TY - JOUR AU - Rubeis, G. AU - Steger, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - Risks and benefits of human germline genome editing: An ethical analysis JO - Asian Bioeth Rev VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/s41649-018-0056-x DO - 10.1007/s41649-018-0056-x ID - Rubeis2018 ER - TY - BOOK AU - Rahman, M. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Sequence based computational methods for protein attribute prediction and phylogeny reconstruction. PhD thesis PB - Bangladesh University of Engineering and Technology CY - Dhaka ID - Rahman2018 ER - TY - JOUR AU - Rahman, M. S. AU - Rahman, M. K. AU - Saha, S. AU - Kaykobad, M. AU - Rahman, M. S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Antigenic: An improved prediction model of protective antigens JO - Artif Intell Med VL - 94 UR - https://doi.org/10.1016/j.artmed.2018.12.010 DO - 10.1016/j.artmed.2018.12.010 ID - Rahman2019 ER - TY - JOUR AU - Rahman, M. S. AU - Rahman, M. K. AU - Kaykobad, M. AU - Rahman, M. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - isgpt: An optimized model to identify sub-golgi protein types using SVM and random forest based feature selection JO - Artif Intell Med VL - 84 UR - https://doi.org/10.1016/j.artmed.2017.11.003 DO - 10.1016/j.artmed.2017.11.003 ID - Rahman2018 ER - TY - JOUR AU - Rahman, M. S. AU - Shatabda, S. AU - Saha, S. AU - Kaykobad, M. AU - Rahman, M. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Dpp-pseaac: A dna-binding protein prediction model using chou’s general pseaac JO - J Theor Biol VL - 452 UR - https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2018.05.006 DO - 10.1016/j.jtbi.2018.05.006 ID - Rahman2018 ER - TY - STD TI - Dacrema M. F., Cremonesi P., Jannach D.Are we really making much progress? a worrying analysis of recent neural recommendation approaches. In: Proceedings of the 13th ACM Conference on Recommender Systems. ACM: 2019. https://doi.org/10.1145/3298689.3347058. ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Jinek, M. AU - Chylinski, K. AU - Fonfara, I. AU - Hauer, M. AU - Doudna, J. A. AU - Charpentier, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - A programmable dual-rna–guided dna endonuclease in adaptive bacterial immunity JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1225829 DO - 10.1126/science.1225829 ID - Jinek2012 ER - TY - JOUR AU - Shalem, O. AU - Sanjana, N. E. AU - Hartenian, E. AU - Shi, X. AU - Scott, D. A. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Heckl, D. AU - Ebert, B. L. AU - Root, D. E. AU - Doench, J. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-scale crispr-cas9 knockout screening in human cells JO - Science VL - 343 UR - https://doi.org/10.1126/science.1247005 DO - 10.1126/science.1247005 ID - Shalem2014 ER - TY - JOUR AU - Wang, T. AU - Wei, J. J. AU - Sabatini, D. M. AU - Lander, E. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic screens in human cells using the crispr-cas9 system JO - Science VL - 343 UR - https://doi.org/10.1126/science.1246981 DO - 10.1126/science.1246981 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Doench, J. G. AU - Fusi, N. AU - Sullender, M. AU - Hegde, M. AU - Vaimberg, E. W. AU - Donovan, K. F. AU - Smith, I. AU - Tothova, Z. AU - Wilen, C. AU - Orchard, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Optimized sgrna design to maximize activity and minimize off-target effects of crispr-cas9 JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3437 DO - 10.1038/nbt.3437 ID - Doench2016 ER - TY - JOUR AU - Cui, Y. AU - Xu, J. AU - Cheng, M. AU - Liao, X. AU - Peng, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Review of crispr/cas9 sgrna design tools JO - Interdiscip Sci Comput Life Sci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/s12539-018-0298-z DO - 10.1007/s12539-018-0298-z ID - Cui2018 ER - TY - JOUR AU - Cortes, C. AU - Vapnik, V. PY - 1995 DA - 1995// TI - Support-vector networks JO - Mach Learn VL - 20 ID - Cortes1995 ER - TY - JOUR AU - Pei, Z. AU - Liu, J. AU - Liu, M. AU - Zhou, W. AU - Yan, P. AU - Wen, S. AU - Chen, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Risk-predicting model for incident of essential hypertension based on environmental and genetic factors with support vector machine JO - Interdiscip Sci Comput Life Sci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/s12539-017-0271-2 DO - 10.1007/s12539-017-0271-2 ID - Pei2018 ER - TY - JOUR AU - Rahman, M. K. AU - Rahman, M. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Crisprpred: A flexible and efficient tool for sgrnas on-target activity prediction in crispr/cas9 systems JO - PloS one VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0181943 DO - 10.1371/journal.pone.0181943 ID - Rahman2017 ER - TY - JOUR AU - Heigwer, F. AU - Kerr, G. AU - Boutros, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - E-crisp: fast crispr target site identification JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2812 DO - 10.1038/nmeth.2812 ID - Heigwer2014 ER - TY - JOUR AU - MacPherson, C. R. AU - Scherf, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Flexible guide-rna design for crispr applications using protospacer workbench JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3291 DO - 10.1038/nbt.3291 ID - MacPherson2015 ER - TY - JOUR AU - Labun, K. AU - Montague, T. G. AU - Gagnon, J. A. AU - Thyme, S. B. AU - Valen, E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chopchop v2: a web tool for the next generation of crispr genome engineering JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw398 DO - 10.1093/nar/gkw398 ID - Labun2016 ER - TY - JOUR AU - Wong, N. AU - Liu, W. AU - Wang, X. PY - 2015 DA - 2015// TI - Wu-crispr: characteristics of functional guide rnas for the crispr/cas9 system JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0784-0 DO - 10.1186/s13059-015-0784-0 ID - Wong2015 ER - TY - CHAP AU - Ho, T. K. PY - 1995 DA - 1995// TI - Random decision forests BT - Proceedings of 3rd International Conference on Document Analysis and Recognition, vol. 1 PB - IEEE CY - Montreal ID - Ho1995 ER - TY - JOUR AU - Ho, T. K. PY - 1998 DA - 1998// TI - The random subspace method for constructing decision forests JO - IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell VL - 20 UR - https://doi.org/10.1109/34.709601 DO - 10.1109/34.709601 ID - Ho1998 ER - TY - JOUR AU - Chuai, G. AU - Ma, H. AU - Yan, J. AU - Chen, M. AU - Hong, N. AU - Xue, D. AU - Zhou, C. AU - Zhu, C. AU - Chen, K. AU - Duan, B. PY - 2018 DA - 2018// TI - Deepcrispr: optimized crispr guide rna design by deep learning JO - Genome Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-018-1459-4 DO - 10.1186/s13059-018-1459-4 ID - Chuai2018 ER - TY - JOUR AU - Schmidhuber, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Deep learning in neural networks: An overview JO - Neural Netw VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/j.neunet.2014.09.003 DO - 10.1016/j.neunet.2014.09.003 ID - Schmidhuber2015 ER - TY - JOUR AU - Wang, D. AU - Zhang, C. AU - Wang, B. AU - Li, B. AU - Wang, Q. AU - Liu, D. AU - Wang, H. AU - Zhou, Y. AU - Shi, L. AU - Lan, F. PY - 2019 DA - 2019// TI - Optimized crispr guide rna design for two high-fidelity cas9 variants by deep learning JO - Nat Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-018-07882-8 DO - 10.1038/s41467-018-07882-8 ID - Wang2019 ER - TY - JOUR AU - Haeussler, M. AU - Schönig, K. AU - Eckert, H. AU - Eschstruth, A. AU - Mianné, J. AU - Renaud, J. -. B. AU - Schneider-Maunoury, S. AU - Shkumatava, A. AU - Teboul, L. AU - Kent, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evaluation of off-target and on-target scoring algorithms and integration into the guide rna selection tool crispor JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-1012-2 DO - 10.1186/s13059-016-1012-2 ID - Haeussler2016 ER - TY - STD TI - Gini C. In: Pizetti E, Salvemini T, (eds).Variabilità e mutabilità (variability and mutability). 1955 ed. Bologna, Reprinted in Memorie di metodologica statistica. Rome: Libreria Eredi Virgilio Veschi ; 1912. ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Pedregosa, F. AU - Varoquaux, G. AU - Gramfort, A. AU - Michel, V. AU - Thirion, B. AU - Grisel, O. AU - Blondel, M. AU - Prettenhofer, P. AU - Weiss, R. AU - Dubourg, V. AU - Vanderplas, J. AU - Passos, A. AU - Cournapeau, D. AU - Brucher, M. AU - Perrot, M. AU - Duchesnay, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scikit-learn: Machine learning in Python JO - J Mach Learn Res VL - 12 ID - Pedregosa2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, H. AU - Xiao, T. AU - Chen, C. -. H. AU - Li, W. AU - Meyer, C. A. AU - Wu, Q. AU - Wu, D. AU - Cong, L. AU - Zhang, F. AU - Liu, J. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sequence determinants of improved crispr sgrna design JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.191452.115 DO - 10.1101/gr.191452.115 ID - Xu2015 ER - TY - JOUR AU - Prykhozhij, S. V. AU - Rajan, V. AU - Gaston, D. AU - Berman, J. N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Crispr multitargeter: a web tool to find common and unique crispr single guide rna targets in a set of similar sequences JO - PloS one VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0119372 DO - 10.1371/journal.pone.0119372 ID - Prykhozhij2015 ER - TY - JOUR AU - Chari, R. AU - Mali, P. AU - Moosburner, M. AU - Church, G. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Unraveling crispr-cas9 genome engineering parameters via a library-on-library approach JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3473 DO - 10.1038/nmeth.3473 ID - Chari2015 ER - TY - JOUR AU - Park, J. AU - Bae, S. AU - Kim, J. -. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cas-designer: a web-based tool for choice of crispr-cas9 target sites JO - Bioinformatics VL - 31 ID - Park2015 ER - TY - JOUR AU - Geurts, P. AU - Ernst, D. AU - Wehenkel, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Extremely randomized trees JO - Mach Learn VL - 63 UR - https://doi.org/10.1007/s10994-006-6226-1 DO - 10.1007/s10994-006-6226-1 ID - Geurts2006 ER - TY - JOUR AU - Wen, Z. AU - Shi, J. AU - Li, Q. AU - He, B. AU - Chen, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - ThunderSVM: A fast SVM library on GPUs and CPUs JO - J Mach Learn Res VL - 19 ID - Wen2018 ER - TY - BOOK AU - Russell, S. AU - Norvig, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Artificial Intelligence: A Modern Approach, 3rd edn. PB - Prentice Hall Press CY - USA ID - Russell2009 ER - TY - STD TI - Chuai G.Private Communication. 2019. ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Rahman, M. S. AU - Rahman, M. K. AU - Kaykobad, M. AU - Rahman, M. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - isgpt: An optimized model to identify sub-golgi protein types using svm and random forest based feature selection JO - Artif Intell Med VL - 84 UR - https://doi.org/10.1016/j.artmed.2017.11.003 DO - 10.1016/j.artmed.2017.11.003 ID - Rahman2018 ER -