TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Wadi, L. AU - Meyer, M. AU - Weiser, J. AU - Stein, L. D. AU - Reimand, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Impact of outdated gene annotations on pathway enrichment analysis JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3963 DO - 10.1038/nmeth.3963 ID - Wadi2016 ER - TY - JOUR AU - Huang, D. W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Supek, F. r. a. n. AU - Bošnjak, M. a. t. k. o. AU - Škunca, N. i. v. e. s. AU - Šmuc, T. o. m. i. s. l. a. v. PY - 2011 DA - 2011// TI - REVIGO Summarizes and Visualizes Long Lists of Gene Ontology Terms JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0021800 DO - 10.1371/journal.pone.0021800 ID - Supek2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Vasaikar, S. AU - Shi, Z. AU - Greer, M. AU - Zhang, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - WebGestalt 2017: A more comprehensive, powerful, flexible and interactive gene set enrichment analysis toolkit JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx356 DO - 10.1093/nar/gkx356 ID - Wang2017 ER - TY - JOUR AU - Alonso, R. AU - Salavert, F. AU - Garcia-Garcia, F. AU - Carbonell-Caballero, J. AU - Bleda, M. AU - Garcia-Alonso, L. AU - Sanchis-Juan, A. AU - Perez-Gil, D. AU - Marin-Garcia, P. AU - Sanchez, R. AU - Cubuk, C. AU - Hidalgo, M. R. AU - Amadoz, A. AU - Hernansaiz-Ballesteros, R. D. AU - Alemán, A. AU - Tarraga, J. AU - Montaner, D. AU - Medina, I. AU - Dopazo, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Babelomics 5.0: Functional interpretation for new generations of genomic data JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv384 DO - 10.1093/nar/gkv384 ID - Alonso2015 ER - TY - JOUR AU - Mi, H. AU - Huang, X. AU - Muruganujan, A. AU - Tang, H. AU - Mills, C. AU - Kang, D. AU - Thomas, P. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - PANTHER version 11: Expanded annotation data from Gene Ontology and Reactome pathways, and data analysis tool enhancements JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1138 DO - 10.1093/nar/gkw1138 ID - Mi2017 ER - TY - STD TI - Eden E, Navon R, Steinfeld I, Lipson D, Yakhini Z. GOrilla: A tool for discovery and visualization of enriched GO terms in ranked gene lists. BMC Bioinformatics. 2009; 10. https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-48. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Yates, B. e. t. h. a. n. AU - Braschi, B. r. y. o. n. y. AU - Gray, K. r. i. s. t. i. a. n. A. AU - Seal, R. u. t. h. L. AU - Tweedie, S. u. s. a. n. AU - Bruford, E. l. s. p. e. t. h. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genenames.org: the HGNC and VGNC resources in 2017 JO - Nucleic Acids Research VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1033 DO - 10.1093/nar/gkw1033 ID - Yates2016 ER - TY - STD TI - Oliver SG, Lock A, Harris MA, Nurse P, Wood V. Model organism databases: Essential resources that need the support of both funders and users. BMC Biol. 2016. https://doi.org/10.1186/s12915-016-0276-z. ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing JO - J R Stat Soc Ser B (Methodol) VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Song, X. u. e. b. o. AU - Li, L. i. n. AU - Srimani, P. r. a. d. i. p. K. AU - Yu, P. h. i. l. i. p. S. AU - Wang, J. a. m. e. s. Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - Measure the Semantic Similarity of GO Terms Using Aggregate Information Content JO - IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1109/TCBB.2013.176 DO - 10.1109/TCBB.2013.176 ID - Song2014 ER - TY - STD TI - Lin D. An Information-Theoretic Definition of Similarity. Proc ICML. 1998. https://doi.org/10.1.1.55.1832. ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Pedregosa, F. AU - Varoquaux, G. AU - Gramfort, A. AU - Michel, V. AU - Thirion, B. AU - Grisel, O. AU - Blondel, M. AU - Prettenhofer, P. AU - Weiss, R. AU - Dubourg, V. AU - Vanderplas, J. AU - Passos, A. AU - Cournapeau, D. AU - Brucher, M. AU - Perrot, M. AU - Duchesnay, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scikit-learn: Machine learning in Python JO - J Mach Learn Res VL - 12 ID - Pedregosa2011 ER - TY - JOUR AU - von Luxburg, U. l. r. i. k. e. PY - 2007 DA - 2007// TI - A tutorial on spectral clustering JO - Statistics and Computing VL - 17 UR - https://doi.org/10.1007/s11222-007-9033-z DO - 10.1007/s11222-007-9033-z ID - von Luxburg2007 ER - TY - STD TI - JSON:API. JSON API. https://jsonapi.org/. Accessed 1 Mar 2019. UR - https://jsonapi.org/ ID - ref16 ER - TY - STD TI - Wagner J. Review: Postman Client Makes RESTful API Exploration a Breeze: Program; 2014. https://www.programmableweb.com/news/review-postman-client-makesrestful-api-exploration-breeze/brief/2014/01/27. Accessed 1 Mar 2019. UR - https://www.programmableweb.com/news/review-postman-client-makesrestful-api-exploration-breeze/brief/2014/01/27 ID - ref17 ER - TY - STD TI - Everything curl. CURLOPT_READFUNCTION. https://curl.haxx.se/. Accessed 1 Mar 2019. UR - https://curl.haxx.se/ ID - ref18 ER - TY - STD TI - Ember.js. Ember JS. https://emberjs.com/. Accessed 1 Mar 2019. UR - https://emberjs.com/ ID - ref19 ER - TY - BOOK AU - Skeie, J. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ember. js in Action PB - Manning Publications Co. CY - Grand Forks ID - Skeie2014 ER - TY - JOUR AU - Bostock, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - D3. js JO - Data Driven Doc VL - 492 ID - Bostock2012 ER - TY - STD TI - D, 3 Force library. D3 Documentation. https://github.com/d3/d3-force. Accessed 1 Mar 2019. UR - https://github.com/d3/d3-force ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Carbon, S. e. t. h. AU - Ireland, A. m. e. l. i. a. AU - Mungall, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. J. AU - Shu, S. h. e. n. g. Q. i. a. n. g. AU - Marshall, B. r. a. d. AU - Lewis, S. u. z. a. n. n. a. PY - 2008 DA - 2008// TI - AmiGO: online access to ontology and annotation data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn615 DO - 10.1093/bioinformatics/btn615 ID - Carbon2008 ER - TY - JOUR AU - Ghersi, D. a. r. i. o. AU - Singh, M. o. n. a. PY - 2013 DA - 2013// TI - Interaction-based discovery of functionally important genes in cancers JO - Nucleic Acids Research VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1305 DO - 10.1093/nar/gkt1305 ID - Ghersi2013 ER -