TY - JOUR AU - Bass, B. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - RNA editing by adenosine deaminases that act on RNA JO - Annu Rev Biochem VL - 71 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 DO - 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 ID - Bass2002 ER - TY - JOUR AU - Nishikura, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Functions and regulation of RNA editing by ADAR deaminases JO - Annu Rev Biochem VL - 79 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-060208-105251 DO - 10.1146/annurev-biochem-060208-105251 ID - Nishikura2010 ER - TY - JOUR AU - Gott, J. M. AU - Emeson, R. B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functions and mechanisms of RNA editing JO - Annu Rev Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.34.1.499 DO - 10.1146/annurev.genet.34.1.499 ID - Gott2000 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. -. H. AU - Ang, J. K. AU - Xiao, X. PY - 2013 DA - 2013// TI - Analysis and design of RNA sequencing experiments for identifying RNA editing and other single-nucleotide variants JO - RNA VL - 19 UR - https://doi.org/10.1261/rna.037903.112 DO - 10.1261/rna.037903.112 ID - Lee2013 ER - TY - JOUR AU - Sommer, B. AU - Köhler, M. AU - Sprengel, R. AU - Seeburg, P. H. PY - 1991 DA - 1991// TI - RNA editing in brain controls a determinant of ion flow in glutamate-gated channels JO - Cell VL - 67 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(91)90568-J DO - 10.1016/0092-8674(91)90568-J ID - Sommer1991 ER - TY - JOUR AU - Köhler, M. AU - Burnashev, N. AU - Sakmann, B. AU - Seeburg, P. H. PY - 1993 DA - 1993// TI - Determinants of Ca2+ permeability in both TM1 and TM2 of high affinity kainate receptor channels: diversity by RNA editing JO - Neuron VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/0896-6273(93)90336-P DO - 10.1016/0896-6273(93)90336-P ID - Köhler1993 ER - TY - JOUR AU - Lomeli, H. AU - Mosbacher, J. AU - Melcher, T. AU - Hoger, T. AU - Kuner, T. AU - Monyer, H. AU - Higuchi, M. AU - Bach, A. AU - Seeburg, P. H. PY - 1994 DA - 1994// TI - Control of kinetic properties of AMPA receptor channels by nuclear RNA editing JO - Science VL - 266 UR - https://doi.org/10.1126/science.7992055 DO - 10.1126/science.7992055 ID - Lomeli1994 ER - TY - JOUR AU - Burns, C. M. AU - Chu, H. AU - Rueter, S. M. AU - Hutchinson, L. K. AU - Canton, H. AU - Sanders-Bush, E. AU - Emeson, R. B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Regulation of serotonin-2C receptor G-protein coupling by RNA editing JO - Nature VL - 387 UR - https://doi.org/10.1038/387303a0 DO - 10.1038/387303a0 ID - Burns1997 ER - TY - JOUR AU - Casey, J. L. AU - Gerin, J. L. PY - 1995 DA - 1995// TI - Hepatitis D virus RNA editing: specific modification of adenosine in the antigenomic RNA JO - J Virol VL - 69 ID - Casey1995 ER - TY - JOUR AU - Poison, A. G. AU - Bass, B. L. AU - Casey, J. L. PY - 1996 DA - 1996// TI - RNA editing of hepatitis delta virus antigenome by dsRNA-adenosine deaminase JO - Nature VL - 380 UR - https://doi.org/10.1038/380454a0 DO - 10.1038/380454a0 ID - Poison1996 ER - TY - JOUR AU - Blow, M. J. AU - Grocock, R. J. AU - Dongen, S. AU - Enright, A. J. AU - Dicks, E. AU - Futreal, P. A. AU - Wooster, R. AU - Stratton, M. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNA editing of human microRNAs JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-4-r27 DO - 10.1186/gb-2006-7-4-r27 ID - Blow2006 ER - TY - JOUR AU - Kume, H. AU - Hino, K. AU - Galipon, J. AU - Ui-Tei, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - A-to-I editing in the miRNA seed region regulates target mRNA selection and silencing efficiency JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku662 DO - 10.1093/nar/gku662 ID - Kume2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Yang, C. -. S. AU - Varelas, X. AU - Monti, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Altered RNA editing in 3′ UTR perturbs microRNA-mediated regulation of oncogenes and tumor-suppressors JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep23226 DO - 10.1038/srep23226 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Prasanth, K. V. AU - Prasanth, S. G. AU - Xuan, Z. AU - Hearn, S. AU - Freier, S. M. AU - Bennett, C. F. AU - Zhang, M. Q. AU - Spector, D. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Regulating gene expression through RNA nuclear retention JO - Cell VL - 123 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.08.033 DO - 10.1016/j.cell.2005.08.033 ID - Prasanth2005 ER - TY - JOUR AU - Rice, G. I. AU - Kasher, P. R. AU - Forte, G. M. AU - Mannion, N. M. AU - Greenwood, S. M. AU - Szynkiewicz, M. AU - Dickerson, J. E. AU - Bhaskar, S. S. AU - Zampini, M. AU - Briggs, T. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Mutations in ADAR1 cause Aicardi-Goutieres syndrome associated with a type I interferon signature JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2414 DO - 10.1038/ng.2414 ID - Rice2012 ER - TY - JOUR AU - Toth, A. M. AU - Li, Z. AU - Cattaneo, R. AU - Samuel, C. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA-specific adenosine deaminase ADAR1 suppresses measles virus-induced apoptosis and activation of protein kinase PKR JO - J Biol Chem VL - 284 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.045146 DO - 10.1074/jbc.M109.045146 ID - Toth2009 ER - TY - JOUR AU - Han, L. AU - Diao, L. AU - Yu, S. AU - Xu, X. AU - Li, J. AU - Zhang, R. AU - Yang, Y. AU - Werner, H. M. AU - Eterovic, A. K. AU - Yuan, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - The genomic landscape and clinical relevance of A-to-I RNA editing in human cancers JO - Cancer Cell VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccell.2015.08.013 DO - 10.1016/j.ccell.2015.08.013 ID - Han2015 ER - TY - JOUR AU - Neeman, Y. AU - Levanon, E. Y. AU - Jantsch, M. F. AU - Eisenberg, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNA editing level in the mouse is determined by the genomic repeat repertoire JO - RNA VL - 12 UR - https://doi.org/10.1261/rna.165106 DO - 10.1261/rna.165106 ID - Neeman2006 ER - TY - JOUR AU - Picardi, E. AU - Regina, T. M. R. AU - Brennicke, A. AU - Quagliariello, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - REDIdb: the RNA editing database JO - Nucleic Acids Res VL - 35 ID - Picardi2006 ER - TY - JOUR AU - Kiran, A. AU - Baranov, P. V. PY - 2010 DA - 2010// TI - DARNED: a DAtabase of RNa EDiting in humans JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq285 DO - 10.1093/bioinformatics/btq285 ID - Kiran2010 ER - TY - JOUR AU - Ramaswami, G. AU - Li, J. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - RADAR: a rigorously annotated database of A-to-I RNA editing JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt996 DO - 10.1093/nar/gkt996 ID - Ramaswami2013 ER - TY - JOUR AU - Picardi, E. AU - D'Erchia, A. M. AU - Lo Giudice, C. AU - Pesole, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - REDIportal: a comprehensive database of A-to-I RNA editing events in humans JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw767 DO - 10.1093/nar/gkw767 ID - Picardi2016 ER - TY - JOUR AU - Meyer, L. R. AU - Zweig, A. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Karolchik, D. AU - Kuhn, R. M. AU - Wong, M. AU - Sloan, C. A. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Roe, G. AU - Rhead, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - The UCSC genome browser database: extensions and updates 2013 JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1048 DO - 10.1093/nar/gks1048 ID - Meyer2012 ER - TY - JOUR AU - Cingolani, P. AU - Platts, A. AU - Wang, L. L. AU - Coon, M. AU - Nguyen, T. AU - Wang, L. AU - Land, S. J. AU - Lu, X. AU - Ruden, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3 JO - Fly VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/fly.19695 DO - 10.4161/fly.19695 ID - Cingolani2012 ER - TY - JOUR AU - Safran, M. AU - Dalah, I. AU - Alexander, J. AU - Rosen, N. AU - Iny Stein, T. AU - Shmoish, M. AU - Nativ, N. AU - Bahir, I. AU - Doniger, T. AU - Krug, H. AU - Sirota-Madi, A. AU - Olender, T. AU - Golan, Y. AU - Stelzer, G. AU - Harel, A. AU - Lancet, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - GeneCards Version 3: the human gene integrator JO - Database VL - 2010 UR - https://doi.org/10.1093/database/baq020 DO - 10.1093/database/baq020 ID - Safran2010 ER - TY - JOUR AU - Kadota, K. AU - Ye, J. AU - Nakai, Y. AU - Terada, T. AU - Shimizu, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - ROKU: a novel method for identification of tissue-specific genes JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-294 DO - 10.1186/1471-2105-7-294 ID - Kadota2006 ER - TY - STD TI - Django: The Web framework for perfectionists with deadlines. https://www.djangoproject.com/. Accessed 23 Sept 2017. UR - https://www.djangoproject.com/ ID - ref27 ER - TY - STD TI - Bootstrap · The most popular HTML, CSS, and JS library in the world. https://getbootstrap.com/. Accessed 23 Sept 2017. UR - https://getbootstrap.com/ ID - ref28 ER - TY - STD TI - Docker - Build, Ship, and Run Any App, Anywhere. https://www.docker.com/. Accessed 19 Oct 2017. UR - https://www.docker.com/ ID - ref29 ER - TY - STD TI - D3.js - Data-Driven Documents. https://d3js.org/. Accessed 27 Oct 2017. UR - https://d3js.org/ ID - ref30 ER - TY - STD TI - Echarts. https://ecomfe.github.io/echarts-doc/public/en/index.html. Accessed 14 Dec 2017. UR - https://ecomfe.github.io/echarts-doc/public/en/index.html ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Aken, B. L. AU - Achuthan, P. AU - Akanni, W. AU - Amode, M. R. AU - Bernsdorff, F. AU - Bhai, J. AU - Billis, K. AU - Carvalho-Silva, D. AU - Cummins, C. AU - Clapham, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Ensembl 2017 JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1104 DO - 10.1093/nar/gkw1104 ID - Aken2016 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3317 DO - 10.1038/nmeth.3317 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr509 DO - 10.1093/bioinformatics/btr509 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Zhang, F. AU - Lu, Y. AU - Yan, S. AU - Xing, Q. AU - Tian, W. PY - 2017 DA - 2017// TI - SPRINT: an SNP-free toolkit for identifying RNA editing sites JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx473 DO - 10.1093/bioinformatics/btx473 ID - Zhang2017 ER -