TY - JOUR AU - Pollack, J. R. AU - Sorlie, T. AU - Perou, C. M. AU - Rees, C. A. AU - Jeffrey, S. S. AU - Lonning, P. E. AU - Tibshirani, R. AU - Botstein, D. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Brown, P. O. PY - 2002 DA - 2002// TI - Microarray analysis reveals a major direct role of DNA copy number alteration in the transcriptional program of human breast tumors JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.162471999 DO - 10.1073/pnas.162471999 ID - Pollack2002 ER - TY - JOUR AU - Beroukhim, R. AU - Mermel, C. H. AU - Porter, D. AU - Wei, G. AU - Raychaudhuri, S. AU - Donovan, J. AU - Barretina, J. AU - Boehm, J. S. AU - Dobson, J. AU - Urashima, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The landscape of somatic copy-number alteration across human cancers JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08822 DO - 10.1038/nature08822 ID - Beroukhim2010 ER - TY - JOUR AU - Olshen, A. B. AU - Venkatraman, E. S. AU - Lucito, R. AU - Wigler, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Circular binary segmentation for the analysis of array-based DNA copy number data JO - Biostatistics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxh008 DO - 10.1093/biostatistics/kxh008 ID - Olshen2004 ER - TY - JOUR AU - Venkatraman, E. S. AU - Olshen, A. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - A faster circular binary segmentation algorithm for the analysis of array CGH data JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl646 DO - 10.1093/bioinformatics/btl646 ID - Venkatraman2007 ER - TY - JOUR AU - Fridlyand, J. AU - Snijders, A. M. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. AU - Jain, A. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Hidden Markov models approach to the analysis of array CGH data JO - J Multivar Anal VL - 90 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmva.2004.02.008 DO - 10.1016/j.jmva.2004.02.008 ID - Fridlyand2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, H. AU - Xing, H. AU - Zhang, N. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Estimation of parent specific DNA copy number in tumors using high-density genotyping arrays JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001060 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001060 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Greenman, C. D. AU - Bignell, G. AU - Butler, A. AU - Edkins, S. AU - Hinton, J. AU - Beare, D. AU - Swamy, S. AU - Santarius, T. AU - Chen, L. AU - Widaa, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - PICNIC: an algorithm to predict absolute allelic copy number variation with microarray cancer data JO - Biostatistics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxp045 DO - 10.1093/biostatistics/kxp045 ID - Greenman2010 ER - TY - JOUR AU - Sun, W. AU - Wright, F. A. AU - Tang, Z. AU - Nordgard, S. H. AU - Van, L. P. AU - Yu, T. AU - Kristensen, V. N. AU - Perou, C. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Integrated study of copy number states and genotype calls using high-density SNP arrays JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp493 DO - 10.1093/nar/gkp493 ID - Sun2009 ER - TY - JOUR AU - Harchaoui, Z. AU - Lévy-Leduc, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Catching change-points with lasso JO - Adv Neural Inf Proces Syst VL - 22 ID - Harchaoui2007 ER - TY - JOUR AU - Harchaoui, Z. AU - Lévy-Leduc, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Multiple change-point estimation with a Total variation penalty JO - J Am Stat Assoc VL - 105 UR - https://doi.org/10.1198/jasa.2010.tm09181 DO - 10.1198/jasa.2010.tm09181 ID - Harchaoui2010 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. AU - Saunders, M. AU - Rosset, S. AU - Zhu, J. AU - Knight, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sparsity and smoothness via the fused lasso JO - J R Stat Soc VL - 67 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-9868.2005.00490.x DO - 10.1111/j.1467-9868.2005.00490.x ID - Tibshirani2005 ER - TY - JOUR AU - Nilsen, G. AU - Liestol, K. AU - Loo, P. AU - Moen Vollan, H. K. AU - Eide, M. B. AU - Rueda, O. M. AU - Chin, S. F. AU - Russell, R. AU - Baumbusch, L. O. AU - Caldas, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Copynumber: efficient algorithms for single- and multi-track copy number segmentation JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-591 DO - 10.1186/1471-2164-13-591 ID - Nilsen2012 ER - TY - STD TI - Rigaill G. A pruned dynamic programming algorithm to recover the best segmentations with 1 to Kmax change-points. Journal de la Société Française de Statistique. 2015;156(4):180-205. ID - ref13 ER - TY - STD TI - Rigaill G. Pruned dynamic programming for optimal multiple change-point detection. 2010. arXiv preprint arXiv:1004.0887. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Yu, G. Q. AU - Zhang, B. AU - Bova, G. S. AU - Xu, J. F. AU - Shih, I. M. AU - Wang, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - BACOM: in silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr183 DO - 10.1093/bioinformatics/btr183 ID - Yu2011 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. AU - Yu, G. AU - Levine, D. A. AU - Wang, N. AU - Shih Ie, M. AU - Zhang, Z. AU - Clarke, R. AU - Wang, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - BACOM2.0 facilitates absolute normalization and quantification of somatic copy number alterations in heterogeneous tumor JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep13955 DO - 10.1038/srep13955 ID - Fu2015 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. AU - Yang, G. AU - Tang, G. PY - 1979 DA - 1979// TI - A fast two-dimensional median filtering algorithm JO - IEEE Transactions Acoustics Speech Signal Process VL - 27 UR - https://doi.org/10.1109/TASSP.1979.1163188 DO - 10.1109/TASSP.1979.1163188 ID - Huang1979 ER - TY - JOUR AU - Hupe, P. AU - Stransky, N. AU - Thiery, J. P. AU - Radvanyi, F. AU - Barillot, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Analysis of array CGH data: from signal ratio to gain and loss of DNA regions JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth418 DO - 10.1093/bioinformatics/bth418 ID - Hupe2004 ER - TY - JOUR AU - Neumann, J. V. AU - Kent, R. H. AU - Bellinson, H. R. AU - Hart, B. I. PY - 1941 DA - 1941// TI - The mean square successive difference JO - Ann Math Stat VL - 12 UR - https://doi.org/10.1214/aoms/1177731746 DO - 10.1214/aoms/1177731746 ID - Neumann1941 ER - TY - CHAP AU - Viola, P. AU - Jones, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Rapid object detection usineg a boosted cascade of simple features BT - Computer Vision and Pattern Recognition, 2001 CVPR 2001 Proceedings of the 2001 IEEE Computer Society Conference on ID - Viola2001 ER - TY - JOUR AU - Pierre-Jean, M. AU - Rigaill, G. AU - Neuvial, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Performance evaluation of DNA copy number segmentation methods JO - Brief Bioinform VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbu026 DO - 10.1093/bib/bbu026 ID - Pierre-Jean2015 ER -