Skip to main content

Table 8 Performance comparison of signal peptide prediction

From: ProtPlat: an efficient pre-training platform for protein classification based on FastText

Model

Archaea

Eukaryotes

Gram-negative

Gram-positive

Pre

Rec

F1

Pre

Rec

F1

Pre

Rec

F1

Pre

Rec

F1

SignalP 5.0

0.771

0.660

0.711

0.671

0.729

0.699

0.742

0.733

0.737

0.600

0.840

0.700

DeepSig

–

–

–

0.604

0.624

0.614

0.131

0.600

0.215

0.073

0.760

0.133

LipoP

0.484

0.480

0.482

0.159

0.343

0.217

0.327

0.733

0.452

0.153

0.600

0.244

Philius

0.425

0.580

0.491

0.151

0.619

0.243

0.106

0.700

0.184

0.054

0.600

0.099

Phobius

0.395

0.540

0.456

0.226

0.667

0.338

0.098

0.644

0.170

0.054

0.600

0.099

PolyPhobius

0.395

0.560

0.463

0.176

0.681

0.280

0.097

0.644

0.169

0.060

0.680

0.110

PrediSi

–

–

–

0.273

0.652

0.385

0.144

0.722

0.240

0.062

0.640

0.113

PRED-LIPO

0.455

0.480

0.467

0.069

0.095

0.080

0.212

0.467

0.292

0.216

0.760

0.336

PRED-SIGNAL

0.489

0.800

0.607

0.066

0.224

0.102

0.076

0.444

0.130

0.060

0.680

0.110

PRED-TAT

0.493

0.580

0.533

0.080

0.410

0.134

0.125

0.711

0.213

0.082

0.720

0.147

Signal-3L 2.0

–

–

–

0.322

0.648

0.430

0.113

0.644

0.192

0.074

0.800

0.135

Signal-CF

–

–

–

0.105

0.652

0.181

0.102

0.689

0.178

0.059

0.720

0.109

SOSUIsignal

–

–

–

0.037

0.176

0.061

0.040

0.267

0.070

0.018

0.200

0.033

SPEPlip

–

–

–

0.366

0.710

0.483

0.276

0.611

0.380

0.187

0.680

0.293

SPOCTOPUS

–

–

–

0.120

0.390

0.184

0.067

0.467

0.117

0.056

0.640

0.103

TOPCONS2

0.366

0.480

0.415

0.107

0.371

0.166

0.081

0.544

0.141

0.022

0.240

0.040

ProtPlat

0.823

0.627

0.712

0.636

0.773

0.698

0.728

0.791

0.758

0.550

0.668

0.603

  1. *Pre denotes precision and Rec denotes recall. The precision and recall of the baseline methods are extracted from SignalP 5.0 [15]