TY - JOUR AU - Lewis, C. J. AU - Pan, T. AU - Kalsotra, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - RNA modifications and structures cooperate to guide RNA-protein interactions JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nrm.2016.163 DO - 10.1038/nrm.2016.163 ID - Lewis2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Lu, Z. AU - Gomez, A. AU - Hon, G. C. AU - Yue, Y. AU - Han, D. AU - Fu, Y. AU - Parisien, M. AU - Dai, Q. AU - Jia, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12730 DO - 10.1038/nature12730 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Xiao, W. AU - Adhikari, S. AU - Dahal, U. AU - Chen, Y. S. AU - Hao, Y. J. AU - Sun, B. F. AU - Sun, H. Y. AU - Li, A. AU - Ping, X. L. AU - Lai, W. Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Nuclear m(6) a reader YTHDC1 regulates mRNA splicing JO - Mol Cell VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2016.01.012 DO - 10.1016/j.molcel.2016.01.012 ID - Xiao2016 ER - TY - JOUR AU - Batista, P. J. AU - Molinie, B. AU - Wang, J. AU - Qu, K. AU - Zhang, J. AU - Li, L. AU - Bouley, D. M. AU - Lujan, E. AU - Haddad, B. AU - Daneshvar, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - M(6) a RNA modification controls cell fate transition in mammalian embryonic stem cells JO - Cell Stem Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2014.09.019 DO - 10.1016/j.stem.2014.09.019 ID - Batista2014 ER - TY - JOUR AU - Choe, J. AU - Lin, S. AU - Zhang, W. AU - Liu, Q. AU - Wang, L. AU - Ramirez-Moya, J. AU - Du, P. AU - Kim, W. AU - Tang, S. AU - Sliz, P. PY - 2018 DA - 2018// TI - mRNA circularization by METTL3-eIF3h enhances translation and promotes oncogenesis JO - Nature VL - 561 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-018-0538-8 DO - 10.1038/s41586-018-0538-8 ID - Choe2018 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Wang, M. AU - Xie, D. AU - Huang, Z. AU - Zhang, L. AU - Yang, Y. AU - Ma, D. AU - Li, W. AU - Zhou, Q. AU - Yang, Y. G. PY - 2018 DA - 2018// TI - METTL3-mediated N(6)-methyladenosine mRNA modification enhances long-term memory consolidation JO - Cell Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/s41422-018-0092-9 DO - 10.1038/s41422-018-0092-9 ID - Zhang2018 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Wang, H. AU - Wei, Z. AU - Zhang, S. AU - Hua, G. AU - Zhang, S. W. AU - Zhang, L. AU - Gao, S. J. AU - Meng, J. AU - Chen, X. PY - 2018 DA - 2018// TI - MeT-DB V2.0: elucidating context-specific functions of N6-methyl-adenosine methyltranscriptome JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1080 DO - 10.1093/nar/gkx1080 ID - Liu2018 ER - TY - JOUR AU - Xuan, J. J. AU - Sun, W. J. AU - Lin, P. H. AU - Zhou, K. R. AU - Liu, S. AU - Zheng, L. L. AU - Qu, L. H. AU - Yang, J. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx934 DO - 10.1093/nar/gkx934 ID - Xuan2018 ER - TY - JOUR AU - Muller, C. AU - Schillert, A. AU - Rothemeier, C. AU - Tregouet, D. A. AU - Proust, C. AU - Binder, H. AU - Pfeiffer, N. AU - Beutel, M. AU - Lackner, K. J. AU - Schnabel, R. B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Removing batch effects from longitudinal gene expression - Quantile normalization plus ComBat as best approach for microarray Transcriptome data JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0156594 DO - 10.1371/journal.pone.0156594 ID - Muller2016 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Astrand, M. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - JOUR AU - Ritchie, M. E. AU - Phipson, B. AU - Wu, D. AU - Hu, Y. AU - Law, C. W. AU - Shi, W. AU - Smyth, G. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv007 DO - 10.1093/nar/gkv007 ID - Ritchie2015 ER - TY - JOUR AU - Leek, J. T. AU - Johnson, W. E. AU - Parker, H. S. AU - Jaffe, A. E. AU - Storey, J. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - The sva package for removing batch effects and other unwanted variation in high-throughput experiments JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts034 DO - 10.1093/bioinformatics/bts034 ID - Leek2012 ER - TY - JOUR AU - Risso, D. AU - Ngai, J. AU - Speed, T. P. AU - Dudoit, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Normalization of RNA-seq data using factor analysis of control genes or samples JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2931 DO - 10.1038/nbt.2931 ID - Risso2014 ER - TY - JOUR AU - Consortium, G. T. PY - 2013 DA - 2013// TI - The genotype-tissue expression (GTEx) project JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2653 DO - 10.1038/ng.2653 ID - Consortium2013 ER - TY - JOUR AU - Slenter, D. N. AU - Kutmon, M. AU - Hanspers, K. AU - Riutta, A. AU - Windsor, J. AU - Nunes, N. AU - Melius, J. AU - Cirillo, E. AU - Coort, S. L. AU - Digles, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1064 DO - 10.1093/nar/gkx1064 ID - Slenter2018 ER - TY - JOUR AU - Liberzon, A. AU - Birger, C. AU - Thorvaldsdottir, H. AU - Ghandi, M. AU - Mesirov, J. P. AU - Tamayo, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - The molecular signatures database (MSigDB) hallmark gene set collection JO - Cell Syst VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2015.12.004 DO - 10.1016/j.cels.2015.12.004 ID - Liberzon2015 ER - TY - JOUR AU - Davis, C. A. AU - Hitz, B. C. AU - Sloan, C. A. AU - Chan, E. T. AU - Davidson, J. M. AU - Gabdank, I. AU - Hilton, J. A. AU - Jain, K. AU - Baymuradov, U. K. AU - Narayanan, A. K. PY - 2018 DA - 2018// TI - The encyclopedia of DNA elements (ENCODE): data portal update JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1081 DO - 10.1093/nar/gkx1081 ID - Davis2018 ER - TY - JOUR AU - Chou, C. H. AU - Shrestha, S. AU - Yang, C. D. AU - Chang, N. W. AU - Lin, Y. L. AU - Liao, K. W. AU - Huang, W. C. AU - Sun, T. H. AU - Tu, S. J. AU - Lee, W. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - MiRTarBase update 2018: a resource for experimentally validated microRNA-target interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1067 DO - 10.1093/nar/gkx1067 ID - Chou2018 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Zhao, B. S. AU - Roundtree, I. A. AU - Lu, Z. AU - Han, D. AU - Ma, H. AU - Weng, X. AU - Chen, K. AU - Shi, H. AU - He, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - N(6)-methyladenosine modulates messenger RNA translation efficiency JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.014 DO - 10.1016/j.cell.2015.05.014 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Cui, Q. PY - 2018 DA - 2018// TI - Comparative analysis of human genes frequently and occasionally regulated by m(6) a modification JO - Genomics Proteomics Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2018.01.001 DO - 10.1016/j.gpb.2018.01.001 ID - Zhou2018 ER -