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Table 1 SIFR BioPortal semantic resources

From: SIFR annotator: ontology-based semantic annotation of French biomedical text and clinical notes

Acronym Name Source/Group Format #Classes/#Individuals #Props. Linguality
MDRFRE Dictionnaire médical pour les activités règlementaires en matière de médicaments UMLS/UMLS RRF 68,980 14 FTO
MSHFRE Medical Subject Headings, version francaise UMLS/UMLS RRF 27,879 6 FTO
MTHMSTFRE Terminologie minimale standardisée en endoscopie digestive UMLS/UMLS RRF 1700 1 FTO
STY Réseau Sémantique UMLS UMLS/UMLS OWL 133 0 FTO
CIM-10 Classification Internationale des Maladies - 10ème révision CISMeF/UMLS OWL 19,853 0 FTO
WHO-ARTFRE Terminologie des effets indésirables CISMeF/UMLS OWL 3483 0 FTO
CISP-2 Classification Internationale des Soins Primaires, deuxième édition CISMeF/UMLS OWL 745 4 FTO
CIF Classification Internationale du Fonctionnement, du handicap et de la santé CISMeF/UMLS OWL 1496 2 FTO
SNMIFRE Systematized Nomenclature of MEDicine, version française CISMeF/UMLS OWL 106,291 8 FTO
MEDLINEPLUS MedlinePlus Health Topics CISMeF/UMLS OWL 849 2 FTO
ATCFRE Classification ATC (anatomique, thérapeutique et chimique) CISMeF/UMLS OWL 5768 2 FTO
PDO CFEF - Prenatal Diagnosis Ontology LIMICS OWL 802 0 FMO
ONTOLURGENCES Ontologie des urgences LIMICS OWL 10,031 61 FMO
CCAM Classification Commune des Actes Médicaux CISMeF OWL 9663 8 FOO
ONTOPNEUMO Ontologie de la pneumologie française. LIMICS OWL 1153 22 FMO
TOP-MENELAS Top ontologie de ONTOMENELAS LIMICS OWL 339 298 FMO
LPP Liste des Produits et Prestations AMELI/CISMeF OWL 3746 4 FOO
NABM Nomenclature des Actes de Biologie Médicale AMELI/CISMeF OWL 1055 3 FOO
INM Ontologie des Interventions Non Médicamenteuses CEPS/LIRMM OWL 159 3 FOO
TRANSTHES Thésaurus de la transfusion sanguine INIST-CNRS/Loterre SKOS 2033 0 FOO
MEMOTHES Thésaurus Psychologie cognitive de la mémoire humaine INIST-CNRS/Loterre SKOS 772 0 FOO
BHN Biologie Hors Nomenclature LIRMM/CISMeF OWL 1534 2 FOO
ONTOTOXNUC Ontology of nuclear toxicity CEA/LIMICS OWL 650 0 FMO
HRDO Ontologie des maladies rares humaines INSERM/LIMICS OWL 135,939 20 FMO
MUEVO Vocabulaire multi-expertise (patient/médecin) dédié au cancer du sein LIRMM SKOS 306 18 FOO
ONL-MR-DA Ontologie des l’acquisition de jeux de données IRM NEUROLOG OWL 702 244 FOO
ONL-DP Ontologie des traitements de jeux de données NEUROLOG OWL 541 220 FOO
ONL-CORE-MSA Ontologie noyau des instruments pour l’évaluation des états mentaux NEUROLOG OWL 329 249 FOO
Average 13,661.2 46.2  
Total 387,623 1206