TY - JOUR AU - Mercer, T. R. AU - Gerhardt, D. J. AU - Dinger, M. E. AU - Crawford, J. AU - Trapnell, C. AU - Jeddeloh, J. A. AU - Mattick, J. S. AU - Rinn, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Targeted rna sequencing reveals the deep complexity of the human transcriptome JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2024 DO - 10.1038/nbt.2024 ID - Mercer2012 ER - TY - JOUR AU - Katayama, S. AU - Tomaru, Y. AU - Kasukawa, T. AU - Waki, K. AU - Nakanishi, M. AU - Nakamura, M. AU - Nishida, H. AU - Yap, C. C. AU - Suzuki, M. AU - Kawai, J. AU - Suzuki, H. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. AU - Wells, C. AU - Frith, M. AU - Ravasi, T. AU - Pang, K. C. AU - Hallinan, J. AU - Mattick, J. AU - Hume, D. A. AU - Lipovich, L. AU - Batalov, S. AU - Engström, P. G. AU - Mizuno, Y. AU - Faghihi, M. A. AU - Sandelin, A. AU - Chalk, A. M. AU - Mottagui-Tabar, S. AU - Liang, Z. AU - Lenhard, B. AU - Wahlestedt, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Antisense transcription in the mammalian transcriptome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112009 DO - 10.1126/science.1112009 ID - Katayama2005 ER - TY - JOUR AU - Durruthy-Durruthy, J. AU - Sebastiano, V. AU - Wossidlo, M. AU - Cepeda, D. AU - Cui, J. AU - Grow, E. J. AU - Davila, J. AU - Mall, M. AU - Wong, W. H. AU - Wysocka, J. AU - Au, K. F. AU - Reijo Pera, R. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - The primate-specific noncoding rna hpat5 regulates pluripotency during human preimplantation development and nuclear reprogramming JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3449 DO - 10.1038/ng.3449 ID - Durruthy-Durruthy2016 ER - TY - JOUR AU - Hangauer, M. J. AU - Vaughn, I. W. AU - McManus, M. T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Pervasive transcription of the human genome produces thousands of previously unidentified long intergenic noncoding rnas JO - PLoS Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003569 DO - 10.1371/journal.pgen.1003569 ID - Hangauer2013 ER - TY - STD TI - Luo H, Bu D, Sun L, Fang S, Liu Z, Zhao Y. Identification and function annotation of long intervening noncoding rnas. Brief Bioinform. 2016. doi:10.1093/bib/bbw046. UR - http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbw046 ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Cheng, J. AU - Dike, S. AU - Nix, D. A. AU - Duttagupta, R. AU - Willingham, A. T. AU - Stadler, P. F. AU - Hertel, J. AU - Hackermüller, J. AU - Hofacker, I. L. AU - Bell, I. AU - Cheung, E. AU - Drenkow, J. AU - Dumais, E. AU - Patel, S. AU - Helt, G. AU - Ganesh, M. AU - Ghosh, S. AU - Piccolboni, A. AU - Sementchenko, V. AU - Tammana, H. AU - Gingeras, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rna maps reveal new rna classes and a possible function for pervasive transcription JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138341 DO - 10.1126/science.1138341 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR AU - Xuan, G. AU - Ning, Y. AU - Xiaojun, D. AU - Jianxin, W. AU - Yi, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dime: A novel framework for de novo metagenomic sequence assembly JO - J Comput Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2014.0251 DO - 10.1089/cmb.2014.0251 ID - Xuan2015 ER - TY - JOUR AU - Birol, I. AU - Jackman, S. D. AU - Nielsen, C. B. AU - Qian, J. Q. AU - Varhol, R. AU - Stazyk, G. AU - Morin, R. D. AU - Zhao, Y. AU - Hirst, M. AU - Schein, J. E. AU - Horsman, D. E. AU - Connors, J. M. AU - Gascoyne, R. D. AU - Marra, M. A. AU - Jones, S. J. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - De novo transcriptome assembly with abyss JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp367 DO - 10.1093/bioinformatics/btp367 ID - Birol2009 ER - TY - JOUR AU - Ulitsky, I. AU - Shkumatava, A. AU - Jan, C. H. AU - Sive, H. AU - Bartel, D. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Conserved function of lincrnas in vertebrate embryonic development despite rapid sequence evolution JO - Cell VL - 147 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.11.055 DO - 10.1016/j.cell.2011.11.055 ID - Ulitsky2011 ER - TY - JOUR AU - Sati, S. AU - Ghosh, S. AU - Jain, V. AU - Scaria, V. AU - Sengupta, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide analysis reveals distinct patterns of epigenetic features in long non-coding rna loci JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks776 DO - 10.1093/nar/gks776 ID - Sati2012 ER - TY - JOUR AU - Ponjavic, J. AU - Ponting, C. P. AU - Lunter, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Functionality or transcriptional noise? evidence for selection within long noncoding rnas JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6036807 DO - 10.1101/gr.6036807 ID - Ponjavic2007 ER - TY - JOUR AU - Derrien, T. AU - Johnson, R. AU - Bussotti, G. AU - Tanzer, A. AU - Djebali, S. AU - Tilgner, H. AU - Guernec, G. AU - Martin, D. AU - Merkel, A. AU - Knowles, D. G. AU - Lagarde, J. AU - Veeravalli, L. AU - Ruan, X. AU - Ruan, Y. AU - Lassmann, T. AU - Carninci, P. AU - Brown, J. B. AU - Lipovich, L. AU - Gonzalez, J. M. AU - Thomas, M. AU - Davis, C. A. AU - Shiekhattar, R. AU - Gingeras, T. R. AU - Hubbard, T. J. AU - Notredame, C. AU - Harrow, J. AU - Guigó, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - The gencode v7 catalog of human long noncoding rnas: Analysis of their gene structure, evolution, and expression JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.132159.111 DO - 10.1101/gr.132159.111 ID - Derrien2012 ER - TY - JOUR AU - Hinton, G. AU - Dayan, P. AU - Frey, B. AU - Neal, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - The “wake-sleep” algorithm for unsupervised neural networks JO - Science VL - 268 UR - https://doi.org/10.1126/science.7761831 DO - 10.1126/science.7761831 ID - Hinton1995 ER - TY - JOUR AU - Hintonemail, G. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Learning multiple layers of representation JO - Trends Cogn Sci VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.tics.2007.09.004 DO - 10.1016/j.tics.2007.09.004 ID - Hintonemail2007 ER - TY - STD TI - Deng L, Hinton G, Kingsbury B. New types of deep neural network learning for speech recognition and related applications: an overview. In: Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), 2013 IEEE International Conference On: 2013. p. 8599–603. doi:10.1109/ICASSP.2013.6639344. UR - http://dx.doi.org/10.1109/ICASSP.2013.6639344 ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Bengio, Y. AU - Courville, A. AU - Vincent, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Representation learning: A review and new perspectives JO - IEEE Trans. Pattern Anal Mach Intell VL - 35 UR - https://doi.org/10.1109/TPAMI.2013.50 DO - 10.1109/TPAMI.2013.50 ID - Bengio2013 ER - TY - JOUR AU - Di Lena, P. AU - Nagata, K. AU - Baldi, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Deep architectures for protein contact map prediction JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts475 DO - 10.1093/bioinformatics/bts475 ID - Di Lena2012 ER - TY - JOUR AU - Eickholt, J. AU - Cheng, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Predicting protein residue-residue contacts using deep networks and boosting JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts598 DO - 10.1093/bioinformatics/bts598 ID - Eickholt2012 ER - TY - JOUR AU - Leung, M. K. K. AU - Xiong, H. Y. AU - Lee, L. J. AU - Frey, B. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Deep learning of the tissue-regulated splicing code JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu277 DO - 10.1093/bioinformatics/btu277 ID - Leung2014 ER - TY - CHAP AU - Yu, N. AU - Guo, X. AU - Gu, F. AU - Pan, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - DNA AS X: An information-coding-based model to improve the sensitivity in comparative gene analysis BT - Bioinformatics Research and Applications: 11th International Symposium, ISBRA 2015 Norfolk, USA, June 7-10, 2015 Proceedings. PB - Springer International Publishing CY - Cham ID - Yu2015 ER - TY - JOUR AU - Nair, A. S. AU - Sreenadhan, S. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - A coding measure scheme employing electron-ion interaction pseudopotential (EIIP) JO - Bioinformation VL - 1 ID - Nair2006 ER - TY - JOUR AU - Akhtar, M. AU - Epps, J. AU - Ambikairajah, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Signal processing in sequence analysis: Advances in Eukaryotic gene prediction JO - IEEE J Sel Top Signal Process VL - 2 UR - https://doi.org/10.1109/JSTSP.2008.923854 DO - 10.1109/JSTSP.2008.923854 ID - Akhtar2008 ER - TY - JOUR AU - Kauer, G. AU - Blöcker, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Applying signal theory to the analysis of biomolecules JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg273 DO - 10.1093/bioinformatics/btg273 ID - Kauer2003 ER - TY - STD TI - Rosen GL. Signal processing for bibiological-inspired gradient source localization and dna sequence analysis. PhD thesis, Georgia Institute of Technology, School of Electrical and Computer Engineering. 2006. ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Reese, M. G. AU - Eeckman, F. H. AU - Kulp, D. AU - Haussler, D. PY - 1997 DA - 1997// TI - Improved splice site detection in genie JO - J Comput Biol. VL - 4 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.1997.4.311 DO - 10.1089/cmb.1997.4.311 ID - Reese1997 ER - TY - JOUR AU - Chang, C. C. AU - Lin, C. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - LIBSVM: A library for support vector machines JO - ACM Trans Intell Syst Technol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1145/1961189.1961199 DO - 10.1145/1961189.1961199 ID - Chang2011 ER -