Table 2 Average MaxSub scores of the alignments generated by using various combinations of alignment parameters for the protein pairs related at the three SCOP levels. Open, Extension, and Baseline column shows gap open penalty, gap extension penalty and baseline value, respectively. '2nd' stands for the weight of predicted secondary structure. The best option showing highest MaxSub at each level is bolded.

Open

Extension

Baseline

2nd

All

Family

Superfamily

Fold

5

1

0

0

0.2104

0.5930

0.1636

0.0447

5

1

1

0

0.2172

0.6073

0.1679

0.0492

5

2

0

0

0.2130

0.6062

0.1566

0.0477

5

2

1

0

0.2105

0.6060

0.1494

0.0470

9

1

0

0

0.2200

0.6080

0.1774

0.0488

9

1

1

0

0.2208

0.6133

0.1716

0.0514

9

2

0

0

0.2171

0.6115

0.1621

0.0505

9

2

1

0

0.2131

0.6104

0.1508

0.0494

13

1

0

0

0.2176

0.6096

0.1696

0.0479

13

1

1

0

0.2158

0.6109

0.1609

0.0487

13

2

0

0

0.2131

0.6102

0.1530

0.0481

13

2

1

0

0.2088

0.6076

0.1429

0.0467

5

1

0

1

0.2210

0.5950

0.1705

0.0619

5

1

1

1

0.2298

0.6070

0.1784

0.0696

5

2

0

1

0.2283

0.6066

0.1738

0.0696

5

2

1

1

0.2286

0.6089

0.1713

0.0706

9

1

0

1

0.2342

0.6129

0.1853

0.0718

9

1

1

1

0.2386

0.6176

0.1877

0.0771

9

2

0

1

0.2373

0.6175

0.1837

0.0770

9

2

1

1

0.2345

0.6169

0.1770

0.0755

13

1

0

1

0.2355

0.6139

0.1851

0.0741

13

1

1

1

0.2374

0.6165

0.1852

0.0767

13

2

0

1

0.2356

0.6163

0.1808

0.0759

13

2

1

1

0.2319

0.6143

0.1730

0.0737

5

1

0

2

0.2111

0.5765

0.1572

0.0586

5

1

1

2

0.2208

0.5935

0.1629

0.0669

5

2

0

2

0.2216

0.5950

0.1609

0.0691

5

2

1

2

0.2248

0.6017

0.1611

0.0725

9

1

0

2

0.2247

0.6014

0.1676

0.0684

9

1

1

2

0.2311

0.6090

0.1719

0.0754

9

2

0

2

0.2324

0.6101

0.1717

0.0777

9

2

1

2

0.2327

0.6106

0.1706

0.0788

13

1

0

2

0.2290

0.6073

0.1713

0.0723

13

1

1

2

0.2337

0.6110

0.1750

0.0780

13

2

0

2

0.2343

0.6122

0.1741

0.0793

13

2

1

2

0.2332

0.6120

0.1707

0.0792

5

1

0

0.5

0.2214

0.5979

0.1738

0.0593

5

1

1

0.5

0.2288

0.6094

0.1801

0.0652

5

2

0

0.5

0.2260

0.6095

0.1729

0.0638

5

2

1

0.5

0.2247

0.6104

0.1680

0.0635

9

1

0

0.5

0.2337

0.6141

0.1888

0.0678

9

1

1

0.5

0.2359

0.6183

0.1881

0.0709

9

2

0

0.5

0.2328

0.6174

0.1807

0.0693

9

2

1

0.5

0.2291

0.6170

0.1717

0.0672

13

1

0

0.5

0.2329

0.6150

0.1856

0.0678

13

1

1

0.5

0.2323

0.6162

0.1809

0.0687

13

2

0

0.5

0.2295

0.6160

0.1739

0.0672

13

2

1

0.5

0.2251

0.6139

0.1645

0.0647

Mean

0.2261

0.6090

0.1713

0.0651