Skip to main content

Table 5 ALL (2 Subtypes) – Significance comparison of size of subnetworks induced by high-variance genes in preprocessed output; p 1 = p-value using first three PCs, p 2 = p-value using PC2, PC3 only

From: GFS: fuzzy preprocessing for effective gene expression analysis

 

Raw

Scaled

Z-score

Quantile

GFS

Size

freq

p 1

p 2

freq

p 1

p 2

freq

p 1

p 2

freq

p 1

p 2

freq

p 1

p 2

2

89

0.620

0.604

94

0.476

0.482

93

0.502

0.509

92

0.527

0.532

82

0.128

0.105

3

44

0.646

0.663

44

0.646

0.663

50

0.419

0.430

44

0.646

0.663

46

0.030

0.030

4

31

0.196

0.173

32

0.162

0.153

28

0.312

0.316

29

0.268

0.259

33

0.001

0.001

5

14

0.429

0.398

13

0.509

0.487

18

0.169

0.156

17

0.226

0.193

20

0.001

0.002

6

12

0.082

0.101

15

0.018

0.024

12

0.082

0.101

14

0.032

0.038

6

0.045

0.043

7

7

0.133

0.117

7

0.133

0.117

6

0.224

0.220

9

0.035

0.030

14

0.000

0.000

8

6

0.050

0.043

6

0.050

0.043

7

0.019

0.017

5

0.098

0.097

5

0.006

0.005

9

2

0.324

0.345

2

0.324

0.345

1

0.594

0.607

4

0.061

0.069

3

0.043

0.031

10

3

0.076

0.075

1

0.451

0.449

1

0.451

0.449

1

0.451

0.449

1

0.177

0.168

11

1

0.350

0.357

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

0.129

0.117

12

1

0.300

0.278

1

0.300

0.278

1

0.300

0.278

1

0.300

0.278

1

0.066

0.083

13

-

-

-

1

0.233

0.264

1

0.233

0.264

1

0.233

0.264

-

-

-

14

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

0.021

0.019

15

-

-

-

1

0.156

0.145

1

0.156

0.145

1

0.156

0.145

-

-

-

16

1

0.133

0.139

3

0.005

0.002

2

0.038

0.027

2

0.038

0.027

1

0.002

0.005

17

3

0.006

0.001

1

0.093

0.099

2

0.020

0.018

1

0.093

0.099

1

0.003

0.002

18

-

-

-

1

0.077

0.070

1

0.077

0.070

2

0.013

0.012

1

0.000

0.001

19

3

0.001

0.001

-

-

-

1

0.008

0.007

-

-

-

2

0.000

0.000

20

1

0.035

0.041

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

21

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

0.000

0.000

22

-

-

-

1

0.008

0.007

-

-

-

-

-

-

1

0.000

0.000