TY - JOUR AU - Noble, W. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - A quick guide to organizing computational biology projects JO - PLoS Computational Biology VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000424 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000424 ID - Noble2009 ER - TY - JOUR AU - Goecks, J. AU - Nekrutenko, A. AU - Taylor, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences JO - Genome Biology VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-8-r86 DO - 10.1186/gb-2010-11-8-r86 ID - Goecks2010 ER - TY - JOUR AU - Fisch, K. M. AU - Meißner, T. AU - Gioia, L. AU - Ducom, J. -. C. AU - Carland, T. M. AU - Loguercio, S. AU - Su, A. I. PY - 2015 DA - 2015// TI - Omics Pipe: a community-based framework for reproducible multi-omics data analysis JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv061 DO - 10.1093/bioinformatics/btv061 ID - Fisch2015 ER - TY - JOUR AU - Halbritter, F. AU - Vaidya, H. J. AU - Tomlinson, S. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - GeneProf: analysis of high-throughput sequencing experiments JO - Nature Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1809 DO - 10.1038/nmeth.1809 ID - Halbritter2012 ER - TY - JOUR AU - Reich, M. AU - Liefeld, T. AU - Gould, J. AU - Lerner, J. AU - Tamayo, P. AU - Mesirov, J. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - GenePattern 2.0. JO - Nature Genetics VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng0506-500 DO - 10.1038/ng0506-500 ID - Reich2006 ER - TY - JOUR AU - Sadedin, S. P. AU - Pope, B. AU - Oshlack, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Bpipe: a tool for running and managing bioinformatics pipelines JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts167 DO - 10.1093/bioinformatics/bts167 ID - Sadedin2012 ER - TY - JOUR AU - Goodstadt, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ruffus: a lightweight Python library for computational pipelines JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq524 DO - 10.1093/bioinformatics/btq524 ID - Goodstadt2010 ER - TY - JOUR AU - McCoy, C. O. AU - Gallagher, A. AU - Hoffman, N. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - nestly—a framework for running software with nested parameter choices and aggregating results JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts696 DO - 10.1093/bioinformatics/bts696 ID - McCoy2013 ER - TY - JOUR AU - Buske, F. A. AU - French, H. J. AU - Smith, M. A. AU - Clark, S. J. AU - Bauer, D. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - NGSANE: a lightweight production informatics framework for high-throughput data analysis JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu036 DO - 10.1093/bioinformatics/btu036 ID - Buske2014 ER - TY - JOUR AU - Yu, L. AU - Moretti, C. AU - Thrasher, A. AU - Emrich, S. AU - Judd, K. AU - Thain, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Harnessing Parallelism in Multicore Clusters with the All-Pairs, Wavefront, and Makeflow Abstractions JO - Journal of Cluster Computing VL - 13 UR - https://doi.org/10.1007/s10586-010-0134-7 DO - 10.1007/s10586-010-0134-7 ID - Yu2010 ER - TY - JOUR AU - Köster, J. AU - Rahmann, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Snakemake-a scalable bioinformatics workflow engine JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts480 DO - 10.1093/bioinformatics/bts480 ID - Köster2012 ER - TY - BOOK AU - Andrews, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data ID - Andrews2010 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biology VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Dobin, A. AU - Davis, C. A. AU - Schlesinger, F. AU - Drenkow, J. AU - Zaleski, C. AU - Jha, S. AU - Batut, P. AU - Chaisson, M. AU - Gingeras, T. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts635 DO - 10.1093/bioinformatics/bts635 ID - Dobin2013 ER - TY - STD TI - Liao Y, Smyth GK, Shi W. The Subread aligner: Fast, accurate and scalable read mapping by seed-and-vote. Nucleic Acids Research. 2013;41(10). doi:10.1093/nar/gkt214. ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - edgeR: A Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2009 ER - TY - STD TI - Kallio MA, Tuimala JT, Hupponen T, Klemelä P. Chipster: user-friendly analysis software for microarray and other high-throughput data. BMC Genomics. 2011;12. doi:10.1186/1471-2164-12-507. ID - ref17 ER - TY - STD TI - Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S, et al. The Taverna workflow suite: designing and executing workflows of Web Services on the desktop, web or in the cloud. Nucleic Acids Research. 2013:W557-61. doi:10.1093/nar/gkt328. ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. AU - Barrett, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - NCBI GEO standards and services for microarray data JO - Nature Biotechnology VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1206-1471 DO - 10.1038/nbt1206-1471 ID - Edgar2006 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Phillippy, K. H. AU - Sherman, P. M. AU - Holko, M. AU - Yefanov, A. AU - Lee, H. AU - Zhang, N. AU - Robertson, C. L. AU - Serova, N. AU - Davis, S. AU - Soboleva, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - NCBI GEO: archive for functional genomics data sets-update JO - Nucleic Acids Research VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1193 DO - 10.1093/nar/gks1193 ID - Barrett2013 ER - TY - JOUR PY - 2016 DA - 2016// TI - Database resources of the National Center for Biotechnology Information JO - Nucleic Acids Research VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1290 DO - 10.1093/nar/gkv1290 ID - ref21 ER - TY - STD TI - Hong EL, Sloan CA, Chan ET, Davidson JM, Malladi VS, Strattan JS, et al. Principles of metadata organization at the ENCODE data coordination center. Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2016;2016:baw001. doi:10.1093/database/baw001. ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Washington, N. L. AU - Stinson, E. O. AU - Perry, M. D. AU - Ruzanov, P. AU - Contrino, S. AU - Smith, R. AU - Zha, Z. AU - Lyne, R. AU - Carr, A. AU - Lloyd, P. AU - Kephart, E. AU - McKay, S. J. AU - Micklem, G. AU - Stein, L. D. AU - Lewis, S. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - The modENCODE Data Coordination Center: lessons in harvesting comprehensive experimental details JO - Database VL - 2011 UR - https://doi.org/10.1093/database/bar023 DO - 10.1093/database/bar023 ID - Washington2011 ER - TY - JOUR AU - Sansone, S. -. A. AU - Rocca-Serra, P. AU - Field, D. AU - Maguire, E. AU - Taylor, C. AU - Hofmann, O. AU - Fang, H. AU - Neumann, S. AU - Tong, W. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Begley, K. AU - Booth, T. AU - Bougueleret, L. AU - Burns, G. AU - Chapman, B. AU - Clark, T. AU - Coleman, L. -. A. AU - Copeland, J. AU - Das, S. AU - Daruvar, A. AU - Matos, P. AU - Dix, I. AU - Edmunds, S. AU - Evelo, C. T. AU - Forster, M. J. AU - Gaudet, P. AU - Gilbert, J. AU - Goble, C. AU - Griffin, J. L. AU - Jacob, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Toward interoperable bioscience data JO - Nature genetics VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.1054 DO - 10.1038/ng.1054 ID - Sansone2012 ER - TY - CHAP AU - Türker, C. AU - Stolte, E. AU - Joho, D. AU - Schlapbach, R. ED - Sarah Cohen-Boulakia, V. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - B-fabric: A data and application integration framework for life sciences research BT - Data integration in the life sciences PB - Springer CY - Berlin Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-3-540-73255-6_6 DO - 10.1007/978-3-540-73255-6_6 ID - Türker2007 ER - TY - BOOK AU - Türker, C. AU - Akal, F. AU - Joho, D. AU - Schlapbach, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - B-Fabric: An Open Source Life Sciences Data Management System PB - Springer CY - Berlin Heidelberg ID - Türker2009 ER - TY - BOOK AU - Dijkstra, E. W. PY - 1982 DA - 1982// TI - Selected Writings on Computing: A Personal Perspective PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4612-5695-3 DO - 10.1007/978-1-4612-5695-3 ID - Dijkstra1982 ER - TY - STD TI - Buschmann F, Meunier R, Rohnert H, Sommerlad P, Stal M. Pattern-Oriented Software Architecture, a System of Patterns. Chichester, UK: Wiley Publishing; 1996. ID - ref28 ER -