TY - JOUR AU - Green, R. E. AU - Krause, J. AU - Briggs, A. W. AU - Maricic, T. AU - Stenzel, U. AU - Kircher, M. AU - Patterson, N. AU - Li, H. AU - Zhai, W. AU - Fritz, M. H. -. Y. AU - Hansen, N. F. AU - Durand, E. Y. AU - Malaspinas, A. -. S. AU - Jensen, J. D. AU - Marques-Bonet, T. AU - Alkan, C. AU - Prüfer, K. AU - Meyer, M. AU - Burbano, H. A. AU - Good, J. M. AU - Schultz, R. AU - Aximu-Petri, A. AU - Butthof, A. AU - Höber, B. AU - Höffner, B. AU - Siegemund, M. AU - Weihmann, A. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Russ, C. AU - Novod, N. AU - Affourtit, J. AU - Egholm, M. AU - Verna, C. AU - Rudan, P. AU - Brajkovic, D. AU - Kucan, v. AU - Gušic, I. AU - Doronichev, V. B. AU - Golovanova, L. V. AU - Lalueza-Fox, C. AU - de la Rasilla, M. AU - Fortea, J. AU - Rosas, A. AU - Schmitz, R. W. AU - Johnson, P. L. F. AU - Eichler, E. E. AU - Falush, D. AU - Birney, E. AU - Mullikin, J. C. AU - Slatkin, M. AU - Nielsen, R. AU - Kelso, J. AU - Lachmann, M. AU - Reich, D. AU - Pääbo, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - A draft sequence of the Neandertal genome JO - Science VL - 328 UR - https://doi.org/10.1126/science.1188021 DO - 10.1126/science.1188021 ID - Green2010 ER - TY - JOUR AU - Reich, D. AU - Green, R. E. AU - Kircher, M. AU - Krause, J. AU - Patterson, N. AU - Durand, E. Y. AU - Viola, B. AU - Briggs, A. W. AU - Stenzel, U. AU - Johnson, P. L. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia JO - Nature VL - 468 UR - https://doi.org/10.1038/nature09710 DO - 10.1038/nature09710 ID - Reich2010 ER - TY - JOUR AU - Meyer, M. AU - Kircher, M. AU - Gansauge, M. -. T. AU - Li, H. AU - Racimo, F. AU - Mallick, S. AU - Schraiber, J. G. AU - Jay, F. AU - Prüfer, K. AU - de Filippo, C. AU - Sudmant, P. H. AU - Alkan, C. AU - Fu, Q. AU - Do, R. AU - Rohland, N. AU - Tandon, A. AU - Siebauer, M. AU - Green, R. E. AU - Bryc, K. AU - Briggs, A. W. AU - Stenzel, U. AU - Dabney, J. AU - Shendure, J. AU - Kitzman, J. AU - Hammer, M. F. AU - Shunkov, M. V. AU - Derevianko, A. P. AU - Patterson, N. AU - AndrÃⒸs, A. M. AU - Eichler, E. E. AU - Slatkin, M. AU - Reich, D. AU - Kelso, J. AU - Pääbo, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - A high-coverage genome sequence from an archaic Denisovan individual JO - Science VL - 338 UR - https://doi.org/10.1126/science.1224344 DO - 10.1126/science.1224344 ID - Meyer2012 ER - TY - JOUR AU - Bollongino, R. AU - Nehlich, O. AU - Richards, M. P. AU - Orschiedt, J. AU - Thomas, M. G. AU - Sell, C. AU - Fajkošová, Z. AU - Powell, A. AU - Burger, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - 2000 years of parallel societies in Stone Age central Europe JO - Science VL - 342 UR - https://doi.org/10.1126/science.1245049 DO - 10.1126/science.1245049 ID - Bollongino2013 ER - TY - JOUR AU - Skoglund, P. AU - Malmström, H. AU - Raghavan, M. AU - Storå, J. AU - Hall, P. AU - Willerslev, E. AU - Gilbert, M. T. P. AU - Götherström, A. AU - Jakobsson, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Origins and genetic legacy of Neolithic farmers and hunter-gatherers in Europe JO - Science VL - 336 UR - https://doi.org/10.1126/science.1216304 DO - 10.1126/science.1216304 ID - Skoglund2012 ER - TY - JOUR AU - Lipson, M. AU - Szécsényi-Nagy, A. AU - Mallick, S. AU - Pósa, A. AU - Stégmár, B. AU - Keerl, V. AU - Rohland, N. AU - Stewardson, K. AU - Ferry, M. AU - Michel, M. AU - Oppenheimer, J. AU - Broomandkhoshbacht, N. AU - Harney, E. AU - Nordenfelt, S. AU - Llamas, B. AU - Gusztáv Mende, B. AU - Köhler, K. AU - Oross, K. AU - Bondár, M. AU - Marton, T. AU - Osztás, A. AU - Jakucs, J. AU - Paluch, T. AU - Horváth, F. AU - Csengeri, P. AU - Koós, J. AU - Sebők, K. AU - Anders, A. AU - Raczky, P. AU - Regenye, J. AU - Barna, J. P. AU - Fábián, S. AU - Serlegi, G. AU - Toldi, Z. AU - Gyöngyvér Nagy, E. AU - Dani, J. AU - Molnár, E. AU - Pálfi, G. AU - Márk, L. AU - Melegh, B. AU - Bánfai, Z. AU - Domboróczki, L. AU - Fernández-Eraso, J. AU - Antonio Mujika-Alustiza, J. AU - Alonso Fernández, C. AU - Jiménez Echevarría, J. AU - Bollongino, R. AU - Orschiedt, J. AU - Schierhold, K. AU - Meller, H. AU - Cooper, A. AU - Burger, J. AU - Bánffy, E. AU - Alt, K. W. AU - Lalueza-Fox, C. AU - Haak, W. AU - Reich, D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Parallel palaeogenomic transects reveal complex genetic history of early European farmers JO - Nature VL - 551 UR - https://doi.org/10.1038/nature24476 DO - 10.1038/nature24476 ID - Lipson2017 ER - TY - JOUR AU - Haak, W. AU - Lazaridis, I. AU - Patterson, N. AU - Rohland, N. AU - Mallick, S. AU - Llamas, B. AU - Brandt, G. AU - Nordenfelt, S. AU - Harney, E. AU - Stewardson, K. AU - Fu, Q. AU - Mittnik, A. AU - Bánffy, E. AU - Economou, C. AU - Francken, M. AU - Friederich, S. AU - Pena, R. G. AU - Hallgren, F. AU - Khartanovich, V. AU - Khokhlov, A. AU - Kunst, M. AU - Kuznetsov, P. AU - Meller, H. AU - Mochalov, O. AU - Moiseyev, V. AU - Nicklisch, N. AU - Pichler, S. L. AU - Risch, R. AU - Rojo Guerra, M. A. AU - Roth, C. AU - Szécsényi-Nagy, A. AU - Wahl, J. AU - Meyer, M. AU - Krause, J. AU - Brown, D. AU - Anthony, D. AU - Cooper, A. AU - Alt, K. W. AU - Reich, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Massive migration from the steppe is a source for Indo-European languages in Europe JO - Nature VL - 522 UR - https://doi.org/10.1038/nature14317 DO - 10.1038/nature14317 ID - Haak2015 ER - TY - JOUR AU - Prüfer, K. AU - Racimo, F. AU - Patterson, N. AU - Jay, F. AU - Sankararaman, S. AU - Sawyer, S. AU - Heinze, A. AU - Renaud, G. AU - Sudmant, P. H. AU - de Filippo, C. AU - Li, H. AU - Mallick, S. AU - Dannemann, M. AU - Fu, Q. AU - Kircher, M. AU - Kuhlwilm, M. AU - Lachmann, M. AU - Meyer, M. AU - Ongyerth, M. AU - Siebauer, M. AU - Theunert, C. AU - Tandon, A. AU - Moorjani, P. AU - Pickrell, J. AU - Mullikin, J. C. AU - Vohr, S. H. AU - Green, R. E. AU - Hellmann, I. AU - Johnson, P. L. F. AU - Blanche, H. AU - Cann, H. AU - Kitzman, J. O. AU - Shendure, J. AU - Eichler, E. E. AU - Lein, E. S. AU - Bakken, T. E. AU - Golovanova, L. V. AU - Doronichev, V. B. AU - Shunkov, M. V. AU - Derevianko, A. P. AU - Viola, B. AU - Slatkin, M. AU - Reich, D. AU - Kelso, J. AU - Pääbo, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12886 DO - 10.1038/nature12886 ID - Prüfer2014 ER - TY - JOUR AU - Mendez, F. L. AU - Watkins, J. C. AU - Hammer, M. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Global genetic variation at OAS1 provides evidence of archaic admixture in Melanesian populations JO - Mol Biol Evol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr301 DO - 10.1093/molbev/msr301 ID - Mendez2012 ER - TY - JOUR AU - Rogers, A. R. AU - Bohlender, R. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bias in estimators of archaic admixture JO - Theor Popul Biol VL - 100 UR - https://doi.org/10.1016/j.tpb.2014.12.006 DO - 10.1016/j.tpb.2014.12.006 ID - Rogers2015 ER - TY - JOUR AU - Petr, M. AU - Pääbo, S. AU - Kelso, J. AU - Vernot, B. PY - 2019 DA - 2019// TI - Limits of long-term selection against Neandertal introgression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 116 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1814338116 DO - 10.1073/pnas.1814338116 ID - Petr2019 ER - TY - JOUR AU - Rogers, A. R. AU - Bohlender, R. J. AU - Huff, C. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Early history of Neanderthals and Denisovans JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 114 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1706426114 DO - 10.1073/pnas.1706426114 ID - Rogers2017 ER - TY - JOUR AU - Rogers, A. R. AU - Bohlender, R. J. AU - Huff, C. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Reply to Mafessoni and Prüfer: Inferences with and without singleton site patterns JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 114 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1717085114 DO - 10.1073/pnas.1717085114 ID - Rogers2017 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Rannala, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Molecular phylogenetics: Principles and practice JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3186 DO - 10.1038/nrg3186 ID - Yang2012 ER - TY - JOUR AU - Eaton, D. A. AU - Hipp, A. L. AU - González-Rodríguez, A. AU - Cavender-Bares, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Historical introgression among the American live oaks and the comparative nature of tests for introgression JO - Evolution VL - 69 UR - https://doi.org/10.1111/evo.12758 DO - 10.1111/evo.12758 ID - Eaton2015 ER - TY - JOUR AU - Hudson, R. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - A new proof of the expected frequency spectrum under the standard neutral model JO - PLO1 VL - 10 ID - Hudson2015 ER - TY - JOUR AU - Kimura, M. PY - 1969 DA - 1969// TI - The number of heterozygous nucleotide sites maintained in a finite population due to steady flux of mutation JO - Genetics VL - 61 ID - Kimura1969 ER - TY - JOUR AU - Durand, E. Y. AU - Patterson, N. AU - Reich, D. AU - Slatkin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Testing for ancient admixture between closely related populations JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr048 DO - 10.1093/molbev/msr048 ID - Durand2011 ER - TY - STD TI - Rogers AR, Harris NS, Achenbach AA. Neanderthal-Denisovan ancestors interbred with a distantly-related hominin. bioRxiv. 2019; 657247. https://doi.org/10.1101/657247. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Hudson, R. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Generating samples under a Wright-Fisher neutral model of genetic variation JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.2.337 DO - 10.1093/bioinformatics/18.2.337 ID - Hudson2002 ER - TY - JOUR AU - Kelleher, J. AU - Etheridge, A. M. AU - McVean, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Efficient coalescent simulation and genealogical analysis for large sample sizes JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004842 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004842 ID - Kelleher2016 ER - TY - JOUR AU - Staab, P. R. AU - Zhu, S. AU - Metzler, D. AU - Lunter, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Scrm: Efficiently simulating long sequences using the approximated coalescent with recombination JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu861 DO - 10.1093/bioinformatics/btu861 ID - Staab2015 ER - TY - BOOK AU - Price, K. AU - Storn, R. M. AU - Lampinen, J. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Differential Evolution: A Practical Approach to Global Optimization PB - Springer CY - Berlin ID - Price2006 ER - TY - BOOK AU - Efron, B. AU - Tibshirani, R. J. PY - 1993 DA - 1993// TI - An Introduction to the Bootstrap PB - Chapman and Hall CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4899-4541-9 DO - 10.1007/978-1-4899-4541-9 ID - Efron1993 ER - TY - CHAP AU - Liu, R. Y. AU - Singh, K. ED - LePage, R. ED - Billard, L. PY - 1992 DA - 1992// TI - Moving blocks jacknife and bootstrap capture weak dependence BT - Exploring the “Limits” of the Bootstrap PB - Wiley CY - New York ID - Liu1992 ER - TY - JOUR AU - Hawkins, D. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The problem of overfitting JO - J Chem Inf Comput Sci VL - 44 UR - https://doi.org/10.1021/ci0342472 DO - 10.1021/ci0342472 ID - Hawkins2004 ER - TY - JOUR AU - Akaike, H. PY - 1974 DA - 1974// TI - A new look at the statistical model identification JO - IEEE Trans Autom Control VL - 19 UR - https://doi.org/10.1109/TAC.1974.1100705 DO - 10.1109/TAC.1974.1100705 ID - Akaike1974 ER - TY - JOUR AU - Schwarz, G. E. PY - 1978 DA - 1978// TI - Estimating the dimension of a model JO - Ann Stat VL - 41 UR - https://doi.org/10.1214/aos/1176344136 DO - 10.1214/aos/1176344136 ID - Schwarz1978 ER - TY - JOUR AU - Efron, B. PY - 1983 DA - 1983// TI - Estimating the error rate of a prediction rule: Improvement on cross-validation JO - J Am Stat Assoc VL - 78 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1983.10477973 DO - 10.1080/01621459.1983.10477973 ID - Efron1983 ER - TY - JOUR AU - Varin, C. AU - Vidoni, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - A note on composite likelihood inference and model selection JO - Biometrika VL - 92 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/92.3.519 DO - 10.1093/biomet/92.3.519 ID - Varin2005 ER - TY - JOUR AU - Efron, B. AU - Hinkley, D. V. PY - 1978 DA - 1978// TI - Assessing the accuracy of the maximum likelihood estimator: Observed versus expected Fisher information JO - Biometrika VL - 65 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/65.3.457 DO - 10.1093/biomet/65.3.457 ID - Efron1978 ER - TY - JOUR AU - Buckland, S. T. AU - Burnham, K. P. AU - Augustin, N. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - Model selection: an integral part of inference JO - Biometrics VL - 53 UR - https://doi.org/10.2307/2533961 DO - 10.2307/2533961 ID - Buckland1997 ER - TY - BOOK AU - Claeskens, G. AU - Hjort, N. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model Selection and Model Averaging PB - Cambridge University Press CY - Cambridge UR - https://doi.org/10.1017/CBO9780511790485 DO - 10.1017/CBO9780511790485 ID - Claeskens2008 ER - TY - JOUR AU - Pickrell, J. K. AU - Patterson, N. AU - Barbieri, C. AU - Berthold, F. AU - Gerlach, L. AU - Güldemann, T. AU - Kure, B. AU - Mpoloka, S. W. AU - Nakagawa, H. AU - Naumann, C. AU - Lipson, M. AU - Loh, P. -. R. AU - Lachance, J. AU - Mountain, J. AU - Bustamante, C. D. AU - Berger, B. AU - Tishkoff, S. A. AU - Henn, B. M. AU - Stoneking, M. AU - Reich, D. AU - Pakendorf, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - The genetic prehistory of southern Africa JO - Nat Commun VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms2140 DO - 10.1038/ncomms2140 ID - Pickrell2012 ER -