TY - JOUR AU - Ciarletta, P. AU - Foret, L. AU - Ben Amar, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The radial growth phase of malignant melanoma: multi-phase modelling, numerical simulations and linear stability analysis JO - J R Soc Interface VL - 8 ID - Ciarletta2010 ER - TY - JOUR AU - Singh, N. AU - Gupta, S. K. PY - 2019 DA - 2019// TI - Recent advancement in the early detection of melanoma using computerized tools: an image analysis perspective JO - Skin Res Technol VL - 25 ID - Singh2019 ER - TY - JOUR AU - Singh, N. AU - Freiesleben, S. AU - Wolkenhauer, O. AU - Shukla, Y. AU - Gupta, S. K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Identification of antineoplastic targets with systems approaches, using resveratrol as an in-depth case study JO - Curr Pharm Des VL - 23 ID - Singh2017 ER - TY - JOUR AU - Fujita, A. AU - Sato, J. R. AU - Garay-Malpartida, H. M. AU - Yamaguchi, R. AU - Miyano, S. AU - Sogayar, M. C. AU - Ferreira, C. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model JO - BMC Syst Biol VL - 1 ID - Fujita2007 ER - TY - JOUR AU - Beyer, S. AU - Fleming, J. AU - Meng, W. AU - Singh, R. AU - Haque, S. AU - Chakravarti, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - The role of miRNAs in angiogenesis, invasion and metabolism and their therapeutic implications in gliomas JO - Cancers VL - 9 ID - Beyer2017 ER - TY - JOUR AU - Oliveto, S. AU - Mancino, M. AU - Manfrini, N. AU - Biffo, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Role of microRNAs in translation regulation and cancer JO - World J Biol Chem VL - 8 ID - Oliveto2017 ER - TY - JOUR AU - Lai, F. AU - Orom, U. A. AU - Cesaroni, M. AU - Beringer, M. AU - Taatjes, D. J. AU - Blobel, G. A. AU - Shiekhattar, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Activating RNAs associate with mediator to enhance chromatin architecture and transcription JO - Nature VL - 494 ID - Lai2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, C. -. J. AU - Gao, C. AU - Ma, Z. AU - Cong, R. AU - Zhang, Q. AU - Guo, A. -. Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - lncRInter: a database of experimentally validated long non-coding RNA interaction JO - J Genet Genomics VL - 44 ID - Liu2017 ER - TY - JOUR AU - Quinn, J. J. AU - Zhang, Q. C. AU - Georgiev, P. AU - Ilik, I. A. AU - Akhtar, A. AU - Chang, H. Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Rapid evolutionary turnover underlies conserved lncRNA–genome interactions JO - Genes Dev VL - 30 ID - Quinn2016 ER - TY - JOUR AU - Alvarez-Dominguez, J. R. AU - Lodish, H. F. PY - 2017 DA - 2017// TI - Emerging mechanisms of long noncoding RNA function during normal and malignant hematopoiesis JO - Blood VL - 130 ID - Alvarez-Dominguez2017 ER - TY - JOUR AU - Morriss, G. R. AU - Cooper, T. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Protein sequestration as a normal function of long noncoding RNAs and a pathogenic mechanism of RNAs containing nucleotide repeat expansions JO - Hum Genet VL - 136 ID - Morriss2017 ER - TY - JOUR AU - Sanchez Calle, A. AU - Kawamura, Y. AU - Yamamoto, Y. AU - Takeshita, F. AU - Ochiya, T. PY - 2018 DA - 2018// TI - Emerging roles of long non-coding RNA in cancer JO - Cancer Sci VL - 109 ID - Sanchez Calle2018 ER - TY - JOUR AU - He, X. AU - Zhang, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Why do hubs tend to be essential in protein networks? JO - PLoS Genet VL - 2 ID - He2006 ER - TY - JOUR AU - Abbasi, A. AU - Hossain, L. AU - Leydesdorff, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Betweenness centrality as a driver of preferential attachment in the evolution of research collaboration networks JO - J Informetr VL - 6 ID - Abbasi2012 ER - TY - JOUR AU - Du, Y. AU - Gao, C. AU - Chen, X. AU - Hu, Y. AU - Sadiq, R. AU - Deng, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - A new closeness centrality measure via effective distance in complex networks JO - Chaos VL - 25 ID - Du2015 ER - TY - JOUR AU - Opsahl, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Triadic closure in two-mode networks: redefining the global and local clustering coefficients JO - Soc Networks VL - 35 ID - Opsahl2013 ER - TY - JOUR AU - Sætrom, P. AU - Heale, B. S. AU - Snøve, O. AU - Aagaard, L. AU - Alluin, J. AU - Rossi, J. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distance constraints between microRNA target sites dictate efficacy and cooperativity JO - Nucleic Acids Res VL - 35 ID - Sætrom2007 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Guo, D. AU - Zhao, Y. AU - Ren, M. AU - Lu, G. AU - Wang, Y. AU - Zhang, J. AU - Mi, C. AU - He, S. AU - Lu, X. PY - 2018 DA - 2018// TI - Long non-coding RNA SNHG5 promotes human hepatocellular carcinoma progression by regulating miR-26a-5p/GSK3β signal pathway JO - Cell Death Dis VL - 9 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. -. J. AU - Shin, J. -. Y. AU - Lee, K. -. D. AU - Bae, Y. -. K. AU - Sung, K. W. AU - Nam, S. J. AU - Chun, K. -. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - MicroRNA let-7a suppresses breast cancer cell migration and invasion through downregulation of CC chemokine receptor type 7 JO - Breast Cancer Res VL - 14 ID - Kim2012 ER - TY - JOUR AU - Pillai, M. M. AU - Gillen, A. E. AU - Yamamoto, T. M. AU - Kline, E. AU - Brown, J. AU - Flory, K. AU - Hesselberth, J. R. AU - Kabos, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - HITS-CLIP reveals key regulators of nuclear receptor signaling in breast cancer JO - Breast Cancer Res Treat VL - 146 ID - Pillai2014 ER - TY - JOUR AU - Yang, C. AU - Li, X. AU - Wang, Y. AU - Zhao, L. AU - Chen, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Long non-coding RNA UCA1 regulated cell cycle distribution via CREB through PI3-K dependent pathway in bladder carcinoma cells JO - Gene VL - 496 ID - Yang2012 ER - TY - JOUR AU - Androulidaki, A. AU - Iliopoulos, D. AU - Arranz, A. AU - Doxaki, C. AU - Schworer, S. AU - Zacharioudaki, V. AU - Margioris, A. N. AU - Tsichlis, P. N. AU - Tsatsanis, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - The kinase Akt1 controls macrophage response to lipopolysaccharide by regulating microRNAs JO - Immunity VL - 31 ID - Androulidaki2009 ER - TY - STD TI - Goldman M, Craft B, Zhu J, Haussler D. The UCSC Xena system for cancer genomics data visualization and interpretation [abstract 2584]. Cancer Res. 2017;77:2584. Available: https://cancerres.aacrjournals.org/content/77/13_Supplement/2584. UR - https://cancerres.aacrjournals.org/content/77/13_Supplement/2584 ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Dickson, P. V. AU - Gershenwald, J. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Staging and prognosis of cutaneous melanoma JO - Surg Oncol Clin VL - 20 ID - Dickson2011 ER - TY - BOOK PY - 2014 DA - 2014// TI - GraphPad Software, Inc. GraphPad Prism Users Guide PB - GraphPad Software CY - La Jolla ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. -. A. AU - Tripathi, L. P. AU - Mizuguchi, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - TargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation and target discovery JO - PLoS One VL - 6 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Han, X. AU - Wan, Y. AU - Zhang, S. AU - Zhao, Y. AU - Fan, R. AU - Cui, Q. AU - Zhou, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - TAM 2.0: tool for MicroRNA set analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 46 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Chen, G. AU - Wang, Z. AU - Wang, D. AU - Qiu, C. AU - Liu, M. AU - Chen, X. AU - Zhang, Q. AU - Yan, G. AU - Cui, Q. PY - 2012 DA - 2012// TI - LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases JO - Nucleic Acids Res VL - 41 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Ning, S. AU - Zhang, J. AU - Wang, P. AU - Zhi, H. AU - Wang, J. AU - Liu, Y. AU - Gao, Y. AU - Guo, M. AU - Yue, M. AU - Wang, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Lnc2Cancer: a manually curated database of experimentally supported lncRNAs associated with various human cancers JO - Nucleic Acids Res VL - 44 ID - Ning2015 ER - TY - JOUR AU - Zhou, B. AU - Zhao, H. AU - Yu, J. AU - Guo, C. AU - Dou, X. AU - Song, F. AU - Hu, G. AU - Cao, Z. AU - Qu, Y. AU - Yang, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - EVLncRNAs: a manually curated database for long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 46 ID - Zhou2017 ER - TY - JOUR AU - Jiang, Q. AU - Wang, Y. AU - Hao, Y. AU - Juan, L. AU - Teng, M. AU - Zhang, X. AU - Li, M. AU - Wang, G. AU - Liu, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease JO - Nucleic Acids Res VL - 37 ID - Jiang2008 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Grocock, R. J. AU - Dongen, S. AU - Bateman, A. AU - Enright, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature JO - Nucleic Acids Res VL - 34 ID - Griffiths-Jones2006 ER - TY - JOUR AU - Hsu, S. -. D. AU - Lin, F. -. M. AU - Wu, W. -. Y. AU - Liang, C. AU - Huang, W. -. C. AU - Chan, W. -. L. AU - Tsai, W. -. T. AU - Chen, G. -. Z. AU - Lee, C. -. J. AU - Chiu, C. -. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - miRTarBase: a database curates experimentally validated microRNA–target interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 39 ID - Hsu2010 ER - TY - JOUR AU - Krüger, J. AU - Rehmsmeier, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible JO - Nucleic Acids Res VL - 34 ID - Krüger2006 ER - TY - JOUR AU - Muppirala, U. K. AU - Lewis, B. A. AU - Dobbs, D. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Computational tools for investigating RNA-protein interaction partners JO - J Comput Sci Comput Biol VL - 6 ID - Muppirala2013 ER - TY - JOUR AU - Hao, Y. AU - Wu, W. AU - Li, H. AU - Yuan, J. AU - Luo, J. AU - Zhao, Y. AU - Chen, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - NPInter v3. 0: an upgraded database of noncoding RNA-associated interactions JO - Database VL - 2016 ID - Hao2016 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Lu, M. AU - Qiu, C. AU - Cui, Q. PY - 2009 DA - 2009// TI - TransmiR: a transcription factor–microRNA regulation database JO - Nucleic Acids Res VL - 38 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Martin, A. AU - Ochagavia, M. E. AU - Rabasa, L. C. AU - Miranda, J. AU - Fernandez-de-Cossio, J. AU - Bringas, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - BisoGenet: a new tool for gene network building, visualization and analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 11 ID - Martin2010 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Assenov, Y. AU - Ramírez, F. AU - Schelhorn, S. -. E. AU - Lengauer, T. AU - Albrecht, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Computing topological parameters of biological networks JO - Bioinformatics VL - 24 ID - Assenov2007 ER - TY - JOUR AU - Le, D. -. H. AU - Kwon, Y. -. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - NetDS: a Cytoscape plugin to analyze the robustness of dynamics and feedforward/feedback loop structures of biological networks JO - Bioinformatics VL - 27 ID - Le2011 ER - TY - JOUR AU - Khan, F. M. AU - Marquardt, S. AU - Gupta, S. K. AU - Knoll, S. AU - Schmitz, U. AU - Spitschak, A. AU - Engelmann, D. AU - Vera, J. AU - Wolkenhauer, O. AU - Pützer, B. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Unraveling a tumor type-specific regulatory core underlying E2F1-mediated epithelial-mesenchymal transition to predict receptor protein signatures JO - Nat Commun VL - 8 ID - Khan2017 ER - TY - STD TI - Schoonjans F. ROC curve analysis with MedCalc. MedCalc. 2018. [online] Available: https://www.medcalc.org/index.php. UR - https://www.medcalc.org/index.php ID - ref43 ER -