TY - JOUR AU - Schadt, E. E. AU - Turner, S. AU - Kasarskis, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A window into third-generation sequencing JO - Hum Mol Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddq416 DO - 10.1093/hmg/ddq416 ID - Schadt2010 ER - TY - JOUR AU - Goodwin, S. AU - McPherson, J. D. AU - McCombie, W. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies JO - Nat Rev Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49 DO - 10.1038/nrg.2016.49 ID - Goodwin2016 ER - TY - JOUR AU - Rhoads, A. AU - Au, K. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - PacBio sequencing and its applications JO - Genom Proteom Bioinform VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.08.002 DO - 10.1016/j.gpb.2015.08.002 ID - Rhoads2015 ER - TY - JOUR AU - Ross, M. G. AU - Russ, C. AU - Costello, M. AU - Hollinger, A. AU - Lennon, N. J. AU - Hegarty, R. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterizing and measuring bias in sequence data JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-5-r51 DO - 10.1186/gb-2013-14-5-r51 ID - Ross2013 ER - TY - JOUR AU - Ardui, S. AU - Ameur, A. AU - Vermeesch, J. R. AU - Hestand, M. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Single molecule real-time (SMRT) sequencing comes of age: applications and utilities for medical diagnostics JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky066 DO - 10.1093/nar/gky066 ID - Ardui2018 ER - TY - BOOK AU - Andrews, S. AU - Krueger, F. AU - Segonds-Pichon, A. AU - Biggins, L. AU - Krueger, C. AU - Wingett, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - FastQC PB - Babraham Institute CY - Babraham ID - Andrews2012 ER - TY - JOUR AU - Lanfear, R. AU - Schalamun, M. AU - Kainer, D. AU - Wang, W. AU - Schwessinger, B. PY - 2019 DA - 2019// TI - MinIONQC: fast and simple quality control for MinION sequencing data JO - Bioinformatics VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty654 DO - 10.1093/bioinformatics/bty654 ID - Lanfear2019 ER - TY - JOUR AU - Desvillechabrol, D. AU - Legendre, R. AU - Rioualen, C. AU - Bouchier, C. AU - Helden, J. AU - Kennedy, S. AU - Cokelaer, T. PY - 2018 DA - 2018// TI - Sequanix: a dynamic graphical interface for snakemake workflows JO - Bioinformatics VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty034 DO - 10.1093/bioinformatics/bty034 ID - Desvillechabrol2018 ER - TY - STD TI - PacificBiosciences/stsPlots. Plot primary analysis quality control metrics. https://github.com/PacificBiosciences/stsPlots. Accessed 8 June 2019 UR - https://github.com/PacificBiosciences/stsPlots ID - ref9 ER - TY - STD TI - Software Downloads. Accessed 5 July 2019. https://www.pacb.com/support/software-downloads/ UR - https://www.pacb.com/support/software-downloads/ ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Wenger, A. M. AU - Peluso, P. AU - Rowell, W. J. AU - Chang, P. C. AU - Hall, R. J. AU - Concepcion, G. T. AU - Ebler, J. AU - Fungtammasan, A. AU - Kolesnikov, A. AU - Olson, N. D. AU - Topfer, A. AU - Alonge, M. AU - Mahmoud, M. AU - Qian, Y. AU - Chin, C. S. AU - Phillippy, A. M. AU - Schatz, M. C. AU - Myers, G. AU - DePristo, M. A. AU - Ruan, J. AU - Marschall, T. AU - Sedlazeck, F. J. AU - Zook, J. M. AU - Li, H. AU - Koren, S. AU - Carroll, A. AU - Rank, D. R. AU - Hunkapiller, M. W. PY - 2019 DA - 2019// TI - Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome JO - Nat Biotechnol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/s41587-019-0217-9 DO - 10.1038/s41587-019-0217-9 ID - Wenger2019 ER - TY - STD TI - Pacific Biosciences of California I. ccs. GitHub. https://github.com/PacificBiosciences/ccs. Accessed 7 Oct 2019 UR - https://github.com/PacificBiosciences/ccs ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - STD TI - BAM format specification for PacBio. Accessed 12 Oct 2019. https://pacbiofileformats.readthedocs.io/en/5.1/BAM.html. UR - https://pacbiofileformats.readthedocs.io/en/5.1/BAM.html ID - ref14 ER - TY - STD TI - Ou S, Liu J, Manchanda N, Gilbert AM, Wei X, Chin C-S, Hufnagel DE, Pedersen S, Snodgrass S, Fengler K, et al. Effect of sequence depth and length in long-read assembly of the maize inbred nc358. Nat Biotechnol; 2019. ID - ref15 ER - TY - STD TI - The PacBio Arabidopsis Thaliana Genome. https://downloads.pacbcloud.com/public/SequelData/ArabidopsisDemoData/SequenceData/1_A01_customer/. Accessed 12 July 2020. UR - https://downloads.pacbcloud.com/public/SequelData/ArabidopsisDemoData/SequenceData/1_A01_customer/ ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Sergey, K. AU - Walenz, B. P. AU - Berlin, K. AU - Miller, J. R. AU - Bergman, N. H. AU - Phillippy, A. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.215087.116 DO - 10.1101/gr.215087.116 ID - Sergey2017 ER - TY - JOUR AU - Bradnam, K. R. AU - Fass, J. N. AU - Alexandrov, A. AU - Baranay, P. AU - Bechner, M. AU - Birol, I. AU - Boisvert, S. AU - Chapman, J. A. AU - Chapuis, G. AU - Chikhi, R. AU - Chitsaz, H. AU - Chou, W. -. C. AU - Corbeil, J. AU - Fabbro, C. AU - Docking, T. R. AU - Durbin, R. AU - Earl, D. AU - Emrich, S. AU - Fedotov, P. AU - Fonseca, N. A. AU - Ganapathy, G. AU - Gibbs, R. A. AU - Gnerre, S. AU - Godzaridis Goldstein, S. AU - Haimel, M. AU - Hall, G. AU - Haussler, D. AU - Hiatt, J. B. AU - Ho, I. Y. AU - Howard, J. AU - Hunt, M. AU - Jackman, S. D. AU - Jaffe, D. B. AU - Jarvis, E. D. AU - Jiang, H. AU - Kazakov, S. AU - Kersey, P. J. AU - Kitzman, J. O. AU - Knight, J. R. AU - Koren, S. AU - Lam, T. -. W. AU - Lavenier, D. AU - Laviolette, F. AU - Li, Y. AU - Li, Z. AU - Liu, B. AU - Liu, Y. AU - Luo, R. AU - MacCallum, I. AU - MacManes, M. D. AU - Maillet, N. AU - Melnikov, S. AU - Naquin, D. AU - Ning, Z. AU - Otto, T. D. AU - Paten, B. AU - Paulo, O. S. AU - Phillippy, A. M. AU - Pina-Martins, F. AU - Place, M. AU - Przybylski, D. AU - Qin, X. AU - Qu, C. AU - Ribeiro, F. J. AU - Richards, S. AU - Rokhsar, D. S. AU - Ruby, J. G. AU - Scalabrin, S. AU - Schatz, M. C. AU - Schwartz, D. C. AU - Sergushichev, A. AU - Sharpe, T. AU - Shaw, T. I. AU - Shendure, J. AU - Shi, Y. AU - Simpson, J. T. AU - Song, H. AU - Tsarev, F. AU - Vezzi, F. AU - Vicedomini, R. AU - Vieira, B. M. AU - Wang, J. AU - Worley, K. C. AU - Yin, S. AU - Yiu, S. -. M. AU - Yuan, J. AU - Zhang, G. AU - Zhang, H. AU - Zhou, S. AU - Korf, I. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species JO - GigaScience UR - https://doi.org/10.1186/2047-217X-2-10 DO - 10.1186/2047-217X-2-10 ID - Bradnam2013 ER -