A systematic evaluation of copy number alterations detection methods on real SNP array and deep sequencing data

BMC Bioinformatics

Table 4 Jaccard index of sequencing based methods on 10 samples

Sample	BICSeq	CNVnorm	FREEC	CNVseq	rSWseq	Varscan	CNVnator	RDXplorer	ReadDepth
357	0.78	0.22	0.79	0.59	0.35	0.64	0.57	0	0.05
620380	0.65	0.13	0.66	0.6	0.1	0.73	0.08	0.02	0.04
K2110056	0.45	0.6	0.68	0.32	0.19	0.27	0.07	0	0.08
K2150024	0.73	0.23	0.05	0.55	0.01	0.81	0.01	0.01	0.04
K2310007	0.6	0.05	0.12	0.53	0	0.7	0.19	0.02	0.01
K2310024	0.66	0.06	0.14	0.52	0.41	0.72	0.29	0.01	0.05
K2310030	0.73	0.19	0.49	0.64	0.14	0.85	0.64	0.01	0.43
AVG	0.66	0.21	0.42	0.54	0.17	0.67	0.26	0.01	0.1
RS114527	0.13	0.16	0.69	0.15	0.02	0.14	0.02	0	0.06
K2110097	0.38	0.32	0.26	0.35	0	0.3	0.22	0	0.63
K2150051	0.47	0.28	0.42	0.41	0	0.36	0.03	0.01	0.04
AVG	0.33	0.25	0.46	0.3	0.01	0.27	0.09	0	0.24

ISSN: 1471-2105