TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Saal, L. H. AU - Vallon-Christersson, J. AU - Häkkinen, J. AU - Hegardt, C. AU - Grabau, D. AU - Winter, C. AU - Brueffer, C. AU - Tang, M. -. H. E. AU - Reuterswärd, C. AU - Schulz, R. AU - Karlsson, A. AU - Ehinger, A. AU - Malina, J. AU - Manjer, J. AU - Malmberg, M. AU - Larsson, C. AU - Rydén, L. AU - Loman, N. AU - Borg, Å. PY - 2015 DA - 2015// TI - The Sweden Cancerome Analysis Network - Breast (SCAN-B) initiative: a large-scale multicenter infrastructure towards implementation of breast cancer genomic analyses in the clinical routine JO - Genome Med VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-015-0131-9 DO - 10.1186/s13073-015-0131-9 ID - Saal2015 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. AU - DePristo, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The genome analysis toolkit: A MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER -