Table 4 Performance evaluation under Study II (Setting II), (G=5000, 500 DE gene) #
Method | CDE | CCDE | CCEE | FNR | FPR | FDR | FNDR |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
twocri.(γ 0=0.4) | 654.6(5.4) | 460.9(2.3) | 4306.3(5.2) | 0.078(0.005) | 0.043(0.001) | 0.295(0.006) | 0.009(0.000) |
(γ 0=0.6) | 490.0(3.9) | 434.1(2.4) | 4444.2(3.4) | 0.132(0.005) | 0.012(0.001) | 0.114(0.006) | 0.014(0.001) |
(ζ=0.05) | 415.7(5.0) | 400.6(3.5) | 4484.9(2.7) | 0.199(0.007) | 0.003(0.001) | 0.036(0.006) | 0.022(0.001) |
edgeR 1(ζ=0.05) | 420.0(8.6) | 411.7(8.4) | 4491.7(2.8) | 0.177(0.017) | 0.002(0.001) | 0.020(0.001) | 0.020(0.002) |
edgeR 2(ζ=0.05) | 399.4(10.2) | 386.3(9.8) | 4486.9(4.6) | 0.227(0.020) | 0.003(0.001) | 0.033(0.011) | 0.025(0.002) |
DESeq(ζ=0.05) | 443.6(15.9) | 409.3(15.1) | 4465.8(5.3) | 0.181(0.030) | 0.008(0.001) | 0.077(0.011) | 0.020(0.003) |
BaySeq(ζ=0.05) | 331.0(15.5) | 327.0(14.9) | 4496.0(2.2) | 0.346(0.030) | 0.001(0.000) | 0.012(0.006) | 0.037(0.003) |
NBPSeq(ζ=0.05) | 422.3(7.9) | 412.7(7.9) | 4490.4(3.1) | 0.175(0.016) | 0.002(0.001) | 0.023(0.007) | 0.019(0.002) |
EBSeq(ζ=0.05) | 332.9(14.0) | 248.4(11.1) | 4415.6(9.4) | 0.503(0.022) | 0.019(0.002) | 0.253(0.023) | 0.054(0.002) |
NOISeq(ζ=0.05) | 196.8(11.0) | 191.4(10.8) | 4494.6(2.5) | 0.617(0.022) | 0.001(0.001) | 0.028(0.013) | 0.064(0.002) |
SAMSeq(ζ=0.05) | 274.3(15.7) | 212.1(7.7) | 4437.8(10.9) | 0.576(0.015) | 0.014(0.002) | 0.226(0.029) | 0.061(0.001) |
TSPM(ζ=0.05) | 129.9(10.5) | 80.1 (8.9) | 4450.2(7.1) | 0.840(0.018) | 0.011(0.002) | 0.383(0.046) | 0.086(0.002) |