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Table 2 Comparison with the different pipelining systems available

From: TOGGLE: toolbox for generic NGS analyses

Function TOGGLE GATK-Queue HugeSeq Churchill GotCloud bcbio-nextgen
Raw FASTQ Data Y N N N N Ya
Reference indexing Y N N N N Ya
FASTQ to final Data Y N Y Y Y Y
Multiple Samples Calling Y Y Y Y Y Y
Modularity Y Y N N Y Y
Between Sample Paralellization Y Y Y Y Y Y
Within Sample Parallelization Y/Nb Yb Y Y Y Y
Structural Variant Analysis N N N Y Y N
Annotation Ya Y N Y Y Y
Scalability Y Y N Y Y Y
Evolutivity Y Y Y Y Y Y
  1. Y signals that a feature is present, N is absent. Evolutivity means the possibility to add future module or functions to the system
  2. aAvailable as separated steps
  3. bDepending the considered step
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