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Table 2 Power analysis using simulated phenotypes and SNP pairs randomly selected from the Rotterdam Study

From: CollapsABEL: an R library for detecting compound heterozygote alleles in genome-wide association studies

  Threshold 5 × 10-2 Threshold 5 × 10-8 Threshold 5 × 10-11
N β MAF a b GCDH a b GCDH GCDH
8000 0.50 0.01 0.05 0.05 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
8000 0.50 0.02 0.09 0.09 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00
8000 0.50 0.03 0.20 0.13 0.84 0.00 0.00 0.04 0.00
8000 0.50 0.04 0.31 0.40 1.00 0.00 0.00 0.22 0.04
8000 0.50 0.05 0.42 0.45 1.00 0.00 0.00 0.40 0.15
8000 0.70 0.01 0.04 0.09 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
8000 0.70 0.02 0.11 0.09 0.84 0.00 0.00 0.02 0.00
8000 0.70 0.03 0.18 0.29 1.00 0.00 0.00 0.25 0.04
8000 0.70 0.04 0.47 0.45 1.00 0.00 0.00 0.65 0.33
8000 0.70 0.05 0.67 0.75 1.00 0.00 0.00 0.95 0.76
8000 0.90 0.01 0.05 0.09 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
8000 0.90 0.02 0.20 0.15 0.96 0.00 0.00 0.09 0.00
8000 0.90 0.03 0.49 0.36 1.00 0.00 0.00 0.53 0.20
8000 0.90 0.04 0.56 0.82 1.00 0.02 0.02 0.98 0.84
8000 0.90 0.05 0.87 0.93 1.00 0.06 0.02 1.00 0.98
8000 1.10 0.01 0.02 0.09 0.67 0.00 0.00 0.00 0.00
8000 1.10 0.02 0.27 0.18 1.00 0.00 0.00 0.27 0.07
8000 1.10 0.03 0.57 0.61 1.00 0.00 0.00 0.98 0.78
8000 1.10 0.04 0.80 0.84 1.00 0.02 0.00 1.00 1.00
8000 1.10 0.05 1.00 0.98 1.00 0.06 0.15 1.00 1.00
8000 1.30 0.01 0.07 0.04 0.85 0.00 0.00 0.00 0.00
8000 1.30 0.02 0.25 0.31 1.00 0.00 0.00 0.44 0.20
8000 1.30 0.03 0.62 0.67 1.00 0.00 0.00 1.00 0.96
8000 1.30 0.04 0.89 0.93 1.00 0.02 0.00 1.00 1.00
8000 1.30 0.05 1.00 0.98 1.00 0.33 0.36 1.00 1.00
8000 1.50 0.01 0.13 0.09 0.85 0.00 0.00 0.07 0.00
8000 1.50 0.02 0.25 0.40 1.00 0.00 0.00 0.76 0.35
8000 1.50 0.03 0.78 0.78 1.00 0.00 0.00 1.00 1.00
8000 1.50 0.04 0.96 1.00 1.00 0.13 0.13 1.00 1.00
8000 1.50 0.05 1.00 1.00 1.00 0.39 0.59 1.00 1.00
11000 0.50 0.01 0.00 0.05 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00
11000 0.50 0.02 0.04 0.15 0.65 0.00 0.00 0.00 0.00
11000 0.50 0.03 0.18 0.20 0.96 0.00 0.00 0.00 0.00
11000 0.50 0.04 0.49 0.35 1.00 0.00 0.00 0.27 0.05
11000 0.50 0.05 0.56 0.60 1.00 0.00 0.00 0.78 0.44
11000 0.70 0.01 0.04 0.04 0.53 0.00 0.00 0.02 0.00
11000 0.70 0.02 0.11 0.20 0.89 0.00 0.00 0.07 0.00
11000 0.70 0.03 0.35 0.29 1.00 0.00 0.00 0.42 0.07
11000 0.70 0.04 0.51 0.62 1.00 0.00 0.00 0.95 0.76
11000 0.70 0.05 0.87 0.87 1.00 0.02 0.02 1.00 0.98
11000 0.90 0.01 0.02 0.04 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00
11000 0.90 0.02 0.20 0.35 1.00 0.00 0.00 0.33 0.09
11000 0.90 0.03 0.49 0.40 1.00 0.00 0.00 0.85 0.56
11000 0.90 0.04 0.87 0.75 1.00 0.00 0.00 1.00 0.96
11000 0.90 0.05 0.96 0.98 1.00 0.02 0.05 1.00 1.00
11000 1.10 0.01 0.13 0.05 0.76 0.00 0.00 0.00 0.00
11000 1.10 0.02 0.35 0.27 1.00 0.00 0.00 0.58 0.20
11000 1.10 0.03 0.53 0.56 1.00 0.00 0.00 1.00 0.91
11000 1.10 0.04 0.93 0.91 1.00 0.02 0.02 1.00 1.00
11000 1.10 0.05 1.00 1.00 1.00 0.27 0.24 1.00 1.00
11000 1.30 0.01 0.13 0.07 0.91 0.00 0.00 0.02 0.00
11000 1.30 0.02 0.41 0.46 1.00 0.00 0.00 0.91 0.61
11000 1.30 0.03 0.76 0.78 1.00 0.00 0.00 1.00 1.00
11000 1.30 0.04 0.98 1.00 1.00 0.11 0.16 1.00 1.00
11000 1.30 0.05 1.00 1.00 1.00 0.55 0.62 1.00 1.00
11000 1.50 0.01 0.04 0.11 0.87 0.00 0.00 0.04 0.00
11000 1.50 0.02 0.47 0.44 1.00 0.00 0.00 0.96 0.76
11000 1.50 0.03 0.89 0.91 1.00 0.02 0.05 1.00 1.00
11000 1.50 0.04 0.98 0.96 1.00 0.18 0.24 1.00 1.00
11000 1.50 0.05 1.00 1.00 1.00 0.85 0.87 1.00 1.00
  1. a: Power estimates for causal SNP a
  2. b: Power estimates for causal SNP b
  3. N: Sample size
  4. GCDH: Power estimates for the collapsed genotypes of a and b
  5. β: Coefficient used for simulation of phenotypes