Table 6 Expected difference between the true model (for mammalian cell-cycle network) and estimated posterior probability masses. Optimal precision factor (left) and estimated precision factor (right), with c=0.5, and c=0.6

(a) c=0.5, optimal precision factor

(b) c=0.5, estimated precision factor

Method/ n

30

60

90

120

150

Method/ n

30

60

90

120

150

Jeffreys’

0.2155

0.1578

0.1300

0.1134

0.1010

Jeffreys’

0.2155

0.1578

0.1300

0.1134

0.1010

RMEP

0.1591

0.1293

0.1126

0.1020

0.0912

RMEP

0.1761

0.1381

0.1177

0.1032

0.0943

RMDIP

0.1591

0.1294

0.1126

0.1020

0.0912

RMDIP

0.1761

0.1381

0.1177

0.1032

0.0943

REMLP

0.1863

0.1436

0.1225

0.1088

0.0970

REMLP

0.2060

0.1607

0.1315

0.1120

0.1019

MKDIP-E

0.1589

0.1293

0.1126

0.1019

0.0911

MKDIP-E

0.1760

0.1381

0.1177

0.1031

0.0943

MKDIP-D

0.1591

0.1293

0.1126

0.1020

0.0912

MKDIP-D

0.1761

0.1381

0.1177

0.1032

0.0943

MKDIP-R

0.1563

0.1283

0.1118

0.1012

0.0907

MKDIP-R

0.1742

0.1392

0.1184

0.1036

0.0949

(c) c=0.6, optimal precision factor

(d) c=0.6, estimated precision factor

Method/ n

30

60

90

120

150

Method/ n

30

60

90

120

150

Jeffreys’

0.2183

0.1595

0.1322

0.1146

0.1027

Jeffreys’

0.2183

0.1595

0.1322

0.1146

0.1027

RMEP

0.1628

0.1332

0.1154

0.1039

0.0946

RMEP

0.1805

0.1408

0.1201

0.1061

0.0961

RMDIP

0.1628

0.1333

0.1154

0.1039

0.0947

RMDIP

0.1805

0.1408

0.1201

0.1061

0.0961

REMLP

0.1867

0.1471

0.1247

0.1101

0.0990

REMLP

0.2065

0.1635

0.1346

0.1166

0.1036

MKDIP-E

0.1627

0.1332

0.1154

0.1038

0.0946

MKDIP-E

0.1804

0.1408

0.1200

0.1061

0.0961

MKDIP-D

0.1628

0.1332

0.1154

0.1039

0.0946

MKDIP-D

0.1805

0.1408

0.1201

0.1061

0.0961

MKDIP-R

0.1598

0.1317

0.1144

0.1032

0.0940

MKDIP-R

0.1814

0.1421

0.1207

0.1065

0.0965