Table 3 Sex analysis DMR summary table
Method | Chromosome X | Autosomes | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
# DMRs | Mean DMR width | Median DMR width | % total width | # DMRs | Mean DMR width | Median DMR width | % total width | |
DMRscaler | ||||||||
Layer 1: 4 adj CpGs | 694 | 67.91Â kb | 6.29Â kb | 30 | 18 | 616Â bp | 398Â bp | 0.00038% |
Layer 2: 8 adj CpGs | 246 | 381.32Â kb | 114.54Â kb | 61 | 19 | 935Â bp | 494Â bp | 0.00062% |
Layer 3: 16 adj CpGs | 20 | 7.30Â Mb | 1.54Â Mb | 94 | 21 | 4.73Â kb | 587Â bp | 0.0035% |
Layer 4: 32 adj CpGs | 2 | 75.80Â Mb | 75.80Â Mb | 98 | 23 | 19.59Â kb | 624Â bp | 0.016% |
Layer 5: 64 adj CpGs | 1 | 152.11Â Mb | 152.11Â Mb | 98 | 22 | 20.32Â kb | 606Â bp | 0.016% |
bumphunter | ||||||||
Default: maxGap = 1 kb kb | 1258 | 527 bp | 238 bp | 0.43 | 32 | 67 bp | 1 bp | 0.000075% |
maxGap = 1 Mb | 1162 | 6.76 kb | 531 bp | 5.1 | 32 | 611 bp | 1 bp | 0.00068% |
comb-p | ||||||||
dist = 1 kb, step = 100 bp | 2390 | 567 bp | 2 bp | 0.87 | 580 | 330 bp | 292 bp | 0.0067% |
dist = 1 Mb,step = 100 kb | 19 | 6.13 Mb | 3.15 Mb | 75 | 29 | 140.59 kb | 127.23 kb | 0.14% |
DMRcate | ||||||||
Default:lambda = 1 kb, C = 2 | 1178 | 1.30 kb | 1.09 kb | 0.99 | 826 | 658 bp | 558 bp | 0.019% |
Lambda = 1 Mb, C = 2000 | 15 | 8.53 Mb | 3.95 Mb | 83.0 | 197 | 7.63 kb | 676 bp | 0.052% |