Reduction strategies for hierarchical multi-label classification in protein function prediction

BMC Bioinformatics

Table 8 Best predicted functions by HMC-LMLP-Predicted (means of AUPRC over the ten datasets)

Function	HMC-LMLP-Predicted	Clus-HMC	Function	HMC-LMLP-Predicted	Clus-HMC
01	0.493	0.421	14	0.373	0.319
01.01	0.219	0.087	14.13.01.01	0.146	0.092
01.03	0.094	0.061	16	0.292	0.260
01.05	0.269	0.199	16.01	0.148	0.109
02	0.305	0.214	16.19	0.082	0.056
10	0.389	0.316	20.01	0.239	0.216
10.01	0.214	0.165	20.01.01.01.01.01	0.146	0.004
10.01.05	0.126	0.085	30	0.075	0.061
10.01.05.01	0.104	0.058	32	0.234	0.181
10.03	0.272	0.219	32.01	0.226	0.162
10.03.02	0.107	0.063	34	0.150	0.131
10.03.01.01.03	0.012	0.010	34.11	0.107	0.083
11	0.418	0.344	34.11.03	0.095	0.068
11.02	0.274	0.216	41	0.021	0.013
11.02.03.01	0.108	0.075	42	0.280	0.250
11.04	0.204	0.143	43.01.03	0.169	0.129
11.04.01	0.222	0.126	43.01.03.05	0.122	0.093
12	0.528	0.410	–
12.01	0.592	0.448	–
12.01.01	0.612	0.463	–

ISSN: 1471-2105