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Table 9 Mapping of datasets to EC classification at 4 levels

From: Representativeness of variation benchmark datasets

dataset

number of variants with EC numbers

% of total number of variants

KS 1st level

KS 2nd level

KS 3rd level

KS 4th level

DS1

92,063

20.64

0.17 (0.99996)

0.16 (0.41923)

0.15 (0.04553)

0.41 (< 10− 4)

DS2

4665

19.71

0.17 (0.99996)

0.15 (0.57158)

0.22 (0.00050)

0.43 (< 10− 4)

DS3

7190

37.19

0.33 (0.80956)

0.27 (0.02676)

0.42 (< 10− 4)

0.81 (< 10− 4)

DS4

4754

24.43

0.17 (0.99996)

0.15 (0.57158)

0.23 (0.00020)

0.44 (< 10− 4)

DS5

6951

47.58

0.33 (0.80956)

0.27 (0.02676)

0.43 (< 10− 4)

0.82 (< 10− 4)

DS6

3911

22.19

0.17 (0.99996)

0.11 (0.88044)

0.16 (0.01740)

0.54 (< 10− 4)

DS7

6744

38.48

0.33 (0.80956)

0.27 (0.02676)

0.43 (< 10− 4)

0.83 (< 10− 4)

DS8

3552

24.25

0.17 (0.99996)

0.13 (0.73544)

0.17 (0.01232)

0.55 (< 10− 4)

DS9

6485

49.52

0.33 (0.80956)

0.27 (0.02676)

0.44 (< 10−4)

0.83 (< 10− 4)

DS10

3035

23.23

0.17 (0.99996)

0.13 (0.73544)

0.18 (0.00596)

0.53 (< 10−4)

DS11

6445

51.22

0.33 (0.80956)

0.31 (0.00785)

0.45 (< 10−4)

0.83 (< 10− 4)

DS12

455

28.35

0.17 (0.99996)

0.73 (< 10−4)

0.85 (< 10− 4)

0.97 (< 10− 4)

DS13

320

24.60

0.50 (0.31803)

0.82 (< 10−4)

0.92 (< 10− 4)

0.99 (< 10− 4)

DS14

1758

20.29

0.17 (0.99996)

0.22 (0.12644)

0.30 (< 10−4)

0.65 (< 10− 4)

DS15

3880

54.26

0.33 (0.80956)

0.29 (0.01477)

0.44 (< 10−4)

0.81 (< 10− 4)

DS16

264

25.07

0.50 (0.31803)

0.75 (< 10−4)

0.87 (< 10− 4)

0.98 (< 10− 4)

DS17

207

27.56

0.50 (0.31803)

0.85 (< 10−4)

0.93 (< 10− 4)

0.99 (< 10− 4)

DS18

4585

28.48

0.33 (0.80956)

0.18 (0.29309)

0.29 (< 10−4)

0.65 (< 10− 4)

DS19

2283

22.24

0.33 (0.80956)

0.20 (0.19638)

0.26 (< 10−4)

0.67 (< 10− 4)

DS20

3142

35.50

0.50 (0.31803)

0.13 (0.73544)

0.24 (< 10−4)

0.64 (< 10− 4)

DS21

12,723

31.50

0.33 (0.80956)

0.13 (0.73544)

0.19 (0.00407)

0.60 (< 10−4)

DS22

4841

22.89

0.17 (0.99996)

0.11 (0.88044)

0.22 (0.0032)

0.43 (< 10−4)

DS23

8710

39.24

0.33 (0.80956)

0.16 (0.41923)

0.35 (< 10−4)

0.72 (< 10− 4)

DS24

24,218

32.27

0.17 (0.99996)

0.09 (0.97024)

0.16 (0.01740)

0.57 (< 10−4)

  1. ap-value between brackets