Table 2 Comparison with the different pipelining systems available
Function | TOGGLE | GATK-Queue | HugeSeq | Churchill | GotCloud | bcbio-nextgen |
|---|---|---|---|---|---|---|
Raw FASTQ Data | Y | N | N | N | N | Ya |
Reference indexing | Y | N | N | N | N | Ya |
FASTQ to final Data | Y | N | Y | Y | Y | Y |
Multiple Samples Calling | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
Modularity | Y | Y | N | N | Y | Y |
Between Sample Paralellization | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
Within Sample Parallelization | Y/Nb | Yb | Y | Y | Y | Y |
Structural Variant Analysis | N | N | N | Y | Y | N |
Annotation | Ya | Y | N | Y | Y | Y |
Scalability | Y | Y | N | Y | Y | Y |
Evolutivity | Y | Y | Y | Y | Y | Y |