From: Centroid based clustering of high throughput sequencing reads based on n-mer counts
 | EM | k-means | L 2 | d 2 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Error rate | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. |
2 clusters | ||||||||
0 | 0.827 | 0.153 | 0.826 | 0.154 | 0.827 | 0.153 | 0.827 | 0.153 |
0.001 | 0.827 | 0.153 | 0.827 | 0.153 | 0.828 | 0.153 | 0.828 | 0.153 |
0.005 | 0.827 | 0.153 | 0.826 | 0.153 | 0.827 | 0.153 | 0.827 | 0.153 |
0.01 | 0.826 | 0.153 | 0.826 | 0.153 | 0.827 | 0.153 | 0.827 | 0.153 |
0.02 | 0.826 | 0.152 | 0.825 | 0.153 | 0.826 | 0.152 | 0.826 | 0.152 |
0.03 | 0.825 | 0.153 | 0.825 | 0.153 | 0.825 | 0.152 | 0.825 | 0.152 |
0.04 | 0.824 | 0.152 | 0.824 | 0.153 | 0.825 | 0.152 | 0.825 | 0.152 |
0.05 | 0.824 | 0.153 | 0.824 | 0.153 | 0.824 | 0.152 | 0.824 | 0.152 |
3 clusters | ||||||||
0 | 0.697 | 0.162 | 0.697 | 0.164 | 0.697 | 0.162 | 0.697 | 0.163 |
0.001 | 0.697 | 0.162 | 0.697 | 0.163 | 0.697 | 0.162 | 0.697 | 0.163 |
0.005 | 0.696 | 0.160 | 0.696 | 0.163 | 0.696 | 0.162 | 0.696 | 0.162 |
0.01 | 0.695 | 0.160 | 0.696 | 0.163 | 0.695 | 0.161 | 0.695 | 0.162 |
0.02 | 0.694 | 0.160 | 0.694 | 0.162 | 0.694 | 0.160 | 0.694 | 0.162 |
0.03 | 0.693 | 0.159 | 0.693 | 0.161 | 0.693 | 0.160 | 0.693 | 0.161 |
0.04 | 0.691 | 0.159 | 0.692 | 0.161 | 0.691 | 0.159 | 0.691 | 0.161 |
0.05 | 0.691 | 0.157 | 0.691 | 0.160 | 0.691 | 0.158 | 0.690 | 0.160 |
4 clusters | ||||||||
0 | 0.612 | 0.155 | 0.611 | 0.159 | 0.612 | 0.155 | 0.609 | 0.156 |
0.001 | 0.613 | 0.153 | 0.611 | 0.159 | 0.611 | 0.154 | 0.609 | 0.156 |
0.005 | 0.613 | 0.154 | 0.610 | 0.158 | 0.611 | 0.155 | 0.609 | 0.156 |
0.01 | 0.611 | 0.153 | 0.610 | 0.157 | 0.609 | 0.153 | 0.608 | 0.155 |
0.02 | 0.610 | 0.152 | 0.607 | 0.156 | 0.608 | 0.152 | 0.606 | 0.154 |
0.03 | 0.608 | 0.150 | 0.606 | 0.155 | 0.607 | 0.151 | 0.604 | 0.152 |
0.04 | 0.606 | 0.150 | 0.604 | 0.156 | 0.605 | 0.150 | 0.603 | 0.152 |
0.05 | 0.605 | 0.149 | 0.603 | 0.154 | 0.604 | 0.150 | 0.601 | 0.151 |
5 clusters | ||||||||
0 | 0.556 | 0.151 | 0.550 | 0.154 | 0.552 | 0.150 | 0.548 | 0.153 |
0.001 | 0.556 | 0.151 | 0.549 | 0.154 | 0.551 | 0.151 | 0.547 | 0.151 |
0.005 | 0.554 | 0.150 | 0.549 | 0.153 | 0.551 | 0.149 | 0.549 | 0.151 |
0.01 | 0.554 | 0.148 | 0.547 | 0.152 | 0.552 | 0.148 | 0.547 | 0.149 |
0.02 | 0.553 | 0.148 | 0.544 | 0.150 | 0.550 | 0.147 | 0.546 | 0.149 |
0.03 | 0.552 | 0.146 | 0.544 | 0.149 | 0.548 | 0.146 | 0.544 | 0.146 |
0.04 | 0.549 | 0.145 | 0.542 | 0.149 | 0.546 | 0.144 | 0.543 | 0.146 |
0.05 | 0.548 | 0.143 | 0.540 | 0.149 | 0.545 | 0.144 | 0.541 | 0.145 |