Reduction strategies for hierarchical multi-label classification in protein function prediction

BMC Bioinformatics

Table 4 Specific-classes AUPRC values and per-level \(AU(\overline {PRC})\) for the Eisen dataset

		HMC-LMLP
Level	Classes	Labels	Predicted	True	NoLabels	Clus-HMC	Clus-HSC	Clus-SC	hmAnt-Miner
AUPRC values in specific classes
2	12.01	0.198	0.760	0.744	0.761	0.582	0.655	0.651	0.565
2	10.01	0.164	0.359	0.348	0.357	0.217	0.174	0.220	0.232
2	11.02	0.265	0.347	0.325	0.337	0.248	0.247	0.266	0.221
3	12.01.01	0.173	0.786	0.771	0.779	0.609	0.724	0.706	0.570
3	11.02.03	0.239	0.345	0.314	0.330	0.236	0.244	0.215	0.212
3	14.13.01	0.054	0.327	0.255	0.247	0.177	0.123	0.159	0.153
4	11.02.03.04	0.201	0.319	0.294	0.294	0.208	0.203	0.230	0.172
4	10.01.09.05	0.063	0.211	0.190	0.192	0.123	0.103	0.150	0.101
4	11.02.03.01	0.089	0.128	0.136	0.121	0.091	0.085	0.130	0.092
Per-level \(AU(\overline {PRC})\) values
2	-	0.049	0.113	0.091	0.107	0.084	0.082	0.092	0.069
3	-	0.018	0.043	0.034	0.035	0.038	0.042	0.049	0.032
4	-	0.011	0.025	0.020	0.018	0.023	0.035	0.029	0.019
5	-	0.004	0.006	0.005	0.005	0.006	0.012	0.013	0.008
6	-	0.001	0.001	0.006	0.001	0.001	0.001	0.004	0.006

ISSN: 1471-2105