Gene set enrichment analysis for multiple continuous phenotypes

BMC Bioinformatics

Table 3 Gene sets with LCT p-values for multiple phenotypes ( LEP , ADIPOQ ) less than 0.05, while p-values for univariate phenotype LEP and ADIPOQ are larger than 0.05

Gene-set name	Gene-set size	LEP p-value	ADIPOQp-value	( ADIPOQ, LEP) p-value
YEN_MYC_WT	8	0.061	0.199	0.034
GLUCONEOGENESIS	50	0.195	0.192	0.036
BYSTRYKH_HSC_BRAIN_TRANS_GLOCUS	144	0.118	0.157	0.047
PENG_LEUCINE_DN	135	0.186	0.189	0.035
AMINOSUGARS_METABOLISM	14	0.223	0.341	0.039
PENTOSE_PHOSPHATE_PATHWAY	21	0.192	0.098	0.044
ZELLER_MYC_UP	22	0.09	0.262	0.032
POMEROY_DESMOPLASIC_VS_CLASSIC_MD_DN	38	0.093	0.079	0.011
FBW7PATHWAY	8	0.088	0.314	0.048
GSK3PATHWAY	24	0.18	0.225	0.028
GOLDRATH_CELLCYCLE	31	0.21	0.105	0.048
STREPTOMYCIN_BIOSYNTHESIS	8	0.094	0.072	0.013
FRUCTOSE_AND_MANNOSE_METABOLISM	24	0.168	0.061	0.007
GLYCOLYSISPATHWAY	8	0.137	0.076	0.013
UBIQUINONE_BIOSYNTHESIS	12	0.086	0.051	0.013
HOFMANN_MANTEL_LYMPHOMA_VS_LYMPH_NODES_UP	45	0.053	0.135	0.022
HOGERKORP_CD44_DN	22	0.057	0.504	0.05
CROMER_HYPOPHARYNGEAL_MET_VS_NON_DN	72	0.11	0.178	0.05
RUTELLA_HEPATGFSNDCS_UP	144	0.058	0.136	0.045
METHOTREXATE_PROBCELL_DN	11	0.102	0.132	0.033
GENOTOXINS_4HRS_DISCR	33	0.194	0.121	0.03
HTERT_UP	57	0.083	0.089	0.036
METHOTREXATE_PROBCELL_UP	14	0.147	0.111	0.046
CAMPTOTHECIN_PROBCELL_UP	17	0.085	0.159	0.038
UV_UNIQUE_FIBRO_UP	20	0.058	0.343	0.014
CITED1_KO_HET_DN	29	0.097	0.157	0.012
HEATSHOCK_YOUNG_UP	11	0.113	0.268	0.042
HSA00051_FRUCTOSE_AND_MANNOSE_METABOLISM	35	0.148	0.075	0.044
HSA00052_GALACTOSE_METABOLISM	27	0.053	0.277	0.044
HSA00521_STREPTOMYCIN_BIOSYNTHESIS	10	0.099	0.124	0.026
HSA01030_GLYCAN_STRUCTURES_BIOSYNTHESIS_1	83	0.106	0.25	0.049
HSA04080_NEUROACTIVE_LIGAND_RECEPTOR_INTERACTION	218	0.103	0.116	0.044
HSA04120_UBIQUITIN_MEDIATED_PROTEOLYSIS	34	0.124	0.082	0.041

ISSN: 1471-2105