BMC Bioinformatics

Table 2 Type I error rates for gene-level GSA methods, α = 0.05

From: Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

		p = 16			p = 60			p = 100
		edgeR	DESeq	eBayes	edgeR	DESeq	eBayes	edgeR	DESeq	eBayes
N = 20	FM	0.087	0.067	0.045	0.107	0.072	0.046	0.096	0.065	0.037
	SM	0.052	0.048	0.045	0.063	0.062	0.048	0.046	0.047	0.040
	GM	0.123	0.092	0.049	0.187	0.141	0.039	0.245	0.180	0.041
N = 40	FM	0.067	0.058	0.049	0.082	0.059	0.049	0.090	0.073	0.054
	SM	0.065	0.062	0.054	0.059	0.060	0.053	0.063	0.061	0.057
	GM	0.092	0.063	0.051	0.132	0.091	0.058	0.164	0.104	0.051
N = 60	FM	0.066	0.061	0.048	0.056	0.050	0.049	0.072	0.061	0.044
	SM	0.052	0.047	0.046	0.048	0.050	0.049	0.048	0.046	0.058
	GM	0.088	0.072	0.049	0.090	0.065	0.050	0.108	0.091	0.046

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com