Table 3 Comparison of the predictive performance of Pep-3D-Search with different distance parameters (CB).

CB (distance threshold = 6.5)

TP/PE

5/5

0/0

11/43

11/38

15/30*

10/43

6/28

8/29

8/27

2/27

MCC

0.1119

0.0

0.155

0.2285

0.1379

0.1604

0.059

0.1316

0.1380

-0.1271

0.0995

Sensitivity

1.0

0.0

0.2558

0.2895

0.5

0.2326

0.2143

0.2759

0.2963

0.0741

0.3139

Precision

0.2381

0.0

0.7333

1.0

0.75

0.625

0.4

0.5333

0.5

0.0833

0.4863

CB (distance threshold = 7)

TP/PE

13/18

6/9*

14/46

8/28

14/31*

9/46

9/29*

14/31

9/41

11/38

MCC

0.2747

0.1283

0.2048

0.1593

0.1282

0.127

0.0917

0.2604

0.1139

0.0939

0.1582

Sensitivity

0.7222

0.6667

0.3043

0.2857

0.4516

0.1957

0.3103

0.4516

0.2195

0.2895

0.3897

Precision

0.619

0.3158

0.9333

0.7273

0.7

0.5625

0.6

0.9333

0.5625

0.4583

0.6412

CB (distance threshold = 7.5)

TP/PE

19/41

12/27

10/40

9/35

14/33**

2/45

8/28*

10/45

8/29

9/29

MCC

0.3879

0.2349

0.1391

0.1806

0.1279

-0.0837

0.0809

0.1626

0.13

0.084

0.1444

Sensitivity

0.4634

0.4444

0.25

0.2571

0.4242

0.0444

0.2857

0.2222

0.2759

0.3103

0.2978

Precision

0.9048

0.6316

0.6667

0.8182

0.7

0.125

0.5333

0.6667

0.5

0.375

0.5921

CB (distance threshold = 8)

TP/PE

19/38

15/30

10/37

4/34*

18/37

4/42

7/26

10/18*

6/27

11/32

MCC

0.3947

0.3222

0.1401

0.0571

0.1664

-0.0101

0.0703

0.1832

0.0665

0.1271

0.1518

Sensitivity

0.5

0.5

0.2703

0.1176

0.4865

0.0952

0.2692

0.5556

0.2222

0.3438

0.3361

Precision

0.9048

0.7895

0.6667

0.3636

0.9

0.25

0.4667

0.6667

0.375

0.4583

0.5841