From: Centroid based clustering of high throughput sequencing reads based on n-mer counts
 | EM | k-means | L 2 | d 2 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Error rate | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. |
2 clusters | ||||||||
0 | 0.827 | 0.153 | 0.825 | 0.155 | 0.825 | 0.154 | 0.825 | 0.154 |
0.001 | 0.827 | 0.152 | 0.825 | 0.155 | 0.825 | 0.154 | 0.825 | 0.154 |
0.005 | 0.826 | 0.153 | 0.824 | 0.154 | 0.824 | 0.154 | 0.825 | 0.154 |
0.01 | 0.826 | 0.152 | 0.824 | 0.154 | 0.824 | 0.154 | 0.824 | 0.154 |
0.02 | 0.825 | 0.152 | 0.823 | 0.154 | 0.824 | 0.154 | 0.824 | 0.154 |
0.03 | 0.825 | 0.152 | 0.823 | 0.154 | 0.823 | 0.154 | 0.823 | 0.154 |
0.04 | 0.824 | 0.152 | 0.822 | 0.154 | 0.822 | 0.154 | 0.822 | 0.154 |
0.05 | 0.823 | 0.152 | 0.822 | 0.154 | 0.822 | 0.154 | 0.822 | 0.154 |
3 clusters | ||||||||
0 | 0.696 | 0.160 | 0.696 | 0.164 | 0.695 | 0.161 | 0.694 | 0.162 |
0.001 | 0.696 | 0.160 | 0.696 | 0.163 | 0.695 | 0.161 | 0.694 | 0.162 |
0.005 | 0.695 | 0.160 | 0.695 | 0.163 | 0.694 | 0.160 | 0.694 | 0.162 |
0.01 | 0.695 | 0.159 | 0.695 | 0.164 | 0.693 | 0.160 | 0.693 | 0.161 |
0.02 | 0.694 | 0.159 | 0.694 | 0.162 | 0.693 | 0.160 | 0.692 | 0.161 |
0.03 | 0.693 | 0.158 | 0.692 | 0.161 | 0.691 | 0.159 | 0.691 | 0.160 |
0.04 | 0.691 | 0.158 | 0.691 | 0.161 | 0.690 | 0.159 | 0.689 | 0.160 |
0.05 | 0.690 | 0.157 | 0.690 | 0.160 | 0.689 | 0.157 | 0.689 | 0.159 |
4 clusters | ||||||||
0 | 0.618 | 0.153 | 0.616 | 0.157 | 0.624 | 0.154 | 0.620 | 0.154 |
0.001 | 0.618 | 0.152 | 0.617 | 0.158 | 0.624 | 0.153 | 0.621 | 0.153 |
0.005 | 0.617 | 0.152 | 0.616 | 0.157 | 0.623 | 0.153 | 0.620 | 0.153 |
0.01 | 0.616 | 0.152 | 0.615 | 0.156 | 0.622 | 0.152 | 0.618 | 0.152 |
0.02 | 0.614 | 0.151 | 0.613 | 0.155 | 0.620 | 0.151 | 0.616 | 0.151 |
0.03 | 0.612 | 0.149 | 0.612 | 0.154 | 0.618 | 0.150 | 0.614 | 0.150 |
0.04 | 0.611 | 0.149 | 0.610 | 0.153 | 0.616 | 0.149 | 0.612 | 0.150 |
0.05 | 0.609 | 0.148 | 0.609 | 0.152 | 0.614 | 0.149 | 0.610 | 0.149 |
5 clusters | ||||||||
0 | 0.569 | 0.153 | 0.572 | 0.157 | 0.578 | 0.156 | 0.574 | 0.156 |
0.001 | 0.569 | 0.153 | 0.572 | 0.157 | 0.579 | 0.156 | 0.574 | 0.156 |
0.005 | 0.568 | 0.152 | 0.572 | 0.156 | 0.578 | 0.155 | 0.573 | 0.156 |
0.01 | 0.567 | 0.151 | 0.571 | 0.155 | 0.577 | 0.155 | 0.572 | 0.155 |
0.02 | 0.565 | 0.150 | 0.568 | 0.154 | 0.575 | 0.154 | 0.570 | 0.154 |
0.03 | 0.563 | 0.149 | 0.566 | 0.152 | 0.573 | 0.153 | 0.569 | 0.152 |
0.04 | 0.560 | 0.147 | 0.563 | 0.152 | 0.570 | 0.151 | 0.565 | 0.151 |
0.05 | 0.559 | 0.147 | 0.561 | 0.150 | 0.569 | 0.150 | 0.564 | 0.150 |