Table 1 SIFR BioPortal semantic resources
From: SIFR annotator: ontology-based semantic annotation of French biomedical text and clinical notes
Acronym | Name | Source/Group | Format | #Classes/#Individuals | #Props. | Linguality |
|---|---|---|---|---|---|---|
MDRFRE | Dictionnaire médical pour les activités règlementaires en matière de médicaments | UMLS/UMLS | RRF | 68,980 | 14 | FTO |
MSHFRE | Medical Subject Headings, version francaise | UMLS/UMLS | RRF | 27,879 | 6 | FTO |
MTHMSTFRE | Terminologie minimale standardisée en endoscopie digestive | UMLS/UMLS | RRF | 1700 | 1 | FTO |
STY | Réseau Sémantique UMLS | UMLS/UMLS | OWL | 133 | 0 | FTO |
CIM-10 | Classification Internationale des Maladies - 10ème révision | CISMeF/UMLS | OWL | 19,853 | 0 | FTO |
WHO-ARTFRE | Terminologie des effets indésirables | CISMeF/UMLS | OWL | 3483 | 0 | FTO |
CISP-2 | Classification Internationale des Soins Primaires, deuxième édition | CISMeF/UMLS | OWL | 745 | 4 | FTO |
CIF | Classification Internationale du Fonctionnement, du handicap et de la santé | CISMeF/UMLS | OWL | 1496 | 2 | FTO |
SNMIFRE | Systematized Nomenclature of MEDicine, version française | CISMeF/UMLS | OWL | 106,291 | 8 | FTO |
MEDLINEPLUS | MedlinePlus Health Topics | CISMeF/UMLS | OWL | 849 | 2 | FTO |
ATCFRE | Classification ATC (anatomique, thérapeutique et chimique) | CISMeF/UMLS | OWL | 5768 | 2 | FTO |
PDO | CFEF - Prenatal Diagnosis Ontology | LIMICS | OWL | 802 | 0 | FMO |
ONTOLURGENCES | Ontologie des urgences | LIMICS | OWL | 10,031 | 61 | FMO |
CCAM | Classification Commune des Actes Médicaux | CISMeF | OWL | 9663 | 8 | FOO |
ONTOPNEUMO | Ontologie de la pneumologie française. | LIMICS | OWL | 1153 | 22 | FMO |
TOP-MENELAS | Top ontologie de ONTOMENELAS | LIMICS | OWL | 339 | 298 | FMO |
LPP | Liste des Produits et Prestations | AMELI/CISMeF | OWL | 3746 | 4 | FOO |
NABM | Nomenclature des Actes de Biologie Médicale | AMELI/CISMeF | OWL | 1055 | 3 | FOO |
INM | Ontologie des Interventions Non Médicamenteuses | CEPS/LIRMM | OWL | 159 | 3 | FOO |
TRANSTHES | Thésaurus de la transfusion sanguine | INIST-CNRS/Loterre | SKOS | 2033 | 0 | FOO |
MEMOTHES | Thésaurus Psychologie cognitive de la mémoire humaine | INIST-CNRS/Loterre | SKOS | 772 | 0 | FOO |
BHN | Biologie Hors Nomenclature | LIRMM/CISMeF | OWL | 1534 | 2 | FOO |
ONTOTOXNUC | Ontology of nuclear toxicity | CEA/LIMICS | OWL | 650 | 0 | FMO |
HRDO | Ontologie des maladies rares humaines | INSERM/LIMICS | OWL | 135,939 | 20 | FMO |
MUEVO | Vocabulaire multi-expertise (patient/médecin) dédié au cancer du sein | LIRMM | SKOS | 306 | 18 | FOO |
ONL-MR-DA | Ontologie des l’acquisition de jeux de données IRM | NEUROLOG | OWL | 702 | 244 | FOO |
ONL-DP | Ontologie des traitements de jeux de données | NEUROLOG | OWL | 541 | 220 | FOO |
ONL-CORE-MSA | Ontologie noyau des instruments pour l’évaluation des états mentaux | NEUROLOG | OWL | 329 | 249 | FOO |
Average | 13,661.2 | 46.2 | Â | |||
Total | 387,623 | 1206 | Â | |||