Deep mixed model for marginal epistasis detection and population stratification correction in genome-wide association studies

Table 2 Average AUC value for different methods with different settings on Binary data (B) and Continuous Data (C)

Pheno	n	σ	k	LSTM	DMM	LMM	UT	LASSO	AL	PL	MAPIT
C	500	5	10	0.68	0.73	0.57	0.58	0.50	0.50	0.50	0.56
C	500	5	50	0.54	0.58	0.51	0.55	0.50	0.50	0.50	0.51
C	500	10	10	0.62	0.66	0.54	0.54	0.50	0.50	0.50	0.54
C	500	10	50	0.54	0.58	0.51	0.54	0.50	0.50	0.50	0.51
C	1000	5	10	0.77	0.80	0.68	0.67	0.50	0.50	0.50	0.53
C	1000	5	50	0.56	0.58	0.51	0.52	0.50	0.50	0.50	0.52
C	1000	10	10	0.68	0.71	0.63	0.57	0.50	0.50	0.50	0.51
C	1000	10	50	0.52	0.53	0.51	0.51	0.50	0.50	0.50	0.53
B	500	5	10	0.59	0.60	0.51	0.52	0.50	0.50	0.50	0.51
B	500	5	50	0.55	0.55	0.51	0.52	0.50	0.50	0.50	0.50
B	500	10	10	0.65	0.66	0.52	0.57	0.50	0.50	0.50	0.51
B	500	10	50	0.53	0.54	0.51	0.52	0.50	0.50	0.50	0.50
B	1000	5	10	0.59	0.58	0.51	0.53	0.50	0.50	0.50	0.51
B	1000	5	50	0.55	0.54	0.51	0.52	0.50	0.50	0.50	0.51
B	1000	10	10	0.66	0.65	0.51	0.54	0.50	0.50	0.50	0.51
B	1000	10	50	0.52	0.52	0.50	0.51	0.50	0.50	0.50	0.50

ISSN: 1471-2105