TY - JOUR AU - Wang, C. h. e. n. AU - Liu, Y. i. AU - Cavanagh, M. a. r. y. M. AU - Le Saux, S. a. b. i. n. e. AU - Qi, Q. i. a. n. AU - Roskin, K. r. i. s. h. n. a. M. AU - Looney, T. i. m. o. t. h. y. J. AU - Lee, J. i. -. Y. e. u. n. AU - Dixit, V. a. i. s. h. a. l. i. AU - Dekker, C. o. r. n. e. l. i. a. L. AU - Swan, G. a. r. y. E. AU - Goronzy, J. ö. r. g. J. AU - Boyd, S. c. o. t. t. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - B-cell repertoire responses to varicella-zoster vaccination in human identical twins JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1415875112 DO - 10.1073/pnas.1415875112 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Rechavi, E. r. e. z. AU - Lev, A. t. a. r. AU - Lee, Y. u. N. e. e. AU - Simon, A. m. o. s. J. AU - Yinon, Y. o. a. v. AU - Lipitz, S. c. h. l. o. m. o. AU - Amariglio, N. i. n. e. t. t. e. AU - Weisz, B. o. a. z. AU - Notarangelo, L. u. i. g. i. D. AU - Somech, R. a. z. PY - 2015 DA - 2015// TI - Timely and spatially regulated maturation of B and T cell repertoire during human fetal development JO - Science Translational Medicine VL - 7 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaa0072 DO - 10.1126/scitranslmed.aaa0072 ID - Rechavi2015 ER - TY - JOUR AU - Glanville, J. a. c. o. b. AU - Huang, H. u. a. n. g. AU - Nau, A. l. l. i. s. o. n. AU - Hatton, O. l. i. v. i. a. AU - Wagar, L. i. s. a. E. AU - Rubelt, F. l. o. r. i. a. n. AU - Ji, X. u. h. u. a. i. AU - Han, A. r. n. o. l. d. AU - Krams, S. h. e. r. i. M. AU - Pettus, C. h. r. i. s. t. i. n. a. AU - Haas, N. i. k. h. i. l. AU - Arlehamn, C. e. c. i. l. i. a. S. L. i. n. d. e. s. t. a. m. AU - Sette, A. l. e. s. s. a. n. d. r. o. AU - Boyd, S. c. o. t. t. D. AU - Scriba, T. h. o. m. a. s. J. AU - Martinez, O. l. i. v. i. a. M. AU - Davis, M. a. r. k. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Identifying specificity groups in the T cell receptor repertoire JO - Nature VL - 547 UR - https://doi.org/10.1038/nature22976 DO - 10.1038/nature22976 ID - Glanville2017 ER - TY - JOUR AU - Dash, P. r. a. d. y. o. t. AU - Fiore-Gartland, A. n. d. r. e. w. J. AU - Hertz, T. o. m. e. r. AU - Wang, G. e. o. r. g. e. C. AU - Sharma, S. h. a. l. i. n. i. AU - Souquette, A. i. s. h. a. AU - Crawford, J. e. r. e. m. y. C. h. a. s. e. AU - Clemens, E. B. r. i. d. i. e. AU - Nguyen, T. h. i. H. O. AU - Kedzierska, K. a. t. h. e. r. i. n. e. AU - La Gruta, N. i. c. o. l. e. L. AU - Bradley, P. h. i. l. i. p. AU - Thomas, P. a. u. l. G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Quantifiable predictive features define epitope-specific T cell receptor repertoires JO - Nature VL - 547 UR - https://doi.org/10.1038/nature22383 DO - 10.1038/nature22383 ID - Dash2017 ER - TY - JOUR AU - Thomas, N. i. c. l. a. s. AU - Best, K. a. t. h. a. r. i. n. e. AU - Cinelli, M. a. t. t. i. a. AU - Reich-Zeliger, S. h. l. o. m. i. t. AU - Gal, H. i. l. a. h. AU - Shifrut, E. r. i. c. AU - Madi, A. s. a. f. AU - Friedman, N. i. r. AU - Shawe-Taylor, J. o. h. n. AU - Chain, B. e. n. n. y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Tracking global changes induced in the CD4 T-cell receptor repertoire by immunization with a complex antigen using short stretches of CDR3 protein sequence JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu523 DO - 10.1093/bioinformatics/btu523 ID - Thomas2014 ER - TY - JOUR AU - Epstein, M. i. c. h. a. e. l. AU - Barenco, M. a. r. t. i. n. o. AU - Klein, N. i. g. e. l. AU - Hubank, M. i. c. h. a. e. l. AU - Callard, R. o. b. i. n. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Revealing Individual Signatures of Human T Cell CDR3 Sequence Repertoires with Kidera Factors JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086986 DO - 10.1371/journal.pone.0086986 ID - Epstein2014 ER - TY - JOUR AU - Emerson, R. y. a. n. O. AU - DeWitt, W. i. l. l. i. a. m. S. AU - Vignali, M. a. r. i. s. s. a. AU - Gravley, J. e. n. n. a. AU - Hu, J. o. y. c. e. K. AU - Osborne, E. d. w. a. r. d. J. AU - Desmarais, C. i. n. d. y. AU - Klinger, M. a. r. k. AU - Carlson, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. S. AU - Hansen, J. o. h. n. A. AU - Rieder, M. a. r. k. AU - Robins, H. a. r. l. a. n. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire JO - Nature Genetics VL - 49 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3822 DO - 10.1038/ng.3822 ID - Emerson2017 ER - TY - JOUR AU - Trück, J. o. h. a. n. n. e. s. AU - Ramasamy, M. a. h. e. s. h. i. N. AU - Galson, J. a. c. o. b. D. AU - Rance, R. i. c. h. a. r. d. AU - Parkhill, J. u. l. i. a. n. AU - Lunter, G. e. r. t. o. n. AU - Pollard, A. n. d. r. e. w. J. AU - Kelly, D. o. m. i. n. i. c. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identification of Antigen-Specific B Cell Receptor Sequences Using Public Repertoire Analysis JO - The Journal of Immunology VL - 194 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1401405 DO - 10.4049/jimmunol.1401405 ID - Trück2014 ER - TY - JOUR AU - Katoh, H. i. r. o. t. o. AU - Komura, D. a. i. s. u. k. e. AU - Konishi, H. i. r. o. k. i. AU - Suzuki, R. y. o. h. e. i. AU - Yamamoto, A. s. a. m. i. AU - Kakiuchi, M. i. w. a. k. o. AU - Sato, R. e. i. k. o. AU - Ushiku, T. e. t. s. u. o. AU - Yamamoto, S. h. o. g. o. AU - Tatsuno, K. e. n. j. i. AU - Oshima, T. a. k. a. s. h. i. AU - Nomura, S. a. c. h. i. y. o. AU - Seto, Y. a. s. u. y. u. k. i. AU - Fukayama, M. a. s. a. s. h. i. AU - Aburatani, H. i. r. o. y. u. k. i. AU - Ishikawa, S. h. u. m. p. e. i. PY - 2017 DA - 2017// TI - Immunogenetic Profiling for Gastric Cancers Identifies Sulfated Glycosaminoglycans as Major and Functional B Cell Antigens in Human Malignancies JO - Cell Reports VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2017.07.016 DO - 10.1016/j.celrep.2017.07.016 ID - Katoh2017 ER - TY - JOUR AU - Parameswaran, P. o. o. r. n. i. m. a. AU - Liu, Y. i. AU - Roskin, K. r. i. s. h. n. a.  . M. AU - Jackson, K. a. t. h. e. r. i. n. e.  . K. L. AU - Dixit, V. a. i. s. h. a. l. i.  . P. AU - Lee, J. i. -. Y. e. u. n. AU - Artiles, K. a. r. e. n. L. AU - Zompi, S. i. m. o. n. a. AU - Vargas, M. a. r. i. a.  . J. o. s. é. AU - Simen, B. i. r. g. i. t. t. e.  . B. AU - Hanczaruk, B. o. z. e. n. a. AU - McGowan, K. i. m.  . R. AU - Tariq, M. u. h. a. m. m. a. d.  . A. AU - Pourmand, N. a. d. e. r. AU - Koller, D. a. p. h. n. e. AU - Balmaseda, A. n. g. e. l. AU - Boyd, S. c. o. t. t.  . D. AU - Harris, E. v. a. AU - Fire, A. n. d. r. e. w.  . Z. PY - 2013 DA - 2013// TI - Convergent Antibody Signatures in Human Dengue JO - Cell Host & Microbe VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.05.008 DO - 10.1016/j.chom.2013.05.008 ID - Parameswaran2013 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. e. i. AU - Feng, Q. i. a. n. g. AU - Wang, C. h. a. n. g. x. i. AU - Zeng, X. i. a. o. j. i. n. g. AU - Du, Y. u. a. n. p. i. n. g. AU - Lin, L. i. y. a. AU - Wu, J. i. n. g. h. u. a. AU - Fu, L. o. n. g. f. e. i. AU - Yang, K. a. i. AU - Xu, X. i. a. o. y. i. n. g. AU - Xu, H. a. n. s. h. i. AU - Zhao, Y. i. AU - Li, X. u. e. m. e. i. AU - Schoenauer, U. r. s. u. l. a. H. u. b. e. r. AU - Stadlmayr, A. n. d. r. e. a. s. AU - Saksena, N. i. t. i. n. K. AU - Tilg, H. e. r. b. e. r. t. AU - Datz, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Liu, X. i. a. o. PY - 2017 DA - 2017// TI - Characterization of the B Cell Receptor Repertoire in the Intestinal Mucosa and of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Colorectal Adenoma and Carcinoma JO - The Journal of Immunology VL - 198 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1602039 DO - 10.4049/jimmunol.1602039 ID - Zhang2017 ER - TY - JOUR AU - Galson, J. a. c. o. b. D. AU - Clutterbuck, E. l. i. z. a. b. e. t. h. A. AU - Trück, J. o. h. a. n. n. e. s. AU - Ramasamy, M. a. h. e. s. h. i. N. AU - Münz, M. á. r. t. o. n. AU - Fowler, A. n. n. a. AU - Cerundolo, V. i. n. c. e. n. z. o. AU - Pollard, A. n. d. r. e. w. J. AU - Lunter, G. e. r. t. o. n. AU - Kelly, D. o. m. i. n. i. c. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - BCR repertoire sequencing: different patterns of B-cell activation after two Meningococcal vaccines JO - Immunology and Cell Biology VL - 93 UR - https://doi.org/10.1038/icb.2015.57 DO - 10.1038/icb.2015.57 ID - Galson2015 ER - TY - JOUR AU - Fridman, W. o. l. f. H. e. r. m. a. n. AU - Pagès, F. r. a. n. c. k. AU - Sautès-Fridman, C. a. t. h. e. r. i. n. e. AU - Galon, J. é. r. ô. m. e. PY - 2012 DA - 2012// TI - The immune contexture in human tumours: impact on clinical outcome JO - Nature Reviews Cancer VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrc3245 DO - 10.1038/nrc3245 ID - Fridman2012 ER - TY - STD TI - Ostmeyer J, Christley S, Rounds WH, Toby I, Greenberg BM, Monson NL, Cowell LG. Statistical classifiers for diagnosing disease from immune repertoires: a case study using multiple sclerosis. BMC Bioinformatics. 2017; 18(1):401. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1814-6. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Bolotin, D. m. i. t. r. i. y. A. AU - Poslavsky, S. t. a. n. i. s. l. a. v. AU - Mitrophanov, I. g. o. r. AU - Shugay, M. i. k. h. a. i. l. AU - Mamedov, I. l. g. a. r. Z. AU - Putintseva, E. k. a. t. e. r. i. n. a. V. AU - Chudakov, D. m. i. t. r. i. y. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling JO - Nature Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3364 DO - 10.1038/nmeth.3364 ID - Bolotin2015 ER - TY - JOUR AU - Uduman, M. AU - Shlomchik, M. J. AU - Vigneault, F. AU - Church, G. M. AU - Kleinstein, S. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrating B Cell Lineage Information into Statistical Tests for Detecting Selection in Ig Sequences JO - The Journal of Immunology VL - 192 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1301551 DO - 10.4049/jimmunol.1301551 ID - Uduman2013 ER - TY - JOUR AU - Kidera, A. AU - Konishi, Y. AU - Oka, M. AU - Ooi, T. AU - Scheraga, H. a. PY - 1985 DA - 1985// TI - Statistical analysis of the physical properties of the 20 naturally occurring amino acids JO - J Protein Chem VL - 4 UR - https://doi.org/10.1007/BF01025492 DO - 10.1007/BF01025492 ID - Kidera1985 ER - TY - JOUR AU - Bergstra, J. AU - Bengio, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Random Search for Hyper-Parameter Optimization JO - J Mach Learn Res VL - 13 ID - Bergstra2012 ER - TY - STD TI - Abadi M, Agarwal A, Barham P, Brevdo E, Chen Z, Citro C, Corrado GS, Davis A, Dean J, Devin M, Ghemawat S, Goodfellow I, Harp A, Irving G, Isard M, Jia Y, Jozefowicz R, Kaiser L, Kudlur M, Levenberg J, Mané D, Monga R, Moore S, Murray D, Olah C, Schuster M, Shlens J, Steiner B, Sutskever I, Talwar K, Tucker P, Vanhoucke V, Vasudevan V, Viégas F, Vinyals O, Warden P, Wattenberg M, Wicke M, Yu Y, Zheng X. TensorFlow: Large-Scale Machine Learning on Heterogeneous Systems. Software available from tensorflow.org. 2015. http://tensorflow.org/. Accessed 1 Dec 2017. UR - http://tensorflow.org/ ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Pedregosa, F. AU - Varoquaux, G. AU - Gramfort, A. AU - Michel, V. AU - Thirion, B. AU - Grisel, O. AU - Blondel, M. AU - Prettenhofer, P. AU - Weiss, R. AU - Dubourg, V. AU - Vanderplas, J. AU - Passos, A. AU - Cournapeau, D. AU - Brucher, M. AU - Perrot, M. AU - Duchesnay, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scikit-learn: Machine learning in Python JO - J Mach Learn Res VL - 12 ID - Pedregosa2011 ER - TY - STD TI - Fran R. Double Cross Validation for Model Based Classification. 2006. https://www.r-project.org/conferences/useR-2006/Abstracts/Francois+Langrognet.pdf. Accessed 1 Dec 2017. UR - https://www.r-project.org/conferences/useR-2006/Abstracts/Francois+Langrognet.pdf ID - ref21 ER - TY - STD TI - Crooks G, Hon G, Chandonia J, Brenner S. WebLogo: a sequence logo generator. Genome Res. 2004; 14:1188–90. https://doi.org/10.1101/gr.849004.1. ID - ref22 ER - TY - STD TI - Jones E, Oliphant T, Peterson P. SciPy: Open source scientific tools for Python. 2001. http://www.scipy.org. Accessed 1 Dec 2017. UR - http://www.scipy.org ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Turck, N. a. t. a. c. h. a. AU - Vutskits, L. a. s. z. l. o. AU - Sanchez-Pena, P. a. o. l. a. AU - Robin, X. a. v. i. e. r. AU - Hainard, A. l. e. x. a. n. d. r. e. AU - Gex-Fabry, M. a. r. i. a. n. n. e. AU - Fouda, C. a. t. h. e. r. i. n. e. AU - Bassem, H. a. d. i. j. i. AU - Mueller, M. a. r. k. u. s. AU - Lisacek, F. r. é. d. é. r. i. q. u. e. AU - Puybasset, L. o. u. i. s. AU - Sanchez, J. e. a. n. -. C. h. a. r. l. e. s. PY - 2009 DA - 2009// TI - A multiparameter panel method for outcome prediction following aneurysmal subarachnoid hemorrhage JO - Intensive Care Medicine VL - 36 UR - https://doi.org/10.1007/s00134-009-1641-y DO - 10.1007/s00134-009-1641-y ID - Turck2009 ER - TY - STD TI - Soto C, Bombardi RG, Branchizio A, Kose N, Matta P, Sevy AM, Sinkovits RS, Gilchuk P, Finn JA, Crowe JE. High frequency of shared clonotypes in human B cell receptor repertoires. Nature. 2019; 566(7744):398–402. https://doi.org/10.1038/s41586-019-0934-8. ID - ref25 ER - TY - STD TI - Chatfleld M, Mander A. The skillings-mack test (friedman test when there are missing data). Stata J. 2009; 9(2):299–305. https://doi.org/TheStataJournal. TheStataJournal. UR - https://arxiv.org/abs/TheStataJournal ID - ref26 ER - TY - STD TI - Brief I. of Germinal Centers. 2018; 24(13):3367–73. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.08.075.Affinity. ID - ref27 ER - TY - STD TI - Godoy-Lozano EE, Téllez-Sosa J, Sánchez-González G, Sámano-Sánchez H, Aguilar-Salgado A, Salinas-Rodríguez A, Cortina-Ceballos B, Vivanco-Cid H, Hernández-Flores K, Pfaff JM, Kahle KM, Doranz BJ, Gómez-Barreto RE, Valdovinos-Torres H, López-Martínez I, Rodriguez MH, Martínez-Barnetche J. Lower IgG somatic hypermutation rates during acute dengue virus infection is compatible with a germinal center-independent B cell response. Genome Med. 2016; 8(1):1–19. https://doi.org/10.1186/s13073-016-0276-1. ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Graham, D. a. v. i. d. Y. AU - Schwartz, J. i. m. T. AU - Cain, G. D. o. u. g. l. a. s. AU - Gyorkey, F. e. r. e. n. c. PY - 1982 DA - 1982// TI - Prospective evaluation of biopsy number in the diagnosis of esophageal and gastric carcinoma JO - Gastroenterology VL - 82 UR - https://doi.org/10.1016/0016-5085(82)90009-9 DO - 10.1016/0016-5085(82)90009-9 ID - Graham1982 ER - TY - JOUR AU - Choi, Y. e. o. w. o. n. AU - Choi, H. y. o. S. u. n. AU - Jeon, W. o. o. K. y. u. AU - Kim, B. y. u. n. g. I. k. AU - Park, D. o. n. g. I. l. AU - Cho, Y. o. n. g. K. y. u. n. AU - Kim, H. o. n. g. J. o. o. AU - Park, J. u. n. g. H. o. AU - Sohn, C. h. o. n. g. I. l. PY - 2012 DA - 2012// TI - Optimal Number of Endoscopic Biopsies in Diagnosis of Advanced Gastric and Colorectal Cancer JO - Journal of Korean Medical Science VL - 27 UR - https://doi.org/10.3346/jkms.2012.27.1.36 DO - 10.3346/jkms.2012.27.1.36 ID - Choi2012 ER -