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Table 3 The effect of Hamming distance on the candidate motif number and occurrence probability for a pair of l-mers under the protein data

From: RefSelect: a reference sequence selection algorithm for planted (l, d) motif search

i = d H (x, x')

(13, 6)

(15, 7)

(17, 8)

(19, 9)

|M d (x, x')|

p i

|M d (x, x')|

p i

|M d (x, x')|

p i

|M d (x, x')|

p i

18

-

-

-

-

-

-

4.9 × 104

3.8 × 10−1

17

-

-

-

-

-

-

4.0 × 106

1.8 × 10−1

16

-

-

-

-

1.3 × 104

3.7 × 10−1

1.4 × 108

5.3 × 10−2

15

-

-

-

-

9.4 × 105

1.6 × 10−1

2.6 × 109

1.1 × 10−2

14

-

-

3.4 × 103

3.7 × 10−1

2.8 × 107

4.1 × 10−2

3.1 × 1010

1.8 × 10−3

13

-

-

2.2 × 105

1.4 × 10−1

4.6 × 108

7.6 × 10−3

2.4 × 1011

2.2 × 10−4

12

9.2 × 102

3.5 × 10−1

5.6 × 106

3.1 × 10−2

4.5 × 109

1.0 × 10−3

1.3 × 1012

2.1 × 10−5

11

5.1 × 104

1.1 × 10−1

7.6 × 107

4.9 × 10−3

2.9 × 1010

1.1 × 10−4

5.4 × 10 12

1.7 × 10 −6

10

1.1 × 106

2.1 × 10−2

6.0 × 108

5.6 × 10−4

1.3 × 1011

9.1 × 10−6

1.8 × 10 13

1.1 × 10 −7

9

1.2 × 107

2.8 × 10−3

3.0 × 109

4.9 × 10−5

4.4 × 10 11

6.0 × 10 −7

5.0 × 10 13

5.7 × 10 −9

8

7.0 × 107

2.7 × 10−4

1.1 × 1010

3.3 × 10−6

1.3 × 10 12

3.2 × 10 −8

1.2 × 10 14

2.5 × 10 −10

7

2.7 × 108

1.9 × 10−5

3.2 × 10 10

1.8 × 10 −7

3.1 × 10 12

1.3 × 10 −9

2.8 × 10 14

8.6 × 10 −12

6

8.3 × 10 8

9.9 × 10 −7

8.0 × 10 10

7.2 × 10 −9

7.1 × 10 12

4.4 × 10 −11

5.9 × 10 14

2.4 × 10 −13

5

2.1 × 10 9

3.9 × 10 −8

1.8 × 10 11

2.3 × 10 −10

1.5 × 10 13

1.2 × 10 −12

1.2 × 10 15

5.5 × 10 −15

4

4.7 × 10 9

1.1 × 10 −9

3.8 × 10 11

5.4 × 10 −12

3.0 × 10 13

2.4 × 10 −14

2.3 × 10 15

9.6 × 10 −17

3

9.8 × 10 9

2.4 × 10 −11

7.5 × 10 11

9.5 × 10 −14

5.7 × 10 13

3.6 × 10 −16

4.3 × 10 15

1.3 × 10 −18

2

2.0 × 10 10

3.4 × 10 −13

1.5 × 10 12

1.2 × 10 −15

1.1 × 10 14

3.8 × 10 −18

8.0 × 10 15

1.2 × 10 −20

1

4.1 × 10 10

3.0 × 10 −15

2.9 × 10 12

8.7 × 10 −18

2.1 × 10 14

2.5 × 10 −20

1.6 × 10 16

6.9 × 10 −23

0

8.4 × 10 10

1.2 × 10 −17

6.0 × 10 12

3.1 × 10 −20

4.3 × 10 14

7.6 × 10 −23

3.1 × 10 16

1.9 × 10 −25