Table 6 List of genesets in the C2.KEGG category detected significantly by the FAERI.perms method (detection threshold of 0.05 for the p-values)

hsa00010_glycolysis_and_gluconeogenesis

1.8E-03

0.64

1.2E-13

0.96

0.95

0.98

0.020

7.8E-03

0.10

0.11

0.17

0.10

0.08

0.047

8.0E-04

hsa00020_citrate_circle

6.9E-03

0.38

1.7E-05

0.19

0.65

0.10

0.08

0.035

0.10

0.22

0.40

0.19

0.08

0.020

1.9E-03

hsa00030_pentose_phosphate_pathway

8.4E-03

0.41

9.5E-04

0.95

0.90

0.97

0.024

8.8E-03

0.10

0.23

0.28

0.10

0.08

3.0E-03

0.019

hsa00051_fructose_and_mannose_metabolism

0.011

0.97

6.0E-04

0.92

0.68

0.97

0.043

0.014

0.10

0.24

0.38

0.10

0.08

0.025

3.9E-03

hsa00100_biosynthesis_of_steroids

4.0E-04

0.94

2.5E-04

0.15

0.75

0.0E+00

0.14

0.10

0.30

0.11

0.32

0.10

0.08

2.0E-04

1.0E-04

hsa00190_oxidative_phosphorylation

0.036

0.99

4.5E-07

0.23

0.48

0.27

0.30

0.35

0.50

0.40

0.53

0.49

0.08

0.0E+00

0.0E+00

hsa00230_purine_metabolism

0.047

1.00

0.12

0.69

0.43

0.63

0.13

0.10

0.30

0.23

0.51

0.49

0.08

7.0E-04

1.0E-04

hsa00480_glutathione_metabolsim

0.025

1.00

1.0E-03

0.19

0.52

0.10

0.27

0.30

0.50

0.22

0.37

0.30

0.08

9.0E-04

0.012

hsa00511_n_glycan_degradation

9.5E-03

0.90

0.020

0.19

0.59

0.08

0.15

0.14

0.30

0.29

0.48

0.30

0.08

0.06

0.21

Hsa00530_aminosugars_metabolism

0.031

0.19

0.040

0.19

0.55

0.07

0.10

0.06

0.30

0.18

0.48

0.30

0.08

0.026

0.12

Hsa00620_pyruvate_metabolism

0.011

1.00

2.6E-05

0.09

0.68

0.045

0.06

0.031

0.10

0.11

0.19

0.10

0.08

8.2E-03

5.0E-04

Hsa00710_carbon_fixation

0.022

1.00

3.3E-03

0.95

0.90

0.97

0.045

0.017

0.10

0.23

0.35

0.10

0.08

0.019

0.034

Hsa00720_reductive_caboxylate_cycle

0.031

1.00

4.2E-04

0.10

0.75

0.0E+00

0.07

0.034

0.10

0.11

0.30

0.10

0.08

4.6E-03

0.038

Hsa00900_terpenoid_biosynthesis

0.018

0.047

0.010

0.25

0.77

0.025

0.06

0.019

0.10

0.48

0.63

0.10

0.08

0.07

0.035

Hsa01032_glycan_structures_degradation

4.7E-03

0.83

3.9E-03

0.19

0.55

0.13

0.14

0.13

0.30

0.10

0.43

0.40

0.08

0.05

0.08

Hsa01510_neurodegenerative_diseases

0.010

1.00

0.21

0.92

0.92

0.97

0.09

0.043

0.10

0.71

0.72

0.10

0.08

0.08

9.0E-03

Hsa03010_ribosome

5.0E-04

0.91

1.1E-10

0.78

0.57

0.86

0.24

0.26

0.40

0.11

0.22

0.29

0.08

0.27

2.0E-04

Hsa03320_ppar_signaling_pathway

0.014

1.00

3.9E-03

0.17

0.55

0.035

0.06

0.039

0.10

0.11

0.27

0.40

0.08

0.017

6.9E-03

Hsa04010_mapk_signaling_pathway

0.020

0.90

0.57

0.59

0.30

0.33

0.22

0.22

0.50

0.30

0.54

0.49

0.08

0.0E+00

0.0E+00

Hsa04130_snare_interactions_in_vesicular_transport

8.6E-03

0.97

0.11

0.18

0.56

0.11

0.16

0.10

0.40

0.61

0.71

0.40

0.08

0.48

2.8E-03

Hsa4150_mtor_signaling_pathway

0.038

0.23

4.8E-03

0.81

0.47

0.75

0.039

0.010

0.10

0.12

0.32

0.38

0.08

0.017

0.039

Hsa04210_apoptosis

3.7E-03

0.05

0.39

0.41

0.31

0.41

0.20

0.16

0.40

0.81

0.76

0.49

0.08

1.0E-04

9.0E-04

Hsa04370_vegf_signaling_pathway

0.030

0.08

2.6E-03

0.87

0.29

0.83

0.047

0.017

0.10

0.11

0.23

0.10

0.08

7.0E-04

0.026

Hsa04510_focal_adhesion

0.035

0.19

0.025

0.73

0.26

0.48

0.07

0.034

0.20

0.11

0.24

0.19

0.08

4.3E-03

0.0E+00

Hsa04620_toll_like_receptor_signaling_pathway

5.7E-03

0.047

0.020

0.61

0.47

0.66

0.049

0.018

0.10

0.11

0.44

0.10

0.08

0.033

4.0E-04

Hsa04650_natural_killer_cell_mediated_cytotoxicity

0.016

0.10

0.58

0.29

0.43

0.17

0.20

0.17

0.50

0.60

0.72

0.72

0.08

7.0E-03

0.0E+00

Hsa04660_t_cell_receptor_signaling_pathway

0.036

0.10

0.65

0.95

0.55

0.97

0.07

0.025

0.10

0.11

0.41

0.41

0.08

1.6E-03

7.1E-03

Hsa04662_b_cell_receptor_signaling_pathway

1.5E-03

0.97

0.78

0.40

0.48

0.13

0.06

0.011

0.10

0.53

0.63

0.63

0.08

2.2E-03

2.0E-04

Hsa04664_fc_epsilon_ri_signaling_pathway

0.039

0.97

0.05

0.91

0.55

0.97

0.032

6.9E-03

0.10

0.11

0.25

0.25

0.08

8.9E-03

0.022

Hsa04810_regulation_of_actin_cytoskeleton

0.024

0.52

0.023

0.30

0.40

0.38

0.29

0.32

0.50

0.42

0.52

0.52

0.08

1.0E-04

0.0E+00

Hsa05040_huntingtons_disease

3.0E-04

0.50

6.6E-03

0.78

0.95

0.98

0.13

0.06

0.10

0.29

0.45

0.45

0.08

0.83

1.1E-03

Hsa05150_cholera_infection

0.019

1.00

2.9E-03

0.37

0.73

0.11

0.045

0.015

0.10

0.37

0.51

0.51

0.08

0.12

9.4E-03

Hsa05120_epithelial_cell_signaling_in_helicobacter_pylorii_infection

0.036

1.00

1.1E-03

0.11

0.55

0.045

0.15

0.09

0.30

0.21

0.48

0.48

0.08

1.3E-03

1.3E-03

Hsa05130_pathogenic_escherishia_coli_infection_ehec

0.047

1.00

0.044

0.26

0.47

0.18

0.20

0.17

0.40

0.18

0.29

0.29

0.08

4.9E-03

3.8E-03

Hsa05131_pathogenic_escherishia_coli_infection_epec

0.047

1.00

0.044

0.26

0.47

0.18

0.20

0.17

0.40

0.18

0.29

0.29

0.08

4.9E-03

3.8E-03

Hsa05210_colorectal_cancer

0.041

7.1E-03

0.36

0.67

0.29

0.41

0.16

0.09

0.40

0.22

0.35

0.35

0.08

0.011

8.8E-03

Hsa05211_renal_cell_carcinoma

0.017

7.1E-03

5.3E-04

0.91

0.55

0.97

0.036

9.9E-03

0.10

0.12

0.24

0.24

0.08

8.2E-03

0.021

Hsa05212_pancreatic_cancer

0.013

9.5E-03

0.44

0.47

0.29

0.34

0.09

0.041

0.20

0.43

0.54

0.54

0.08

4.3E-03

3.0E-03

Hsa05216_thyroid_cancer

4.0E-03

0.86

0.91

0.53

0.55

0.20

0.17

0.15

0.30

0.30

0.54

0.54

0.08

1.0E-03

0.10

Hsa05219_bladder_cancer

0.048

0.47

0.60

0.57

0.55

0.61

0.11

0.08

0.30

0.91

0.80

0.80

0.08

9.1E-03

0.08

Hsa05220_chronic_myeloid_leukemia

0.028

1.00

0.73

0.37

0.31

0.41

0.15

0.09

0.40

0.61

0.65

0.65

0.08

1.0E-04

7.9E-03

Hsa05221_acute_myeloid_leukemia

6.0E-04

1.00

0.24

0.24

0.31

0.26

0.15

0.11

0.30

0.60

0.72

0.72

0.08

0.0E+00

0.018