Skip to main content

Table 5 ALL (2 Subtypes) – Significance comparison of size of subnetworks induced by high-variance genes in preprocessed output; p 1 = p-value using first three PCs, p 2 = p-value using PC2, PC3 only

From: GFS: fuzzy preprocessing for effective gene expression analysis

  Raw Scaled Z-score Quantile GFS
Size freq p 1 p 2 freq p 1 p 2 freq p 1 p 2 freq p 1 p 2 freq p 1 p 2
2 89 0.620 0.604 94 0.476 0.482 93 0.502 0.509 92 0.527 0.532 82 0.128 0.105
3 44 0.646 0.663 44 0.646 0.663 50 0.419 0.430 44 0.646 0.663 46 0.030 0.030
4 31 0.196 0.173 32 0.162 0.153 28 0.312 0.316 29 0.268 0.259 33 0.001 0.001
5 14 0.429 0.398 13 0.509 0.487 18 0.169 0.156 17 0.226 0.193 20 0.001 0.002
6 12 0.082 0.101 15 0.018 0.024 12 0.082 0.101 14 0.032 0.038 6 0.045 0.043
7 7 0.133 0.117 7 0.133 0.117 6 0.224 0.220 9 0.035 0.030 14 0.000 0.000
8 6 0.050 0.043 6 0.050 0.043 7 0.019 0.017 5 0.098 0.097 5 0.006 0.005
9 2 0.324 0.345 2 0.324 0.345 1 0.594 0.607 4 0.061 0.069 3 0.043 0.031
10 3 0.076 0.075 1 0.451 0.449 1 0.451 0.449 1 0.451 0.449 1 0.177 0.168
11 1 0.350 0.357 - - - - - - - - - 1 0.129 0.117
12 1 0.300 0.278 1 0.300 0.278 1 0.300 0.278 1 0.300 0.278 1 0.066 0.083
13 - - - 1 0.233 0.264 1 0.233 0.264 1 0.233 0.264 - - -
14 - - - - - - - - - - - - 1 0.021 0.019
15 - - - 1 0.156 0.145 1 0.156 0.145 1 0.156 0.145 - - -
16 1 0.133 0.139 3 0.005 0.002 2 0.038 0.027 2 0.038 0.027 1 0.002 0.005
17 3 0.006 0.001 1 0.093 0.099 2 0.020 0.018 1 0.093 0.099 1 0.003 0.002
18 - - - 1 0.077 0.070 1 0.077 0.070 2 0.013 0.012 1 0.000 0.001
19 3 0.001 0.001 - - - 1 0.008 0.007 - - - 2 0.000 0.000
20 1 0.035 0.041 - - - - - - - - - - - -
21 - - - - - - - - - - - - 1 0.000 0.000
22 - - - 1 0.008 0.007 - - - - - - 1 0.000 0.000