Skip to main content

Table 1 Markov chain transition probabilities: probability for a nucleotide A, C, T or G to be: a) in the first position x1 of a codon, b) in the second position x2 of a codon given the nucleotide at x1, and c) in the third position x3 of a codon given the dinucleotide at x1x2

From: SimSpliceEvol: alternative splicing-aware simulation of biological sequence evolution

a)

b)

c)

x1

A

C

T

G

x2

A

C

T

G

x3

A

C

T

G

Start

    

x1

    

x1x2

    

0.24

0.31

0.19

0.25

A

0.21

0.28

0.21

0.30

AA

0.16

0.35

0.13

0.36

     

C

0.27

0.38

0.21

0.14

AC

0.22

0.49

0.14

0.15

     

T

0.12

0.35

0.20

0.33

AT

0.02

0.41

0.14

0.43

     

G

0.29

0.30

0.19

0.22

AG

0.12

0.55

0.20

0.13

          

CA

0.09

0.22

0.12

0.57

          

CC

0.26

0.35

0.28

0.11

          

CT

0.07

0.26

0.12

0.55

          

CG

0.17

0.37

0.20

0.26

          

TA

0.01

0.64

0.34

0.01

          

TC

0.20

0.48

0.20

0.12

          

TT

0.10

0.48

0.22

0.20

          

TG

0.05

0.41

0.30

0.24

          

GA

0.21

0.25

0.18

0.36

          

GC

0.15

0.55

0.18

0.12

          

GT

0.08

0.30

0.16

0.46

          

GG

0.19

0.39

0.13

0.29