Table 1 The mean square errors (MSE) of estimated gene expression levels (up:down = 9:1) for simulated cDNA microarray data with the R-I plots similar to Figure 2.

Method

Mean

Minimum

25% Quantile

Median

75% Quantile

Maximum

OLS

0.0837

0.0243

0.0474

0.0614

0.1074

1.7586

Huber

0.0510

0.0106

0.0235

0.0312

0.0703

1.1750

Tukey

0.0481

0.0101

0.0215

0.0291

0.0675

0.8684

LOWESS

0.0849

0.0197

0.0485

0.0642

0.1085

1.7488

OLS

0.0984

0.0197

0.0487

0.0648

0.1128

2.1413

Huber

0.0605

0.0117

0.0246

0.0331

0.0740

1.5012

Tukey

0.0556

0.0110

0.0226

0.0305

0.0712

1.2406

LOWESS

0.0990

0.0234

0.0493

0.0677

0.1145

2.1275

OLS

0.1198

0.0259

0.0519

0.0695

0.1244

1.7445

Huber

0.0749

0.0118

0.0266

0.0371

0.0830

1.1705

Tukey

0.0673

0.0111

0.0241

0.0340

0.0795

1.0206

LOWESS

0.1196

0.0232

0.0514

0.0722

0.1264

1.7935

OLS

0.1545

0.0239

0.0601

0.0855

0.1482

2.2914

Huber

0.0983

0.0121

0.0322

0.0497

0.0994

1.4550

Tukey

0.0854

0.0112

0.0285

0.0451

0.0932

1.1777

LOWESS

0.1530

0.0244

0.0602

0.0900

0.1612

2.1958

OLS

0.2099

0.0287

0.0835

0.1293

0.2086

2.3221

Huber

0.1365

0.0155

0.0465

0.0827

0.1428

1.6918

Tukey

0.1164

0.0135

0.0395

0.0735

0.1296

1.4402

LOWESS

0.2220

0.0345

0.1153

0.1665

0.2491

2.8279