From: SimSpliceEvol: alternative splicing-aware simulation of biological sequence evolution
a) | b) | c) | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
x1 | A | C | T | G | x2 | A | C | T | G | x3 | A | C | T | G |
Start | x1 | x1x2 | ||||||||||||
∅ | 0.24 | 0.31 | 0.19 | 0.25 | A | 0.21 | 0.28 | 0.21 | 0.30 | AA | 0.16 | 0.35 | 0.13 | 0.36 |
C | 0.27 | 0.38 | 0.21 | 0.14 | AC | 0.22 | 0.49 | 0.14 | 0.15 | |||||
T | 0.12 | 0.35 | 0.20 | 0.33 | AT | 0.02 | 0.41 | 0.14 | 0.43 | |||||
G | 0.29 | 0.30 | 0.19 | 0.22 | AG | 0.12 | 0.55 | 0.20 | 0.13 | |||||
CA | 0.09 | 0.22 | 0.12 | 0.57 | ||||||||||
CC | 0.26 | 0.35 | 0.28 | 0.11 | ||||||||||
CT | 0.07 | 0.26 | 0.12 | 0.55 | ||||||||||
CG | 0.17 | 0.37 | 0.20 | 0.26 | ||||||||||
TA | 0.01 | 0.64 | 0.34 | 0.01 | ||||||||||
TC | 0.20 | 0.48 | 0.20 | 0.12 | ||||||||||
TT | 0.10 | 0.48 | 0.22 | 0.20 | ||||||||||
TG | 0.05 | 0.41 | 0.30 | 0.24 | ||||||||||
GA | 0.21 | 0.25 | 0.18 | 0.36 | ||||||||||
GC | 0.15 | 0.55 | 0.18 | 0.12 | ||||||||||
GT | 0.08 | 0.30 | 0.16 | 0.46 | ||||||||||
GG | 0.19 | 0.39 | 0.13 | 0.29 |