From: SLR: a scaffolding algorithm based on long reads and contig classification
Dataset | Â | Genome | Contig set | Long read set | Â | Misassemblies | Â | NGA50 | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 |  |  |  |  |  | SLR | SLR1 |  | SLR | SLR1 |
E. coli_1_SMRT | Â | E. coli | E. coli_1 | E. coli_SMRT | Â | 4 | 12 | Â | 723,879 | 295,999 |
E. coli_2_SMRT | Â | E. coli | E. coli_2 | E. coli_SMRT | Â | 10 | 11 | Â | 565,864 | 197,175 |
S. cerevisiae_1_SMRT | Â | S. cerevisiae | S. cerevisiae_1 | S. cerevisiae_SMRT | Â | 52 | 57 | Â | 374,744 | 232,712 |
S. cerevisiae_2_SMRT | Â | S. cerevisiae | S. cerevisiae_2 | S. cerevisiae_SMRT | Â | 71 | 67 | Â | 270,402 | 201,922 |
Chr X_1_SMRT | Â | Chr X | Chr X_1 | Chr X_SMRT | Â | 83 | 82 | Â | 2,390,483 | 2,165,615 |
E. coli_1_ONT | Â | E. coli | E. coli_1 | E. coli_ONT | Â | 4 | 8 | Â | 2,927,247 | 674,408 |
E. coli_2_ONT | Â | E. coli | E. coli_2 | E. coli_ONT | Â | 9 | 14 | Â | 733,062 | 361,345 |
S. cerevisiae_1_ONT | Â | S. cerevisiae | S. cerevisiae_1 | S. cerevisiae_ONT | Â | 46 | 66 | Â | 374,835 | 244,417 |
S. cerevisiae_2_ONT | Â | S. cerevisiae | S. cerevisiae_2 | S. cerevisiae_ONT | Â | 68 | 85 | Â | 270,362 | 201,066 |