TY - JOUR AU - Karnuta, J. M. AU - Scacheri, P. C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Enhancers: bridging the gap between gene control and human disease JO - Hum Mol Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddy167 DO - 10.1093/hmg/ddy167 ID - Karnuta2018 ER - TY - JOUR AU - Corradin, O. AU - Scacheri, P. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Enhancer variants: Evaluating functions in common disease JO - Genome Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-014-0085-3 DO - 10.1186/s13073-014-0085-3 ID - Corradin2014 ER - TY - JOUR AU - Smith, E. AU - Shilatifard, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Enhancer biology and enhanceropathies JO - Nat Struct Mol Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2784 DO - 10.1038/nsmb.2784 ID - Smith2014 ER - TY - JOUR AU - Shlyueva, D. AU - Stampfel, G. AU - Stark, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcriptional enhancers: From properties to genome-wide predictions JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3682 DO - 10.1038/nrg3682 ID - Shlyueva2014 ER - TY - JOUR AU - Long, H. K. AU - Prescott, S. L. AU - Wysocka, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Ever-Changing Landscapes: Transcriptional Enhancers in Development and Evolution JO - Cell VL - 167 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.09.018 DO - 10.1016/j.cell.2016.09.018 ID - Long2016 ER - TY - JOUR AU - Rickels, R. AU - Shilatifard, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Enhancer Logic and Mechanics in Development and Disease JO - Trends Cell Biol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.tcb.2018.04.003 DO - 10.1016/j.tcb.2018.04.003 ID - Rickels2018 ER - TY - JOUR AU - Banerji, J. AU - Rusconi, S. AU - Schaffner, W. PY - 1981 DA - 1981// TI - Expression of a β-globin gene is enhanced by remote SV40 DNA sequences JO - Cell VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(81)90413-X DO - 10.1016/0092-8674(81)90413-X ID - Banerji1981 ER - TY - JOUR AU - Moreau, P. AU - Hen, R. AU - Wasylyk, B. AU - Everett, R. AU - Gaub, M. P. AU - Chambon, P. PY - 1981 DA - 1981// TI - The SV40 72 base repair repeat has a striking effect on gene expression both in SV40 and other chimeric recombinants JO - Nucleic Acids Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/nar/9.22.6047 DO - 10.1093/nar/9.22.6047 ID - Moreau1981 ER - TY - JOUR AU - Johnson, D. S. AU - Mortazavi, A. AU - Myers, R. M. AU - Wold, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1141319 DO - 10.1126/science.1141319 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Robertson, G. AU - Hirst, M. AU - Bainbridge, M. AU - Bilenky, M. AU - Zhao, Y. AU - Zeng, T. AU - Euskirchen, G. AU - Bernier, B. AU - Varhol, R. AU - Delaney, A. AU - Thiessen, N. AU - Griffith, O. L. AU - He, A. AU - Marra, M. AU - Snyder, M. AU - Jones, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1068 DO - 10.1038/nmeth1068 ID - Robertson2007 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, J. AU - Drenkow, J. AU - Bell, I. AU - Zhao, X. AU - Srinivasan, K. G. AU - Sung, W. -. K. AU - Ooi, H. S. AU - Chiu, K. P. AU - Foissac, S. AU - Alioto, T. AU - Thurman, R. E. AU - Brent, M. AU - Pachter, L. AU - Tress, M. L. AU - Valencia, A. AU - Choo, S. W. AU - Choo, C. Y. AU - Ucla, C. AU - Manzano, C. AU - Wyss, C. AU - Cheung, E. AU - Kuehn, M. S. AU - Clark, T. G. AU - Brown, J. B. AU - Ganesh, M. AU - Patel, S. AU - Tammana, H. AU - Chrast, J. AU - Henrichsen, C. N. AU - Kai, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - Gilbert2007 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Stuart, R. K. AU - Hon, G. AU - Fu, Y. AU - Ching, C. W. AU - Hawkins, R. D. AU - Barrera, L. O. AU - Van Calcar, S. AU - Qu, C. AU - Ching, K. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1966 DO - 10.1038/ng1966 ID - Heintzman2007 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Hon, G. C. AU - Hawkins, R. D. AU - Kheradpour, P. AU - Stark, A. AU - Harp, L. F. AU - Ye, Z. AU - Lee, L. K. AU - Stuart, R. K. AU - Ching, C. W. AU - Ching, K. A. AU - Antosiewicz-Bourget, J. E. AU - Liu, H. AU - Zhang, X. AU - Green, R. D. AU - Lobanenkov, V. V. AU - Stewart, R. AU - Thomson, J. A. AU - Crawford, G. E. AU - Kellis, M. AU - Ren, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression JO - Nature VL - 459 UR - https://doi.org/10.1038/nature07829 DO - 10.1038/nature07829 ID - Heintzman2009 ER - TY - JOUR AU - Visel, A. AU - Blow, M. J. AU - Li, Z. AU - Zhang, T. AU - Akiyama, J. A. AU - Holt, A. AU - Plajzer-Frick, I. AU - Shoukry, M. AU - Wright, C. AU - Chen, F. AU - Afzal, V. AU - Ren, B. AU - Rubin, E. M. AU - Pennacchio, L. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - ChIP-seq accurately predicts tissue-specific activity of enhancers JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07730 DO - 10.1038/nature07730 ID - Visel2009 ER - TY - JOUR AU - Rada-Iglesias, A. AU - Bajpai, R. AU - Swigut, T. AU - Brugmann, S. A. AU - Flynn, R. A. AU - Wysocka, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - A unique chromatin signature uncovers early developmental enhancers in humans JO - Nature VL - 470 UR - https://doi.org/10.1038/nature09692 DO - 10.1038/nature09692 ID - Rada-Iglesias2011 ER - TY - JOUR AU - Creyghton, M. P. AU - Cheng, A. W. AU - Welstead, G. G. AU - Kooistra, T. AU - Carey, B. W. AU - Steine, E. J. AU - Hanna, J. AU - Lodato, M. A. AU - Frampton, G. M. AU - Sharp, P. A. AU - Boyer, L. A. AU - Young, R. A. AU - Jaenisch, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1016071107 DO - 10.1073/pnas.1016071107 ID - Creyghton2010 ER - TY - JOUR AU - Spitz, F. AU - Furlong, E. E. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcription factors: From enhancer binding to developmental control JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3207 DO - 10.1038/nrg3207 ID - Spitz2012 ER - TY - JOUR AU - Zabidi, M. A. AU - Stark, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Regulatory Enhancer–Core-Promoter Communication via Transcription Factors and Cofactors JO - Trends Genet VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2016.10.003 DO - 10.1016/j.tig.2016.10.003 ID - Zabidi2016 ER - TY - JOUR AU - Elnitski, L. AU - Jin, V. X. AU - Farnham, P. J. AU - Jones, S. J. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Locating mammalian transcription factor binding sites: A survey of computational and experimental techniques JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4140006 DO - 10.1101/gr.4140006 ID - Elnitski2006 ER - TY - JOUR AU - Su, J. AU - Teichmann, S. A. AU - Down, T. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Assessing computational methods of cis-regulatory module prediction JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001020 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001020 ID - Su2010 ER - TY - JOUR AU - Hardison, R. C. AU - Taylor, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic approaches towards finding cis-regulatory modules in animals JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3242 DO - 10.1038/nrg3242 ID - Hardison2012 ER - TY - JOUR AU - Sheffield, N. C. AU - Furey, T. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identifying and characterizing regulatory sequences in the human genome with chromatin accessibility assays JO - Genes VL - 3 UR - https://doi.org/10.3390/genes3040651 DO - 10.3390/genes3040651 ID - Sheffield2012 ER - TY - JOUR AU - Kleftogiannis, D. AU - Kalnis, P. AU - Bajic, V. B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Progress and challenges in bioinformatics approaches for enhancer identification JO - Brief Bioinformat VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbv101 DO - 10.1093/bib/bbv101 ID - Kleftogiannis2016 ER - TY - JOUR AU - Lim, L. W. K. AU - Chung, H. H. AU - Chong, Y. L. AU - Lee, N. K. PY - 2018 DA - 2018// TI - A survey of recently emerged genome-wide computational enhancer predictor tools JO - Comput Biol Chem VL - 74 UR - https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2018.03.019 DO - 10.1016/j.compbiolchem.2018.03.019 ID - Lim2018 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kellis, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Discovery and characterization of chromatin states for systematic annotation of the human genome JO - Nat Biotech VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1662 DO - 10.1038/nbt.1662 ID - Ernst2010 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kheradpour, P. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Shoresh, N. AU - Ward, L. D. AU - Epstein, C. B. AU - Zhang, X. AU - Wang, L. AU - Issner, R. AU - Coyne, M. AU - Ku, M. AU - Durham, T. AU - Kellis, M. AU - Bernstein, B. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types JO - Nature VL - 473 UR - https://doi.org/10.1038/nature09906 DO - 10.1038/nature09906 ID - Ernst2011 ER - TY - JOUR AU - Rajagopal, N. AU - Xie, W. AU - Li, Y. AU - Wagner, U. AU - Wang, W. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Ernst, J. AU - Kellis, M. AU - Ren, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - RFECS: A Random-Forest Based Algorithm for Enhancer Identification from Chromatin State JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002968 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002968 ID - Rajagopal2013 ER - TY - JOUR AU - Won, K. J. AU - Chepelev, I. AU - Ren, B. AU - Wang, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Prediction of regulatory elements in mammalian genomes using chromatin signatures JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-547 DO - 10.1186/1471-2105-9-547 ID - Won2008 ER - TY - JOUR AU - Firpi, H. A. AU - Ucar, D. AU - Tan, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Discover regulatory DNA elements using chromatin signatures and artificial neural network JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq248 DO - 10.1093/bioinformatics/btq248 ID - Firpi2010 ER - TY - JOUR AU - Fernández, M. AU - Miranda-Saavedra, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide enhancer prediction from epigenetic signatures using genetic algorithm-optimized support vector machines JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks149 DO - 10.1093/nar/gks149 ID - Fernández2012 ER - TY - JOUR AU - Marioni, J. C. AU - Mason, C. E. AU - Mane, S. M. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNA-seq: An assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.079558.108 DO - 10.1101/gr.079558.108 ID - Marioni2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, T. AU - Meyer, C. A. AU - Eeckhoute, J. AU - Johnson, D. S. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Myers, R. M. AU - Brown, M. AU - Li, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based analysis of chip-seq (macs) JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - Oshlack, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-3-r25 DO - 10.1186/gb-2010-11-3-r25 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Spyrou, C. AU - Stark, R. AU - Lynch, A. AU - Tavare, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - BayesPeak: Bayesian analysis of ChIP-seq data JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-299 DO - 10.1186/1471-2105-10-299 ID - Spyrou2009 ER - TY - JOUR AU - Hashimoto, T. B. AU - Edwards, M. D. AU - Gifford, D. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Universal Count Correction for High-Throughput Sequencing JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003494 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003494 ID - Hashimoto2014 ER - TY - STD TI - Fishilevich S, Nudel R, Rappaport N, Hadar R, Plaschkes I, Iny Stein T, Rosen N, Kohn A, Twik M, Safran M, et al.Genehancer: genome-wide integration of enhancers and target genes in genecards. Database; 2017(2017 Jan 1). https://doi.org/10.1093/database/bax028. ID - ref37 ER - TY - STD TI - Ho EY-K, Cao Q, Gu M, Chan RW-L, Wu Q, Gerstein M, Yip KY. Shaping the nebulous enhancer in the era of high-throughput assays and genome editing. Brief Bioinforma; 2019 bbz030(2019 Mar 20). https://doi.org/10.1093/bib/bbz030. http://oup.prod.sis.lan/bib/advance-article-pdf/doi/10.1093/bib/bbz030/28150740/bbz030.pdf. UR - http://oup.prod.sis.lan/bib/advance-article-pdf/doi/10.1093/bib/bbz030/28150740/bbz030.pdf ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Buecker, C. AU - Wysocka, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Enhancers as information integration hubs in development: lessons from genomics JO - Trends Genet VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2012.02.008 DO - 10.1016/j.tig.2012.02.008 ID - Buecker2012 ER - TY - JOUR AU - Xie, D. AU - Boyle, A. P. AU - Wu, L. AU - Zhai, J. AU - Kawli, T. AU - Snyder, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dynamic trans-acting factor colocalization in human cells JO - Cell VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.09.043 DO - 10.1016/j.cell.2013.09.043 ID - Xie2013 ER - TY - JOUR AU - Dogan, N. AU - Wu, W. AU - Morrissey, C. S. AU - Chen, K. B. AU - Stonestrom, A. AU - Long, M. AU - Keller, C. A. AU - Cheng, Y. AU - Jain, D. AU - Visel, A. AU - Pennacchio, L. A. AU - Weiss, M. J. AU - Blobel, G. A. AU - Hardison, R. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility JO - Epigenet Chromatin VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13072-015-0009-5 DO - 10.1186/s13072-015-0009-5 ID - Dogan2015 ER - TY - JOUR AU - Zacher, B. AU - Michel, M. AU - Schwalb, B. AU - Cramer, P. AU - Tresch, A. AU - Gagneur, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Accurate promoter and enhancer identification in 127 ENCODE and roadmap epigenomics cell types and tissues by GenoSTAN JO - PLoS ONE VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0169249 DO - 10.1371/journal.pone.0169249 ID - Zacher2017 ER - TY - JOUR AU - Dunham, I. AU - Kundaje, A. AU - Aldred, S. F. AU - Collins, P. J. AU - Davis, C. A. AU - Doyle, F. AU - Epstein, C. B. AU - Frietze, S. AU - Harrow, J. AU - Kaul, R. AU - Khatun, J. AU - Lajoie, B. R. AU - Landt, S. G. AU - Lee, B. K. AU - Pauli, F. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Sabo, P. AU - Safi, A. AU - Sanyal, A. AU - Shoresh, N. AU - Simon, J. M. AU - Song, L. AU - Trinklein, N. D. AU - Altshuler, R. C. AU - Birney, E. AU - Brown, J. B. AU - Cheng, C. AU - Djebali, S. AU - Dong, X. AU - Ernst, J. AU - Furey, T. S. AU - Gerstein, M. AU - Giardine, B. AU - Greven, M. AU - Hardison, R. C. AU - Harris, R. S. AU - Herrero, J. AU - Hoffman, M. M. AU - Iyer, S. AU - Kellis, M. AU - Kheradpour, P. AU - Lassmann, T. AU - Li, Q. AU - Lin, X. AU - Marinov, G. K. AU - Merkel, A. AU - Mortazavi, A. AU - Parker, S. C. J. AU - Reddy, T. E. AU - Rozowsky, J. AU - Schlesinger, F. AU - Thurman, R. E. AU - Wang, J. AU - Ward, L. D. AU - Whitfield, T. W. AU - Wilder, S. P. AU - Wu, W. AU - Xi, H. S. AU - Yip, K. Y. AU - Zhuang, J. AU - Bernstein, B. E. AU - Green, E. D. AU - Gunter, C. AU - Snyder, M. AU - Pazin, M. J. AU - Lowdon, R. F. AU - Dillon, L. A. L. AU - Adams, L. B. AU - Kelly, C. J. AU - Zhang, J. AU - Wexler, J. R. AU - Good, P. J. AU - Feingold, E. A. AU - Crawford, G. E. AU - Dekker, J. AU - Elnitski, L. AU - Farnham, P. J. AU - Giddings, M. C. AU - Gingeras, T. R. AU - Guigó, R. AU - Hubbard, T. J. AU - Kent, W. J. AU - Lieb, J. D. AU - Margulies, E. H. AU - Myers, R. M. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Tenenbaum, S. A. AU - Weng, Z. AU - White, K. P. AU - Wold, B. AU - Yu, Y. AU - Wrobel, J. AU - Risk, B. A. AU - Gunawardena, H. P. AU - Kuiper, H. C. AU - Maier, C. W. AU - Xie, L. AU - Chen, X. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Gillespie, S. AU - Goren, A. AU - Ram, O. AU - Zhang, X. AU - Wang, L. AU - Issner, R. AU - Coyne, M. J. AU - Durham, T. AU - Ku, M. AU - Truong, T. AU - Eaton, M. L. AU - Dobin, A. AU - Tanzer, A. AU - Lagarde, J. AU - Lin, W. AU - Xue, C. AU - Williams, B. A. AU - Zaleski, C. AU - Röder, M. AU - Kokocinski, F. AU - Abdelhamid, R. F. AU - Alioto, T. AU - Antoshechkin, I. AU - Baer, M. T. AU - Batut, P. AU - Bell, I. AU - Bell, K. AU - Chakrabortty, S. AU - Chrast, J. AU - Curado, J. AU - Derrien, T. AU - Drenkow, J. AU - Dumais, E. AU - Dumais, J. AU - Duttagupta, R. AU - Fastuca, M. AU - Fejes-Toth, K. AU - Ferreira, P. AU - Foissac, S. AU - Fullwood, M. J. AU - Gao, H. AU - Gonzalez, D. AU - Gordon, A. AU - Howald, C. AU - Jha, S. AU - Johnson, R. AU - Kapranov, P. AU - King, B. AU - Kingswood, C. AU - Li, G. AU - Luo, O. J. AU - Park, E. AU - Preall, J. B. AU - Presaud, K. AU - Ribeca, P. AU - Robyr, D. AU - Ruan, X. AU - Sammeth, M. AU - Sandhu, K. S. AU - Schaeffer, L. AU - See, L. H. AU - Shahab, A. AU - Skancke, J. AU - Suzuki, A. M. AU - Takahashi, H. AU - Tilgner, H. AU - Trout, D. AU - Walters, N. AU - Wang, H. AU - Hayashizaki, Y. AU - Reymond, A. AU - Antonarakis, S. E. AU - Hannon, G. J. AU - Ruan, Y. AU - Carninci, P. AU - Sloan, C. A. AU - Learned, K. AU - Malladi, V. S. AU - Wong, M. C. AU - Barber, G. P. AU - Cline, M. S. AU - Dreszer, T. R. AU - Heitner, S. G. AU - Karolchik, D. AU - Kirkup, V. M. AU - Meyer, L. R. AU - Long, J. C. AU - Maddren, M. AU - Raney, B. J. AU - Grasfeder, L. L. AU - Giresi, P. G. AU - Battenhouse, A. AU - Sheffield, N. C. AU - Showers, K. A. AU - London, D. AU - Bhinge, A. A. AU - Shestak, C. AU - Schaner, M. R. AU - Kim, S. K. AU - Zhang, Z. Z. AU - Mieczkowski, P. A. AU - Mieczkowska, J. O. AU - Liu, Z. AU - McDaniell, R. M. AU - Ni, Y. AU - Rashid, N. U. AU - Kim, M. J. AU - Adar, S. AU - Zhang, Z. AU - Wang, T. AU - Winter, D. AU - Keefe, D. AU - Iyer, V. R. AU - Zheng, M. AU - Wang, P. AU - Gertz, J. AU - Vielmetter, J. AU - Partridge, E. C. AU - Varley, K. E. AU - Gasper, C. AU - Bansal, A. AU - Pepke, S. AU - Jain, P. AU - Amrhein, H. AU - Bowling, K. M. AU - Anaya, M. AU - Cross, M. K. AU - Muratet, M. A. AU - Newberry, K. M. AU - McCue, K. AU - Nesmith, A. S. AU - Fisher-Aylor, K. I. AU - Pusey, B. AU - DeSalvo, G. AU - Parker, S. L. AU - Balasubramanian, S. AU - Davis, N. S. AU - Meadows, S. K. AU - Eggleston, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Newberr: An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - Dunham2012 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at ucsc JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102 DO - 10.1101/gr.229102 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Lambert, S. A. AU - Jolma, A. AU - Campitelli, L. F. AU - Das, P. K. AU - Yin, Y. AU - Albu, M. AU - Chen, X. AU - Taipale, J. AU - Hughes, T. R. AU - Weirauch, M. T. PY - 2018 DA - 2018// TI - The Human Transcription Factors JO - Cell VL - 172 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.01.029 DO - 10.1016/j.cell.2018.01.029 ID - Lambert2018 ER - TY - JOUR AU - Teytelman, L. AU - Thurtle, D. M. AU - Rine, J. AU - van Oudenaarden, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Highly expressed loci are vulnerable to misleading chip localization of multiple unrelated proteins JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1316064110 DO - 10.1073/pnas.1316064110 ID - Teytelman2013 ER - TY - JOUR AU - Wreczycka, K. AU - Franke, V. AU - Uyar, B. AU - Wurmus, R. AU - Bulut, S. AU - Tursun, B. AU - Akalin, A. PY - 2019 DA - 2019// TI - Hot or not: examining the basis of high-occupancy target regions JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkz460 DO - 10.1093/nar/gkz460 ID - Wreczycka2019 ER - TY - JOUR AU - Strackee, J. AU - van der Gon, J. J. D. PY - 1962 DA - 1962// TI - The frequency distribution of the difference between two Poisson variates JO - Stat Neerlandica VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-9574.1962.tb01182.x DO - 10.1111/j.1467-9574.1962.tb01182.x ID - Strackee1962 ER - TY - JOUR AU - Song, Q. AU - Smith, A. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identifying dispersed epigenomic domains from ChIP-Seq data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr030 DO - 10.1093/bioinformatics/btr030 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Kundaje, A. AU - Kyriazopoulou-Panagiotopoulou, S. AU - Libbrecht, M. AU - Smith, C. L. AU - Raha, D. AU - Winters, E. E. AU - Johnson, S. M. AU - Snyder, M. AU - Batzoglou, S. AU - Sidow, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ubiquitous heterogeneity and asymmetry of the chromatin environment at regulatory elements JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136366.111 DO - 10.1101/gr.136366.111 ID - Kundaje2012 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, F. G. G. AU - Markus, K. G. AU - Friborg, R. M. AU - Favrholdt, L. M. AU - Stunnenberg, H. G. AU - Huynen, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - CATCHprofiles: Clustering and alignment tool for chip profiles JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028272 DO - 10.1371/journal.pone.0028272 ID - Nielsen2012 ER - TY - JOUR AU - Nair, N. U. AU - Kumar, S. AU - Moret, B. M. E. AU - Bucher, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Probabilistic partitioning methods to find significant patterns in ChIP-Seq data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu318 DO - 10.1093/bioinformatics/btu318 ID - Nair2014 ER - TY - JOUR AU - Calo, E. AU - Wysocka, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Modification of Enhancer Chromatin: What, How, and Why?, JO - Mol Cell VL - 49 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.01.038 DO - 10.1016/j.molcel.2013.01.038 ID - Calo2013 ER - TY - JOUR AU - Fleischer, T. AU - Tekpli, X. AU - Mathelier, A. AU - Wang, S. AU - Nebdal, D. AU - Dhakal, H. P. AU - Sahlberg, K. K. AU - Schlichting, E. AU - Sauer, T. AU - Geisler, J. AU - Hofvind, S. AU - Bathen, T. F. AU - Engebraaten, O. AU - Garred, Ø. AU - Geitvik, G. A. AU - Langerød, A. AU - Kåresen, R. AU - Mælandsmo, G. M. AU - Russnes, H. G. AU - Sørlie, T. AU - Lingjærde, O. C. AU - Skjerven, H. K. AU - Park, D. AU - Fritzman, B. AU - Børresen-Dale, A. L. AU - Borgen, E. AU - Naume, B. AU - Eskeland, R. AU - Frigessi, A. AU - Tost, J. AU - Hurtado, A. AU - Kristensen, V. N. PY - 2017 DA - 2017// TI - DNA methylation at enhancers identifies distinct breast cancer lineages JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-00510-x DO - 10.1038/s41467-017-00510-x ID - Fleischer2017 ER - TY - STD TI - Li Y, Shi W, Wasserman WW. Genome-wide prediction of cis-regulatory regions using supervised deep learning methods. BMC Bioinformatics. 2018; 19(1). https://doi.org/10.1186/s12859-018-2187-1. ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Kwasnieski, J. C. AU - Fiore, C. AU - Chaudhari, H. G. AU - Cohen, B. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - High-throughput functional testing of ENCODE segmentation predictions JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.173518.114 DO - 10.1101/gr.173518.114 ID - Kwasnieski2014 ER - TY - JOUR AU - Kheradpour, P. AU - Ernst, J. AU - Melnikov, A. AU - Rogov, P. AU - Wang, L. AU - Zhang, X. AU - Alston, J. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Kellis, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Systematic dissection of regulatory motifs in 2000 predicted human enhancers using a massively parallel reporter assay JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.144899.112 DO - 10.1101/gr.144899.112 ID - Kheradpour2013 ER - TY - JOUR AU - Thurman, R. E. AU - Rynes, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - The accessible chromatin landscape of the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11232 DO - 10.1038/nature11232 ID - Thurman2012 ER - TY - STD TI - Cui K, Zhao K. Genome-wide approaches to determining nucleosome occupancy in metazoans using MNase-Seq In: Morse RH, editor. Methods in Molecular Biology, vol. 833. Humana Press: 2012. p. 413–9. https://doi.org/10.1007/978-1-61779-477-3_24. ID - ref59 ER - TY - JOUR AU - Schones, D. E. AU - Cui, K. AU - Cuddapah, S. AU - Roh, T. Y. AU - Barski, A. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamic Regulation of Nucleosome Positioning in the Human Genome JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.02.022 DO - 10.1016/j.cell.2008.02.022 ID - Schones2008 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Marx, V. PY - 2017 DA - 2017// TI - How to deduplicate PCR JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4268 DO - 10.1038/nmeth.4268 ID - Marx2017 ER - TY - JOUR AU - Landt, S. G. AU - Marinov, G. K. AU - Kundaje, A. AU - Kheradpour, P. AU - Pauli, F. AU - Batzoglou, S. AU - Bernstein, B. E. AU - Bickel, P. AU - Brown, J. B. AU - Cayting, P. AU - Chen, Y. AU - DeSalvo, G. AU - Epstein, C. AU - Fisher-Aylor, K. I. AU - Euskirchen, G. AU - Gerstein, M. AU - Gertz, J. AU - Hartemink, A. J. AU - Hoffman, M. M. AU - Iyer, V. R. AU - Jung, Y. L. AU - Karmakar, S. AU - Kellis, M. AU - Kharchenko, P. V. AU - Li, Q. AU - Liu, T. AU - Liu, X. S. AU - Ma, L. AU - Milosavljevic, A. AU - Myers, R. M. AU - Park, P. J. AU - Pazin, M. J. AU - Perry, M. D. AU - Raha, D. AU - Reddy, T. E. AU - Rozowsky, J. AU - Shoresh, N. AU - Sidow, A. AU - Slattery, M. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Tolstorukov, M. Y. AU - White, K. P. AU - Xi, S. AU - Farnham, P. J. AU - Lieb, J. D. AU - Wold, B. J. AU - Snyder, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136184.111 DO - 10.1101/gr.136184.111 ID - Landt2012 ER - TY - JOUR AU - Kharchenko, P. V. AU - Tolstorukov, M. Y. AU - Park, P. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1508 DO - 10.1038/nbt.1508 ID - Kharchenko2008 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. AU - Brown, J. B. AU - Huang, H. AU - Bickel, P. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Measuring reproducibility of high-throughput experiments JO - Annals Appl Stat VL - 5 UR - https://doi.org/10.1214/11-AOAS466 DO - 10.1214/11-AOAS466 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Le Martelot, G. AU - Canella, D. AU - Symul, L. AU - Migliavacca, E. AU - Gilardi, F. AU - Liechti, R. AU - Martin, O. AU - Harshman, K. AU - Delorenzi, M. AU - Desvergne, B. AU - Herr, W. AU - Deplancke, B. AU - Schibler, U. AU - Rougemont, J. AU - Guex, N. AU - Hernandez, N. AU - Naef, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-Wide RNA Polymerase II Profiles and RNA Accumulation Reveal Kinetics of Transcription and Associated Epigenetic Changes During Diurnal Cycles JO - PLoS Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001442 DO - 10.1371/journal.pbio.1001442 ID - Le Martelot2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. K. AU - Hemberg, M. AU - Gray, J. M. AU - Costa, A. M. AU - Bear, D. M. AU - Wu, J. AU - Harmin, D. A. AU - Laptewicz, M. AU - Barbara-Haley, K. AU - Kuersten, S. AU - Markenscoff-Papadimitriou, E. AU - Kuhl, D. AU - Bito, H. AU - Worley, P. F. AU - Kreiman, G. AU - Greenberg, M. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers JO - Nature VL - 465 UR - https://doi.org/10.1038/nature09033 DO - 10.1038/nature09033 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Frankish, A. AU - Diekhans, M. AU - Ferreira, A. M. AU - Johnson, R. AU - Jungreis, I. AU - Loveland, J. AU - Mudge, J. M. AU - Sisu, C. AU - Wright, J. AU - Armstrong, J. AU - Barnes, I. AU - Berry, A. AU - Bignell, A. AU - Carbonell Sala, S. AU - Chrast, J. AU - Cunningham, F. AU - Di Domenico, T. AU - Donaldson, S. AU - Fiddes, I. T. AU - García Girón, C. AU - Gonzalez, J. M. AU - Grego, T. AU - Hardy, M. AU - Hourlier, T. AU - Hunt, T. AU - Izuogu, O. G. AU - Lagarde, J. AU - Martin, F. J. AU - Martínez, L. AU - Mohanan, S. AU - Muir, P. AU - Navarro, F. C. P. AU - Parker, A. AU - Pei, B. AU - Pozo, F. AU - Ruffier, M. AU - Schmitt, B. M. AU - Stapleton, E. AU - Suner, M. M. AU - Sycheva, I. AU - Uszczynska-Ratajczak, B. AU - Xu, J. AU - Yates, A. AU - Zerbino, D. AU - Zhang, Y. AU - Aken, B. AU - Choudhary, J. S. AU - Gerstein, M. AU - Guigó, R. AU - Hubbard, T. J. P. AU - Kellis, M. AU - Paten, B. AU - Reymond, A. AU - Tress, M. L. AU - Flicek, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - GENCODE reference annotation for the human and mouse genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky955 DO - 10.1093/nar/gky955 ID - Frankish2019 ER - TY - JOUR AU - Carroll, T. S. AU - Liang, Z. AU - Salama, R. AU - Stark, R. AU - de Santiago, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - Impact of artifact removal on ChIP quality metrics in ChIP-seq and ChIP-exo data JO - Front Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fgene.2014.00075 DO - 10.3389/fgene.2014.00075 ID - Carroll2014 ER - TY - JOUR AU - Gu, Z. AU - Eils, R. AU - Schlesner, M. AU - Ishaque, N. PY - 2018 DA - 2018// TI - Enrichedheatmap: an r/bioconductor package for comprehensive visualization of genomic signal associations JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4625-x DO - 10.1186/s12864-018-4625-x ID - Gu2018 ER - TY - JOUR AU - Chang, C. C. AU - Lin, C. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - LIBSVM: A Library for support vector machines JO - ACM Trans Intell Syst Technol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1145/1961189.1961199 DO - 10.1145/1961189.1961199 ID - Chang2011 ER -