MiRPara: a SVM-based software tool for prediction of most probable microRNA coding regions in genome scale sequences

Table 2 predicted parameters for miRNAs 'rlcv-mir-rL1-14-2' and 'cel-let-7'

	rlcv-mir-rL1-14-2				cel-let-7
	STRAND				STRAND
Parameter	LOWER		UPPER		LOWER		UPPER
	min	max	min	max	min	max	min	max
Length Upper Strand	20	24	20	26	20	27	20	24
pre GC content	0.517	0.536	0.517	0.547	0.340	0.386	0.365	0.403
miRNA A content	0.044	0.100	0.044	0.333	0.182	0.300	0.238	0.318
miRNA C content	0.174	0.250	0.174	0.364	0.000	0.000	0.208	0.292
miRNA G content	0.391	0.500	0.191	0.500	0.273	0.417	0.042	0.167
miRNA U content	0.200	0.304	0.100	0.304	0.350	0.455	0.350	0.450
Pre-miRNA A content	0.177	0.190	0.172	0.190	0.262	0.289	0.254	0.271
Pre-miRNA C content	0.222	0.233	0.222	0.235	0.128	0.158	0.143	0.164
Pre-miRNA G content	0.293	0.307	0.293	0.313	0.208	0.233	0.220	0.239
pre-miRNA U content	0.283	0.296	0.279	0.296	0.349	0.383	0.343	0.365
miRNA largest Internal Loop	2	2	2	2	2	4	2	3
TopStem largest Internal Loop	1	2	1	2	-1	3	-1	3
miRNA No of Internal Loops	2	4	2	4	2	4	2	3
Lower Stem No of Unpaired Bases	4	4	4	4	4	6	4	4
Upper Stem No of Unpaired Bases	2	5	2	5	0	3	0	3
miRNA Unpaired Rate	0.150	0.211	0.143	0.211	0.130	0.378	0.125	0.200
Pre-miRNA Unpaired Rate	0.164	0.192	0.148	0.192	0.208	0.233	0.220	0.239

Calculated parameters for the predictions shown in figure 5. Only parameters that were selected by parameter filtering are shown.

ISSN: 1471-2105