New statistical methods for estimation of recombination fractions in F2 population

BMC Bioinformatics

Table 1 The ELS estimated frequencies of four nonsister gametes in 20 triplets of 6 dominant loci in 333 F2 mice^a

locus			frequency of non-sister gamete				Chi-square test
a	b	c	p1 = f(abc)	p2 = f(Abc)	p4 = f(aBc)	p3 = f(abC)	p-value	ratio
1	2	3	0.208668	0.086162	0.094698	0.110472	0.000339
1	2	4	0.14751	0.087958	0.160866	0.103665	0.028
1	2	5	0.200976	0.080676	0.108494	0.109854	0.00092
1	2	6	0.192229	0.084408	0.126033	0.09733	0.0023
1	3	4	0.140566	0.079252	0.181795	0.098387	0.0038
1	3	5	0.209093	0.065783	0.12237	0.102753	0.00012
1	3	6	0.16895	0.063323	0.165648	0.102079	0.0011
1	4	5	0.173539	0.100396	0.079665	0.1464	0.0069
1	4	6	0.16482	0.102771	0.113819	0.118591	0.0837	1:1:1:1
1	5	6	0.173447	0.07932	0.148645	0.098588	0.0059
2	3	4	0.141958	0.088919	0.172784	0.096339	0.012
2	3	5	0.202566	0.085775	0.112098	0.099561	0.00084
2	3	6	0.139672	0.086032	0.16843	0.105866	0.0212
2	4	5	0.173634	0.117152	0.085607	0.123607	0.0212
2	4	6	0.10113	0.133668	0.133668	0.131535	0.3134	1:1:1:1
2	5	6	0.156859	0.096648	0.142758	0.103735	0.0634	1:1:1:1
3	4	5	0.143582	0.120278	0.098137	0.138002	0.1954	1:1:1:1
3	4	6	0.105025	0.139707	0.129181	0.126086	0.3581	1:1:1:1
3	5	6	0.140841	0.109125	0.152351	0.097682	0.1028	1:1:1:1
4	5	6	0.146847	0.096392	0.156905	0.099856	0.0476

ISSN: 1471-2105