TY - JOUR AU - Diaconis, P. AU - Goel, S. AU - Holmes, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Horseshoes in multidimensional scaling and local kernel methods JO - Ann Appl Stat VL - 2 UR - https://doi.org/10.1214/08-AOAS165 DO - 10.1214/08-AOAS165 ID - Diaconis2008 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Cacchiarelli, D. AU - Grimsby, J. AU - Pokharel, P. AU - Li, S. AU - Morse, M. AU - Lennon, N. J. AU - Livak, K. J. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Rinn, J. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells JO - Nat Biotech VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2859 DO - 10.1038/nbt.2859 ID - Trapnell2014 ER - TY - JOUR AU - Ji, Z. AU - Ji, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - TSCAN: Pseudo-time reconstruction and evaluation in single-cell RNA-seq analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw430 DO - 10.1093/nar/gkw430 ID - Ji2016 ER - TY - JOUR AU - Shin, J. AU - Berg, D. A. AU - Zhu, Y. AU - Shin, J. Y. AU - Song, J. AU - Bonaguidi, M. A. AU - Enikolopov, G. AU - Nauen, D. W. AU - Christian, K. M. AU - Ming, G. -. L. AU - Song, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-Cell RNA-seq with waterfall reveals molecular cascades underlying adult neurogenesis JO - Cell Stem Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2015.07.013 DO - 10.1016/j.stem.2015.07.013 ID - Shin2015 ER - TY - JOUR AU - Petropoulos, S. AU - Edsgard, D. AU - Reinius, B. AU - Deng, Q. AU - Panula, S. AU - Codeluppi, S. AU - Reyes, A. P. AU - Linnarsson, S. AU - Sandberg, R. AU - Lanner, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos JO - Cell VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.03.023 DO - 10.1016/j.cell.2016.03.023 ID - Petropoulos2016 ER - TY - STD TI - Campbell K, Yau C. Bayesian Gaussian Process Latent Variable Models for pseudotime inference in single-cell RNA-seq data. bioRxiv. 2015. doi:10.1101/026872. http://www.biorxiv.org/content/early/2015/09/15/026872. UR - http://www.biorxiv.org/content/early/2015/09/15/026872 ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Campbell, K. R. AU - Yau, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Order Under Uncertainty: Robust Differential Expression Analysis Using Probabilistic Models for Pseudotime Inference JO - PLOS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005212 DO - 10.1371/journal.pcbi.1005212 ID - Campbell2016 ER - TY - JOUR AU - Reid, J. E. AU - Wernisch, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Pseudotime estimation: deconfounding single cell time series JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw372 DO - 10.1093/bioinformatics/btw372 ID - Reid2016 ER - TY - JOUR AU - Oh, M. S. AU - Raftery, A. E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Bayesian Multidimensional Scaling and Choice of Dimension JO - J Am Stat Assoc VL - 96 UR - https://doi.org/10.1198/016214501753208690 DO - 10.1198/016214501753208690 ID - Oh2001 ER - TY - JOUR AU - Bakker, R. AU - Poole, K. T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Bayesian metric multidimensional scaling JO - Polit Anal VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/pan/mps039 DO - 10.1093/pan/mps039 ID - Bakker2013 ER - TY - BOOK AU - Borg, I. AU - Groenen, P. J. F. PY - 1997 DA - 1997// TI - Modern Multidimensional Scaling: Theory and Applications PB - Springer CY - USA UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4757-2711-1 DO - 10.1007/978-1-4757-2711-1 ID - Borg1997 ER - TY - JOUR AU - Carpenter, B. AU - Gelman, A. AU - Hoffman, M. AU - Lee, D. AU - Goodrich, B. AU - Betancourt, M. AU - Brubaker, M. AU - Guo, J. AU - Li, P. AU - Riddell, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Stan: A Probabilistic Programming Language JO - J Stat Softw VL - 76 UR - https://doi.org/10.18637/jss.v076.i01 DO - 10.18637/jss.v076.i01 ID - Carpenter2017 ER - TY - STD TI - Stan Development Team. RStan: the R interface to Stan. R package version 2.14.1. 2016. http://mc-stan.org/. Accessed 25 July 2017. UR - http://mc-stan.org/ ID - ref13 ER - TY - CHAP AU - Kucukelbir, A. AU - Ranganath, R. AU - Gelman, A. AU - Blei, D. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Automatic Variational Inference in Stan BT - Proceedings of the 28th International Conference on Neural Information Processing Systems. NIPS’15 PB - MIT Press CY - Cambridge ID - Kucukelbir2015 ER - TY - JOUR AU - Gelman, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Prior distributions for variance parameters in hierarchical models (comment on article by Browne and Draper) JO - Bayesian Anal VL - 1 UR - https://doi.org/10.1214/06-BA117A DO - 10.1214/06-BA117A ID - Gelman2006 ER - TY - JOUR AU - Gelman, A. AU - Jakulin, A. AU - Pittau, M. G. AU - Su, Y. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - A weakly informative default prior distribution for logistic and other regression models JO - Ann Appl Stat VL - 2 UR - https://doi.org/10.1214/08-AOAS191 DO - 10.1214/08-AOAS191 ID - Gelman2008 ER - TY - STD TI - Garnier S. viridis: Default Color Maps from ‘matplotlib’. 2016. R package version 0.3.4. https://CRAN.R-project.org/package=viridis. Accessed 25 July 2017. UR - https://CRAN.R-project.org/package=viridis ID - ref17 ER - TY - STD TI - Sievert C, Parmer C, Hocking T, Chamberlain S, Ram K, Corvellec M, Despouy P. plotly: Create Interactive Web Graphics Via ‘plotly.js’. 2016. R package version 4.5.6. https://CRAN.R-project.org/package=plotly. Accessed 25 July 2017. UR - https://CRAN.R-project.org/package=plotly ID - ref18 ER - TY - STD TI - Galili T. heatmaply: Interactive Cluster Heat Maps Using ‘plotly’. 2017. R package version 0.10.1. https://CRAN.R-project.org/package=heatmaply. Accessed 25 July 2017. UR - https://CRAN.R-project.org/package=heatmaply ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Liiv, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Seriation and matrix reordering methods: An historical overview JO - Stat Anal Data Mining VL - 3 ID - Liiv2010 ER - TY - JOUR AU - Rajaram, S. AU - Oono, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - NeatMap - non-clustering heat map alternatives in R JO - BMC Bioinforma VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-45 DO - 10.1186/1471-2105-11-45 ID - Rajaram2010 ER - TY - JOUR AU - van der Maaten, L. J. P. AU - Hinton, G. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Visualizing high-dimensional data using t-sne JO - J Mach Learn Res VL - 9 ID - van der Maaten2008 ER - TY - JOUR AU - Abdi, H. AU - Williams, L. J. AU - Valentin, D. AU - Bennani-Dosse, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - STATIS and DISTATIS: optimum multitable principal component analysis and three way metric multidimensional scaling JO - Wiley Interdiscip Rev Comput Stat VL - 4 UR - https://doi.org/10.1002/wics.198 DO - 10.1002/wics.198 ID - Abdi2012 ER - TY - JOUR AU - Scott, D. W. AU - Sain, S. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Multidimensional Density Estimation JO - Handb Stat VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-7161(04)24009-3 DO - 10.1016/S0169-7161(04)24009-3 ID - Scott2005 ER - TY - BOOK PY - 2012 DA - 2012// TI - Multivariate Density Estimation and Visualization PB - Springer CY - Berlin, Heidelberg ID - ref25 ER - TY - STD TI - Chang W, Cheng J, Allaire J, Xie Y, McPherson J. shiny: Web Application Framework for R. 2017. R package version 1.0.3. https://CRAN.R-project.org/package=shiny. Accessed 25 July 2017. UR - https://CRAN.R-project.org/package=shiny ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Owens, N. D. L. AU - Blitz, I. L. AU - Lane, M. A. AU - Patrushev, I. AU - Overton, J. D. AU - Gilchrist, M. J. AU - Cho, K. W. Y. AU - Khokha, M. K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Measuring Absolute RNA Copy Numbers at High Temporal Resolution Reveals Transcriptome Kinetics in Development JO - Cell Rep VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2015.12.050 DO - 10.1016/j.celrep.2015.12.050 ID - Owens2016 ER - TY - JOUR AU - Sunagawa, S. AU - Coelho, L. P. AU - Chaffron, S. AU - Kultima, J. R. AU - Labadie, K. AU - Salazar, G. AU - Djahanschiri, B. AU - Zeller, G. AU - Mende, D. R. AU - Alberti, A. AU - Cornejo-Castillo, F. M. AU - Costea, P. I. AU - Cruaud, C. AU - d’Ovidio, F. AU - Engelen, S. AU - Ferrera, I. AU - Gasol, J. M. AU - Guidi, L. AU - Hildebrand, F. AU - Kokoszka, F. AU - Lepoivre, C. AU - Lima-Mendez, G. AU - Poulain, J. AU - Poulos, B. T. AU - Royo-Llonch, M. AU - Sarmento, H. AU - Vieira-Silva, S. AU - Dimier, C. AU - Picheral, M. AU - Searson, S. AU - Kandels-Lewis, S. AU - Bowler, C. AU - de Vargas, C. AU - Gorsky, G. AU - Grimsley, N. AU - Hingamp, P. AU - Iudicone, D. AU - Jaillon, O. AU - Not, F. AU - Ogata, H. AU - Pesant, S. AU - Speich, S. AU - Stemmann, L. AU - Sullivan, M. B. AU - Weissenbach, J. AU - Wincker, P. AU - Karsenti, E. AU - Raes, J. AU - Acinas, S. G. AU - Bork, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Structure and function of the global ocean microbiome JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1261359 DO - 10.1126/science.1261359 ID - Sunagawa2015 ER - TY - JOUR AU - Kostic, A. AU - Gevers, D. AU - Siljander, H. AU - Vatanen, T. AU - Hyotylainen, T. AU - Hamalainen, A. M. AU - Peet, A. AU - Tillmann, V. AU - Poho, P. AU - Mattila, I. AU - Lahdesmaki, H. AU - Franzosa, E. A. AU - Vaarala, O. AU - de Goffau, M. AU - Harmsen, H. AU - Ilonen, J. AU - Virtanen, S. M. AU - Clish, C. B. AU - Oresic, M. AU - Huttenhower, C. AU - Knip, M. AU - Xavier, R. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Dynamics of the Human Infant Gut Microbiome in Development and in Progression toward Type 1 Diabetes JO - Cell Host Microbe VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.01.001 DO - 10.1016/j.chom.2015.01.001 ID - Kostic2016 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. AU - Huttley, G. A. AU - Kelley, S. T. AU - Knights, D. AU - Koenig, J. E. AU - Ley, R. E. AU - Lozupone, C. A. AU - McDonald, D. AU - Muegge, B. D. AU - Pirrung, M. AU - Reeder, J. AU - Sevinsky, J. R. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Walters, W. A. AU - Widmann, J. AU - Yatsunenko, T. AU - Zaneveld, J. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Meth VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER -