A constrained polynomial regression procedure for estimating the local False Discovery Rate

BMC Bioinformatics

Table 5 Mean square error of all estimates of π₀ for the five estimators in each independentsimulated case.

Case	M	π ₀	Configuration	polfdr	twilight	LocalFDR	pava.fdr	locfdr
1	500	0.6	(a)	0.048	0.084	0.089	0.255	0.052
2			(b)	0.126	0.145	0.088	0.292	0.130
3			(c)	0.086	0.116	0.054	0.241	0.089
4		0.8	(a)	0.052	0.090	0.096	0.057	0.056
5			(b)	0.078	0.109	0.064	0.120	0.080
6			(c)	0.065	0.099	0.067	0.096	0.065
7		0.9	(a)	0.074	0.080	0.093	0.039	0.053
8			(b)	0.063	0.080	0.075	0.065	0.062
9			(c)	0.060	0.084	0.088	0.050	0.056
10		0.98	(a)	0.077	0.076	0.069	0.040	0.064
11			(b)	0.067	0.072	0.053	0.041	0.071
12			(c)	0.064	0.066	0.056	0.041	0.060
13	5,000	0.6	(a)	0.023	0.029	0.132	0.251	0.024
14			(b)	0.124	0.121	0.109	0.288	0.127
15			(c)	0.075	0.081	0.015	0.238	0.083
16		0.8	(a)	0.017	0.032	0.073	0.049	0.021
17			(b)	0.061	0.066	0.046	0.116	0.065
18			(c)	0.043	0.050	0.014	0.089	0.047
19		0.9	(a)	0.039	0.031	0.045	0.021	0.019
20			(b)	0.034	0.042	0.027	0.055	0.035
21			(c)	0.029	0.036	0.023	0.036	0.024
22		0.98	(a)	0.025	0.025	0.013	0.012	0.018
23			(b)	0.024	0.023	0.009	0.015	0.018
24			(c)	0.023	0.024	0.011	0.014	0.018

ISSN: 1471-2105