TY - JOUR AU - Bernstein, B. E. AU - Meissner, A. AU - Lander, E. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The mammalian epigenome JO - Cell VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.01.033 DO - 10.1016/j.cell.2007.01.033 ID - Bernstein2007 ER - TY - JOUR AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Schones, D. E. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Chepelev, I. AU - Zhao, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution profiling of histone methylations in the human genome JO - Cell VL - 129 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.009 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.009 ID - Barski2007 ER - TY - JOUR AU - Gifford, C. A. AU - Ziller, M. J. AU - Gu, H. AU - Trapnell, C. AU - Donaghey, J. AU - Tsankov, A. AU - Shalek, A. K. AU - Kelley, D. R. AU - Shishkin, A. A. AU - Issner, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptional and epigenetic dynamics during specification of human embryonic stem cells JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.037 DO - 10.1016/j.cell.2013.04.037 ID - Gifford2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, T. AU - Dent, S. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chromatin modifiers and remodellers: regulators of cellular differentiation JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3607 DO - 10.1038/nrg3607 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Kouzarides, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Chromatin modifications and their function JO - Cell VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.02.005 DO - 10.1016/j.cell.2007.02.005 ID - Kouzarides2007 ER - TY - JOUR AU - Zhou, V. W. AU - Goren, A. AU - Bernstein, B. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Charting histone modifications and the functional organization of mammalian genomes JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2905 DO - 10.1038/nrg2905 ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Vastenhouw, N. L. AU - Schier, A. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Bivalent histone modifications in early embryogenesis JO - Curr Opin Cell Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2012.03.009 DO - 10.1016/j.ceb.2012.03.009 ID - Vastenhouw2012 ER - TY - JOUR AU - Young, R. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Control of the embryonic stem cell state JO - Cell VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.01.032 DO - 10.1016/j.cell.2011.01.032 ID - Young2011 ER - TY - JOUR AU - Tsankov, A. M. AU - Gu, H. AU - Akopian, V. AU - Ziller, M. J. AU - Donaghey, J. AU - Amit, I. AU - Gnirke, A. AU - Meissner, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transcription factor binding dynamics during human es cell differentiation JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature14233 DO - 10.1038/nature14233 ID - Tsankov2015 ER - TY - JOUR AU - Xie, W. AU - Schultz, M. D. AU - Lister, R. AU - Hou, Z. AU - Rajagopal, N. AU - Ray, P. AU - Whitaker, J. W. AU - Tian, S. AU - Hawkins, R. D. AU - Leung, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Epigenomic analysis of multilineage differentiation of human embryonic stem cells JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.022 DO - 10.1016/j.cell.2013.04.022 ID - Xie2013 ER - TY - JOUR AU - Yu, P. AU - Pan, G. AU - Yu, J. AU - Thomson, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fgf2 sustains nanog and switches the outcome of bmp4-induced human embryonic stem cell differentiation JO - Cell Stem Cell VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2011.01.001 DO - 10.1016/j.stem.2011.01.001 ID - Yu2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, R. H. AU - Chen, X. AU - Li, D. S. AU - Li, R. AU - Addicks, G. C. AU - Glennon, C. AU - Zwaka, T. P. AU - Thomson, J. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Bmp4 initiates human embryonic stem cell differentiation to trophoblast JO - Nat Biotechnol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nbt761 DO - 10.1038/nbt761 ID - Xu2002 ER - TY - JOUR AU - Vodyanik, M. A. AU - Yu, J. AU - Zhang, X. AU - Tian, S. AU - Stewart, R. AU - Thomson, J. A. AU - Slukvin, I. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - A mesoderm-derived precursor for mesenchymal stem and endothelial cells JO - Cell Stem Cell VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2010.11.011 DO - 10.1016/j.stem.2010.11.011 ID - Vodyanik2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, G. AU - Gulbranson, D. R. AU - Hou, Z. AU - Bolin, J. M. AU - Ruotti, V. AU - Probasco, M. D. AU - Smuga-Otto, K. AU - Howden, S. E. AU - Diol, N. R. AU - Propson, N. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Chemically defined conditions for human ipsc derivation and culture JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1593 DO - 10.1038/nmeth.1593 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Yu, P. AU - Xiao, S. AU - Xin, X. AU - Song, C. X. AU - Huang, W. AU - McDee, D. AU - Tanaka, T. AU - Wang, T. AU - He, C. AU - Zhong, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Spatiotemporal clustering of the epigenome reveals rules of dynamic gene regulation JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.144949.112 DO - 10.1101/gr.144949.112 ID - Yu2013 ER - TY - JOUR AU - Hon, G. AU - Ren, B. AU - Wang, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Chromasig: a probabilistic approach to finding common chromatin signatures in the human genome JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000201 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000201 ID - Hon2008 ER - TY - JOUR AU - Ucar, D. AU - Hu, Q. AU - Tan, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Combinatorial chromatin modification patterns in the human genome revealed by subspace clustering JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr016 DO - 10.1093/nar/gkr016 ID - Ucar2011 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kheradpour, P. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Shoresh, N. AU - Ward, L. D. AU - Epstein, C. B. AU - Zhang, X. AU - Wang, L. AU - Issner, R. AU - Coyne, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types JO - Nature VL - 473 UR - https://doi.org/10.1038/nature09906 DO - 10.1038/nature09906 ID - Ernst2011 ER - TY - JOUR AU - Rajagopal, N. AU - Xie, W. AU - Li, Y. AU - Wagner, U. AU - Wang, W. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Ernst, J. AU - Kellis, M. AU - Ren, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rfecs: a random-forest based algorithm for enhancer identification from chromatin state JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002968 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002968 ID - Rajagopal2013 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, N. AU - Vo, A. AU - Won, K. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - A wavelet-based method to exploit epigenomic language in the regulatory region JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt467 DO - 10.1093/bioinformatics/btt467 ID - Nguyen2014 ER - TY - JOUR AU - Furey, T. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Chip–seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein–dna interactions JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3306 DO - 10.1038/nrg3306 ID - Furey2012 ER - TY - JOUR AU - Bernstein, B. E. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Costello, J. F. AU - Ren, B. AU - Milosavljevic, A. AU - Meissner, A. AU - Kellis, M. AU - Marra, M. A. AU - Beaudet, A. L. AU - Ecker, J. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - The nih roadmap epigenomics mapping consortium JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1010-1045 DO - 10.1038/nbt1010-1045 ID - Bernstein2010 ER - TY - JOUR AU - Pinello, L. AU - Xu, J. AU - Orkin, S. H. AU - Yuan, G. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Analysis of chromatin-state plasticity identifies cell-type–specific regulators of h3k27me3 patterns JO - Proc Natl Acad Sci VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1322570111 DO - 10.1073/pnas.1322570111 ID - Pinello2014 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Zang, C. AU - Rosenfeld, J. A. AU - Schones, D. E. AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Peng, W. AU - Zhang, M. Q. PY - 2008 DA - 2008// TI - Combinatorial patterns of histone acetylations and methylations in the human genome JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.154 DO - 10.1038/ng.154 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Karlić, R. AU - Chung, H. R. AU - Lasserre, J. AU - Vlahoviček, K. AU - Vingron, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Histone modification levels are predictive for gene expression JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0909344107 DO - 10.1073/pnas.0909344107 ID - Karlić2010 ER -