Skip to main content

Table 2 \(AU(\overline {PRC})\), \(\overline {AUPRC}_{w}\) and \(\overline {AUPRC}\) values

From: Reduction strategies for hierarchical multi-label classification in protein function prediction

 

HMC-LMLP

    

Dataset

Labels

Predicted

True

NoLabels

Clus-HMC

Clus-HSC

Clus-SC

hmAnt-Miner

\(AU(\overline {PRC})\) values

Cellcycle

0.185

0.207

0.203

0.205

0.172

0.111

0.106

0.155

Church

0.164

0.173

0.167

0.169

0.170

0.131

0.128

0.165

Derisi

0.171

0.183

0.176

0.182

0.175

0.094

0.089

0.149

Eisen

0.208

0.245

0.236

0.240

0.204

0.127

0.132

0.181

Gasch1

0.196

0.236

0.229

0.234

0.205

0.106

0.104

0.173

Gasch2

0.184

0.211

0.201

0.208

0.195

0.121

0.119

0.152

Pheno

0.159

0.159

0.158

0.159

0.160

0.152

0.149

0.161

Spo

0.172

0.186

0.180

0.184

0.186

0.103

0.098

0.177

Expr

0.196

0.243

0.238

0.240

0.210

0.127

0.123

0.180

Seq

0.195

0.236

0.233

0.232

0.211

0.091

0.095

0.186

\(\overline {AUPRC}_{w}\) values

Cellcycle

0.145

0.184

0.178

0.181

0.142

0.146

0.146

0.133

Church

0.118

0.131

0.129

0.127

0.129

0.127

0.128

0.123

Derisi

0.127

0.146

0.141

0.144

0.137

0.125

0.122

0.132

Eisen

0.163

0.221

0.210

0.213

0.183

0.169

0.173

0.151

Gasch1

0.157

0.213

0.207

0.211

0.176

0.154

0.153

0.154

Gasch2

0.142

0.185

0.174

0.179

0.156

0.148

0.147

0.142

Pheno

0.114

0.125

0.118

0.123

0.124

0.125

0.127

0.121

Spo

0.129

0.152

0.148

0.150

0.153

0.139

0.139

0.139

Expr

0.167

0.236

0.232

0.233

0.179

0.167

0.167

0.159

Seq

0.166

0.220

0.218

0.219

0.183

0.151

0.154

0.155

\(\overline {AUPRC}\) values

Cellcycle

0.022

0.035

0.031

0.033

0.034

0.036

0.038

0.030

Church

0.019

0.023

0.022

0.022

0.029

0.029

0.031

0.026

Derisi

0.020

0.027

0.024

0.025

0.033

0.029

0.028

0.031

Eisen

0.027

0.048

0.041

0.043

0.052

0.052

0.055

0.039

Gasch1

0.024

0.046

0.041

0.045

0.049

0.047

0.047

0.036

Gasch2

0.022

0.038

0.031

0.033

0.039

0.042

0.037

0.032

Pheno

0.019

0.023

0.021

0.022

0.030

0.031

0.031

0.028

Spo

0.021

0.027

0.026

0.026

0.035

0.038

0.034

0.032

Expr

0.021

0.053

0.051

0.051

0.052

0.054

0.050

0.038

Seq

0.019

0.041

0.041

0.041

0.053

0.043

0.042

0.036

  1. Best results are highlighted in bold face