TY - JOUR AU - Mitchell, A. AU - Chang, H. Y. AU - Daugherty, L. AU - Fraser, M. AU - Hunter, S. AU - Lopez, R. AU - McAnulla, C. AU - McMenamin, C. AU - Nuka, G. AU - Pesseat, S. AU - Sangrador-Vegas, A. AU - Scheremetjew, M. AU - Rato, C. AU - Yong, S. Y. AU - Bateman, A. AU - Punta, M. AU - Attwood, T. K. AU - Sigrist, C. J. AU - Redaschi, N. AU - Rivoire, C. AU - Xenarios, I. AU - Kahn, D. AU - Guyot, D. AU - Bork, P. AU - Letunic, I. AU - Gough, J. AU - Oates, M. AU - Haft, D. AU - Huang, H. AU - Natale, D. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1243 DO - 10.1093/nar/gku1243 ID - Mitchell2015 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Coggill, P. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Eddy, S. R. AU - Mistry, J. AU - Mitchell, A. L. AU - Potter, S. C. AU - Punta, M. AU - Qureshi, M. AU - Sangrador-Vegas, A. AU - Salazar, G. A. AU - Tate, J. AU - Bateman, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Pfam protein families database: towards a more sustainable future JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1344 DO - 10.1093/nar/gkv1344 ID - Finn2016 ER - TY - JOUR AU - Schnoes, A. M. AU - Brown, S. D. AU - Dodevski, I. AU - Babbitt, P. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Annotation error in public databases: misannotation of molecular function in enzyme superfamilies JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000605 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000605 ID - Schnoes2009 ER - TY - JOUR AU - Overbeek, R. AU - Fonstein, M. AU - D’Souza, M. AU - Pusch, G. D. AU - Maltsev, N. PY - 1999 DA - 1999// TI - The use of gene clusters to infer functional coupling JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.6.2896 DO - 10.1073/pnas.96.6.2896 ID - Overbeek1999 ER - TY - JOUR AU - Almonacid, D. E. AU - Babbitt, P. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Toward mechanistic classification of enzyme functions JO - Curr Opin Chem Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2011.03.008 DO - 10.1016/j.cbpa.2011.03.008 ID - Almonacid2011 ER - TY - JOUR AU - Gerlt, J. A. AU - Bouvier, J. T. AU - Davidson, D. B. AU - Imker, H. J. AU - Sadkhin, B. AU - Slater, D. R. AU - Whalen, K. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Enzyme Function Initiative-Enzyme Similarity Tool (EFI-EST): A web tool for generating protein sequence similarity networks JO - Biochim Biophys Acta VL - 1854 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2015.04.015 DO - 10.1016/j.bbapap.2015.04.015 ID - Gerlt2015 ER - TY - JOUR AU - Apeltsin, L. AU - Morris, J. H. AU - Babbitt, P. C. AU - Ferrin, T. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Improving the quality of protein similarity network clustering algorithms using the network edge weight distribution JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq655 DO - 10.1093/bioinformatics/btq655 ID - Apeltsin2011 ER - TY - STD TI - Kalinka AT. The probability of drawing intersections: extending the hypergeometric distribution. arXiv preprint arXiv:13050717. 2013. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Gerlt, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Tools and strategies for discovering novel enzymes and metabolic pathways JO - Perspect Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/j.pisc.2016.07.001 DO - 10.1016/j.pisc.2016.07.001 ID - Gerlt2016 ER - TY - JOUR AU - Smoot, M. E. AU - Ono, K. AU - Ruscheinski, J. AU - Wang, P. L. AU - Ideker, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq675 DO - 10.1093/bioinformatics/btq675 ID - Smoot2011 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Schneider, D. AU - Kaiser, W. AU - Stutz, C. AU - Holinski, A. AU - Mayans, O. AU - Babinger, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - YbiB from Escherichia coli, the defining member of the novel TrpD2 family of prokaryotic DNA-binding proteins JO - J Biol Chem VL - 290 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M114.620575 DO - 10.1074/jbc.M114.620575 ID - Schneider2015 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Altman, T. AU - Billington, R. AU - Dreher, K. AU - Foerster, H. AU - Fulcher, C. A. AU - Holland, T. A. AU - Keseler, I. M. AU - Kothari, A. AU - Kubo, A. AU - Krummenacker, M. AU - Latendresse, M. AU - Mueller, L. A. AU - Ong, Q. AU - Paley, S. AU - Subhraveti, P. AU - Weaver, D. S. AU - Weerasinghe, D. AU - Zhang, P. AU - Karp, P. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1103 DO - 10.1093/nar/gkt1103 ID - Caspi2014 ER - TY - JOUR AU - Barona-Gómez, F. AU - Hodgson, D. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Occurrence of a putative ancient-like isomerase involved in histidine and tryptophan biosynthesis JO - EMBO Rep VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/sj.embor.embor771 DO - 10.1038/sj.embor.embor771 ID - Barona-Gómez2003 ER - TY - JOUR AU - Noda-García, L. AU - Camacho-Zarco, A. R. AU - Medina-Ruíz, S. AU - Gaytán, P. AU - Carrillo-Tripp, M. AU - Fülöp, V. AU - Barona-Gómez, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Evolution of substrate specificity in a recipient’s enzyme following horizontal gene transfer JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst115 DO - 10.1093/molbev/mst115 ID - Noda-García2013 ER - TY - JOUR AU - Plach, M. G. AU - Reisinger, B. AU - Sterner, R. AU - Merkl, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Long-term persistence of bi-functionality contributes to the robustness of microbial life through exaptation JO - PLoS Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1005836 DO - 10.1371/journal.pgen.1005836 ID - Plach2016 ER - TY - JOUR AU - Plach, M. G. AU - Löffler, P. AU - Merkl, R. AU - Sterner, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Conversion of anthranilate synthase into isochorismate synthase: implications for the evolution of chorismate-utilizing enzymes JO - Angew Chem Int Ed VL - 54 UR - https://doi.org/10.1002/anie.201505063 DO - 10.1002/anie.201505063 ID - Plach2015 ER - TY - JOUR AU - Meganathan, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Biosynthesis of menaquinone (vitamin K2) and ubiquinone (coenzyme Q): a perspective on enzymatic mechanisms JO - Vitam Horm VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/S0083-6729(01)61006-9 DO - 10.1016/S0083-6729(01)61006-9 ID - Meganathan2001 ER - TY - JOUR AU - Friedrich, T. PY - 1998 DA - 1998// TI - The NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) from Escherichia coli JO - Biochim Biophys Acta VL - 1364 UR - https://doi.org/10.1016/S0005-2728(98)00024-3 DO - 10.1016/S0005-2728(98)00024-3 ID - Friedrich1998 ER - TY - JOUR AU - Raymond, K. N. AU - Dertz, E. A. AU - Kim, S. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Enterobactin: an archetype for microbial iron transport JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0630018100 DO - 10.1073/pnas.0630018100 ID - Raymond2003 ER - TY - JOUR AU - Nar, H. AU - Huber, R. AU - Heizmann, C. W. AU - Thony, B. AU - Burgisser, D. PY - 1994 DA - 1994// TI - Three-dimensional structure of 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase, an enzyme involved in tetrahydrobiopterin biosynthesis JO - EMBO J VL - 13 ID - Nar1994 ER - TY - JOUR AU - Iwata-Reuyl, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Biosynthesis of the 7-deazaguanosine hypermodified nucleosides of transfer RNA JO - Bioorg Chem VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/S0045-2068(02)00513-8 DO - 10.1016/S0045-2068(02)00513-8 ID - Iwata-Reuyl2003 ER - TY - JOUR AU - Reader, J. S. AU - Metzgar, D. AU - Schimmel, P. AU - Crécy-Lagard, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identification of four genes necessary for biosynthesis of the modified nucleoside queuosine JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M310858200 DO - 10.1074/jbc.M310858200 ID - Reader2004 ER - TY - JOUR AU - Phillips, G. AU - Grochowski, L. L. AU - Bonnett, S. AU - Xu, H. AU - Bailly, M. AU - Blaby-Haas, C. AU - Yacoubi, B. AU - Iwata-Reuyl, D. AU - White, R. H. AU - Crécy-Lagard, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Functional promiscuity of the COG0720 family JO - ACS Chem Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1021/cb200329f DO - 10.1021/cb200329f ID - Phillips2012 ER - TY - JOUR AU - Zallot, R. AU - Harrison, K. J. AU - Kolaczkowski, B. AU - Crécy-Lagard, V. PY - 2016 DA - 2016// TI - Functional annotations of paralogs: a blessing and a curse JO - Life (Basel) VL - 6 ID - Zallot2016 ER - TY - JOUR AU - Rogozin, I. B. AU - Makarova, K. S. AU - Murvai, J. AU - Czabarka, E. AU - Wolf, Y. I. AU - Tatusov, R. L. AU - Szekely, L. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Connected gene neighborhoods in prokaryotic genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.10.2212 DO - 10.1093/nar/30.10.2212 ID - Rogozin2002 ER - TY - JOUR AU - Atkinson, H. J. AU - Morris, J. H. AU - Ferrin, T. E. AU - Babbitt, P. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Using sequence similarity networks for visualization of relationships across diverse protein superfamilies JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004345 DO - 10.1371/journal.pone.0004345 ID - Atkinson2009 ER - TY - JOUR AU - Dai, X. AU - Mashiguchi, K. AU - Chen, Q. AU - Kasahara, H. AU - Kamiya, Y. AU - Ojha, S. AU - DuBois, J. AU - Ballou, D. AU - Zhao, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - The biochemical mechanism of auxin biosynthesis by an arabidopsis YUCCA flavin-containing monooxygenase JO - J Biol Chem VL - 288 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M112.424077 DO - 10.1074/jbc.M112.424077 ID - Dai2013 ER - TY - STD TI - Bearne SL. The interdigitating loop of the enolase superfamily as a specificity binding determinant or ‘flying buttress’. Biochim Biophys Acta. 2017;1865:619–30. ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Jia, B. AU - Jia, X. AU - Kim, K. H. AU - Jeon, C. O. PY - 2017 DA - 2017// TI - Integrative view of 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent oxygenase diversity and functions in bacteria JO - Biochim Biophys Acta VL - 1861 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2016.12.001 DO - 10.1016/j.bbagen.2016.12.001 ID - Jia2017 ER - TY - JOUR AU - Jia, B. AU - Jia, X. AU - Hyun Kim, K. AU - Ji Pu, Z. AU - Kang, M. S. AU - Ok Jeon, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Evolutionary, computational, and biochemical studies of the salicylaldehyde dehydrogenases in the naphthalene degradation pathway JO - Sci Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/srep43489 DO - 10.1038/srep43489 ID - Jia2017 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. AU - Carter, M. S. AU - Vetting, M. W. AU - San Francisco, B. AU - Zhao, S. AU - Al-Obaidi, N. F. AU - Solbiati, J. O. AU - Thiaville, J. J. AU - Crécy-Lagard, V. AU - Jacobson, M. P. AU - Almo, S. C. AU - Gerlt, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Assignment of function to a domain of unknown function: DUF1537 is a new kinase family in catabolic pathways for acid sugars JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1605546113 DO - 10.1073/pnas.1605546113 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Huang, H. AU - Carter, M. S. AU - Vetting, M. W. AU - Al-Obaidi, N. AU - Patskovsky, Y. AU - Almo, S. C. AU - Gerlt, J. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - A general strategy for the discovery of metabolic pathways: d-threitol, l-threitol, and erythritol utilization in Mycobacterium smegmatis JO - J Am Chem Soc VL - 137 UR - https://doi.org/10.1021/jacs.5b08968 DO - 10.1021/jacs.5b08968 ID - Huang2015 ER - TY - JOUR AU - Zhao, S. AU - Sakai, A. AU - Zhang, X. AU - Vetting, M. W. AU - Kumar, R. AU - Hillerich, B. AU - San Francisco, B. AU - Solbiati, J. AU - Steves, A. AU - Brown, S. AU - Akiva, E. AU - Barber, A. AU - Seidel, R. D. AU - Babbitt, P. C. AU - Almo, S. C. AU - Gerlt, J. A. AU - Jacobson, M. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Prediction and characterization of enzymatic activities guided by sequence similarity and genome neighborhood networks JO - elife VL - 3 ID - Zhao2014 ER - TY - JOUR AU - Fong, C. AU - Rohmer, L. AU - Radey, M. AU - Wasnick, M. AU - Brittnacher, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - PSAT: a web tool to compare genomic neighborhoods of multiple prokaryotic genomes JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-170 DO - 10.1186/1471-2105-9-170 ID - Fong2008 ER - TY - JOUR AU - Faria, J. AU - Davis, J. AU - Edirisinghe, J. AU - Taylor, R. AU - Weisenhorn, P. AU - Olson, R. AU - Stevens, R. AU - Rocha, M. AU - Rocha, I. AU - Best, A. AU - DeJongh, M. AU - Tintle, M. AU - Parelo, B. AU - Overbeek, R. AU - Henry, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Computing and applying atomic regulons to understand gene expression and regulation JO - Front Microbiol VL - 7 ID - Faria2016 ER - TY - JOUR AU - Lemay, D. G. AU - Martin, W. F. AU - Hinrichs, A. S. AU - Rijnkels, M. AU - German, J. B. AU - Korf, I. AU - Pollard, K. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - G-NEST: a gene neighborhood scoring tool to identify co-conserved, co-expressed genes JO - BMC Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-253 DO - 10.1186/1471-2105-13-253 ID - Lemay2012 ER -