
(50,200,40)	GSEA	0.018	0.047	0.050	0.058	0.096	0.159	0.184	0.197
	GT	0.004	0.015	0.007	0.008	0.038	0.050	0.061	0.054
	LCT	0.012	0.012	0.014	0.013	0.056	0.052	0.060	0.042
	SDR _V	0.010	0.008	0.007	0.008	0.059	0.039	0.045	0.048
	SDR _T	0.018	0.008	0.009	0.008	0.072	0.050	0.044	0.050

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com