Skip to main content

Table 2 Type I error rates for gene-level GSA methods, α = 0.05

From: Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

   p  = 16 p  = 60 p  = 100
   edgeR DESeq eBayes edgeR DESeq eBayes edgeR DESeq eBayes
N = 20 FM 0.087 0.067 0.045 0.107 0.072 0.046 0.096 0.065 0.037
SM 0.052 0.048 0.045 0.063 0.062 0.048 0.046 0.047 0.040
GM 0.123 0.092 0.049 0.187 0.141 0.039 0.245 0.180 0.041
N = 40 FM 0.067 0.058 0.049 0.082 0.059 0.049 0.090 0.073 0.054
SM 0.065 0.062 0.054 0.059 0.060 0.053 0.063 0.061 0.057
GM 0.092 0.063 0.051 0.132 0.091 0.058 0.164 0.104 0.051
N = 60 FM 0.066 0.061 0.048 0.056 0.050 0.049 0.072 0.061 0.044
SM 0.052 0.047 0.046 0.048 0.050 0.049 0.048 0.046 0.058
GM 0.088 0.072 0.049 0.090 0.065 0.050 0.108 0.091 0.046