From: Reduction strategies for hierarchical multi-label classification in protein function prediction
 | HMC-LMLP |  |  |  |  | |||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dataset | Labels | Predicted | True | NoLabels | Clus-HMC | Clus-HSC | Clus-SC | hmAnt-Miner |
\(AU(\overline {PRC})\) values | ||||||||
Cellcycle | 0.185 | 0.207 | 0.203 | 0.205 | 0.172 | 0.111 | 0.106 | 0.155 |
Church | 0.164 | 0.173 | 0.167 | 0.169 | 0.170 | 0.131 | 0.128 | 0.165 |
Derisi | 0.171 | 0.183 | 0.176 | 0.182 | 0.175 | 0.094 | 0.089 | 0.149 |
Eisen | 0.208 | 0.245 | 0.236 | 0.240 | 0.204 | 0.127 | 0.132 | 0.181 |
Gasch1 | 0.196 | 0.236 | 0.229 | 0.234 | 0.205 | 0.106 | 0.104 | 0.173 |
Gasch2 | 0.184 | 0.211 | 0.201 | 0.208 | 0.195 | 0.121 | 0.119 | 0.152 |
Pheno | 0.159 | 0.159 | 0.158 | 0.159 | 0.160 | 0.152 | 0.149 | 0.161 |
Spo | 0.172 | 0.186 | 0.180 | 0.184 | 0.186 | 0.103 | 0.098 | 0.177 |
Expr | 0.196 | 0.243 | 0.238 | 0.240 | 0.210 | 0.127 | 0.123 | 0.180 |
Seq | 0.195 | 0.236 | 0.233 | 0.232 | 0.211 | 0.091 | 0.095 | 0.186 |
\(\overline {AUPRC}_{w}\) values | ||||||||
Cellcycle | 0.145 | 0.184 | 0.178 | 0.181 | 0.142 | 0.146 | 0.146 | 0.133 |
Church | 0.118 | 0.131 | 0.129 | 0.127 | 0.129 | 0.127 | 0.128 | 0.123 |
Derisi | 0.127 | 0.146 | 0.141 | 0.144 | 0.137 | 0.125 | 0.122 | 0.132 |
Eisen | 0.163 | 0.221 | 0.210 | 0.213 | 0.183 | 0.169 | 0.173 | 0.151 |
Gasch1 | 0.157 | 0.213 | 0.207 | 0.211 | 0.176 | 0.154 | 0.153 | 0.154 |
Gasch2 | 0.142 | 0.185 | 0.174 | 0.179 | 0.156 | 0.148 | 0.147 | 0.142 |
Pheno | 0.114 | 0.125 | 0.118 | 0.123 | 0.124 | 0.125 | 0.127 | 0.121 |
Spo | 0.129 | 0.152 | 0.148 | 0.150 | 0.153 | 0.139 | 0.139 | 0.139 |
Expr | 0.167 | 0.236 | 0.232 | 0.233 | 0.179 | 0.167 | 0.167 | 0.159 |
Seq | 0.166 | 0.220 | 0.218 | 0.219 | 0.183 | 0.151 | 0.154 | 0.155 |
\(\overline {AUPRC}\) values | ||||||||
Cellcycle | 0.022 | 0.035 | 0.031 | 0.033 | 0.034 | 0.036 | 0.038 | 0.030 |
Church | 0.019 | 0.023 | 0.022 | 0.022 | 0.029 | 0.029 | 0.031 | 0.026 |
Derisi | 0.020 | 0.027 | 0.024 | 0.025 | 0.033 | 0.029 | 0.028 | 0.031 |
Eisen | 0.027 | 0.048 | 0.041 | 0.043 | 0.052 | 0.052 | 0.055 | 0.039 |
Gasch1 | 0.024 | 0.046 | 0.041 | 0.045 | 0.049 | 0.047 | 0.047 | 0.036 |
Gasch2 | 0.022 | 0.038 | 0.031 | 0.033 | 0.039 | 0.042 | 0.037 | 0.032 |
Pheno | 0.019 | 0.023 | 0.021 | 0.022 | 0.030 | 0.031 | 0.031 | 0.028 |
Spo | 0.021 | 0.027 | 0.026 | 0.026 | 0.035 | 0.038 | 0.034 | 0.032 |
Expr | 0.021 | 0.053 | 0.051 | 0.051 | 0.052 | 0.054 | 0.050 | 0.038 |
Seq | 0.019 | 0.041 | 0.041 | 0.041 | 0.053 | 0.043 | 0.042 | 0.036 |