From: Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data
 |  | p  = 16 | p  = 60 | p  = 100 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 |  | edgeR | DESeq | eBayes | edgeR | DESeq | eBayes | edgeR | DESeq | eBayes |
N = 20 | FM | 0.087 | 0.067 | 0.045 | 0.107 | 0.072 | 0.046 | 0.096 | 0.065 | 0.037 |
SM | 0.052 | 0.048 | 0.045 | 0.063 | 0.062 | 0.048 | 0.046 | 0.047 | 0.040 | |
GM | 0.123 | 0.092 | 0.049 | 0.187 | 0.141 | 0.039 | 0.245 | 0.180 | 0.041 | |
N = 40 | FM | 0.067 | 0.058 | 0.049 | 0.082 | 0.059 | 0.049 | 0.090 | 0.073 | 0.054 |
SM | 0.065 | 0.062 | 0.054 | 0.059 | 0.060 | 0.053 | 0.063 | 0.061 | 0.057 | |
GM | 0.092 | 0.063 | 0.051 | 0.132 | 0.091 | 0.058 | 0.164 | 0.104 | 0.051 | |
N = 60 | FM | 0.066 | 0.061 | 0.048 | 0.056 | 0.050 | 0.049 | 0.072 | 0.061 | 0.044 |
SM | 0.052 | 0.047 | 0.046 | 0.048 | 0.050 | 0.049 | 0.048 | 0.046 | 0.058 | |
GM | 0.088 | 0.072 | 0.049 | 0.090 | 0.065 | 0.050 | 0.108 | 0.091 | 0.046 |