From: EMD: an ensemble algorithm for discovering regulatory motifs in DNA sequences
Algorithm | nPC | nSn | nSp | sPC | sSn | sSp |
---|---|---|---|---|---|---|
BP-MD a) | 0.183 | 0.215 | 0.280 | 0.303 | 0.428 | 0.407 |
AL-BP-MD | 0.213 | 0.262 | 0.296 | 0.324 | 0.456 | 0.437 |
AL-BP-MD-MS | 0.209 | 0.255 | 0.293 | 0.321 | 0.423 | 0.446 |
AL-BP-MD-ME-MS | 0.197 | 0.238 | 0.286 | 0.316 | 0.438 | 0.437 |
AlignACE | 0.141 | 0.218 | 0.171 | 0.264 | 0.351 | 0.396 |
BioProspector | 0.174 | 0.205 | 0.268 | 0.287 | 0.415 | 0.369 |
MDScan | 0.146 | 0.174 | 0.223 | 0.244 | 0.345 | 0.349 |
MEME | 0.160 | 0.260 | 0.190 | 0.300 d) | 0.440 | 0.430 |
MotifSampler | 0.150 | 0.180 | 0.230 | 0.300 | 0.320 | 0.490 |
RS-AL b) | 0.139 | 0.204 | 0.166 | 0.229 | 0.329 | 0.341 |
RS-BP | 0.150 | 0.178 | 0.231 | 0.262 | 0.390 | 0.350 |
RS-MD | 0.107 | 0.125 | 0.169 | 0.170 | 0.254 | 0.271 |
RS-ME | 0.133 | 0.162 | 0.203 | 0.213 | 0.418 | 0.282 |
RS-MS | 0.127 | 0.148 | 0.187 | 0.235 | 0.260 | 0.384 |
Random c) | 0.050 | 0.061 | 0.083 | 0.100 | 0.161 | 0.146 |