Predicting the functions of a protein from its ability to associate with other molecules

Taha, Kamal; Yoo, Paul D.

doi:10.1186/s12859-016-0882-3

BMC Bioinformatics

Table 6 Performance of predicting the biological process annotations using randomly selected sets of training and testing proteins

From: Predicting the functions of a protein from its ability to associate with other molecules

GO Term	Average depth (level) of GO term	Number of training proteins	Number of testing protein	PPFBM			GOstruct			Text-KNN
GO Term	Average depth (level) of GO term	Number of training proteins	Number of testing protein	R	P	F	R	P	F	R	P	F
GO:0048856	4	2130	420	0.74	0.71	0.72	0.45	0.49	0.47	0.24	0.26	0.25
GO:0002009	4	633	125	0.55	0.60	0.57	0.37	0.35	0.36	0.19	0.22	0.20
GO:0072088	4	36	9	0.34	0.35	0.34	0.54	0.58	0.56	0.12	0.04	0.06
GO:0035295	4	1890	370	0.75	0.78	0.76	0.45	0.43	0.44	0.30	0.28	0.29
GO:0035239	4	1304	260	0.71	0.75	0.73	0.36	0.35	0.35	0.28	0.26	0.27
GO:0001763	4	865	173	0.66	0.65	0.65	0.43	0.45	0.44	0.20	0.24	0.22
GO:0072001	5	450	90	0.55	0.59	0.57	0.45	0.50	0.47	0.20	0.25	0.22
GO:0009653	5	1345	265	0.75	0.73	0.74	0.41	0.47	0.44	0.25	0.32	0.28
GO:0009888	5	859	171	0.66	0.67	0.66	0.35	0.39	0.37	0.18	0.23	0.20
GO:0048589	5	1828	360	0.76	0.8	0.78	0.54	0.57	0.55	0.25	0.27	0.26
GO:0060562	5	1212	240	0.71	0.74	0.72	0.43	0.47	0.45	0.23	0.27	0.25
GO:0001657	5	438	87	0.51	0.56	0.53	0.46	0.46	0.46	0.19	0.22	0.20
GO:0061138	5	792	158	0.69	0.75	0.72	0.42	0.45	0.43	0.15	0.21	0.18
GO:0060429	6	528	105	0.60	0.65	0.62	0.34	0.27	0.30	0.22	0.30	0.25
GO:0048731	6	1183	225	0.72	0.78	0.75	0.38	0.43	0.40	0.31	0.31	0.31
GO:0072009	6	86	20	0.38	0.41	0.39	0.45	0.49	0.47	0.09	0.07	0.08
GO:0001655	6	204	41	0.41	0.46	0.43	0.35	0.31	0.33	0.18	0.24	0.21
GO:0001822	6	110	30	0.39	0.48	0.43	0.37	0.41	0.39	0.19	0.15	0.17
GO:0072073	6	84	21	0.46	0.49	0.47	0.53	0.62	0.57	0.07	0.09	0.08
GO:0060560	6	1062	200	0.69	0.71	0.70	0.37	0.39	0.38	0.27	0.31	0.29
GO:0072033	6	61	13	0.29	0.33	0.31	0.48	0.55	0.51	0.09	0.2	0.12
GO:0060675	6	277	55	0.41	0.42	0.41	0.40	0.44	0.42	0.20	0.25	0.22
GO:0045165	6	1379	270	0.72	0.78	0.75	0.39	0.40	0.39	0.31	0.33	0.32
GO:0007267	6	1532	290	0.70	0.76	0.73	0.48	0.51	0.49	0.23	0.24	0.23
GO:0030154	6	1596	310	0.71	0.78	0.74	0.45	0.47	0.46	0.23	0.26	0.24
GO:0065008	6	1400	270	0.73	0.76	0.74	0.44	0.47	0.45	0.27	0.28	0.27
GO:0048754	6	687	137	0.55	0.57	0.56	0.37	0.39	0.38	0.17	0.20	0.18
GO:0009887	6	12	4	0.17	0.24	0.20	0.52	0.53	0.52	0.00	0.00	0.00
GO:0044699	6	1912	370	0.72	0.71	0.71	0.38	0.37	0.37	0.27	0.32	0.29
GO:2001141	6	1731	335	0.70	0.71	0.70	0.42	0.43	0.42	0.32	0.36	0.34
GO:0010468	6	1758	340	0.75	0.70	0.72	0.39	0.41	0.40	0.22	0.26	0.24
GO:2000112	6	1637	320	0.64	0.68	0.66	0.39	0.40	0.39	0.31	0.35	0.33
GO:0048513	7	1107	220	0.65	0.72	0.68	0.47	0.47	0.47	0.23	0.29	0.26
GO:0048729	7	465	93	0.55	0.62	0.58	0.39	0.40	0.39	0.19	0.23	0.21
GO:0001656	7	72	18	0.38	0.42	0.40	0.43	0.51	0.47	0.20	0.25	0.22
GO:0060993	7	109	21	0.39	0.42	0.40	0.42	0.43	0.42	0.16	0.23	0.19
GO:0072006	7	100	25	0.37	0.42	0.39	0.37	0.42	0.39	0.04	0.18	0.07
GO:0001658	7	402	80	0.52	0.57	0.54	0.44	0.45	0.44	0.22	0.25	0.23
GO:0061326	7	309	61	0.49	0.53	0.51	0.38	0.39	0.38	0.21	0.28	0.24
GO:0045168	7	459	91	0.79	0.82	0.80	0.43	0.45	0.44	0.23	0.23	0.23
GO:0051094	7	1768	340	0.75	0.81	0.78	0.49	0.52	0.50	0.31	0.35	0.33
GO:0051240	7	1780	340	0.76	0.79	0.77	0.44	0.44	0.44	0.28	0.32	0.30
GO:0022603	7	1850	350	0.67	0.70	0.68	0.39	0.41	0.40	0.33	0.35	0.34
GO:0072087	7	44	11	0.33	0.38	0.35	0.54	0.64	0.59	0.00	0.00	0.00
GO:0090183	7	345	69	0.50	0.56	0.53	0.43	0.42	0.42	0.22	0.29	0.25
G0:0061005	7	279	55	0.49	0.48	0.48	0.43	0.43	0.43	0.19	0.23	0.21
GO:0032835	7	338	67	0.45	0.53	0.49	0.40	0.42	0.41	0.20	0.26	0.23
GO:2000027	8	631	126	0.59	0.61	0.60	0.34	0.37	0.35	0.21	0.25	0.23
GO:0072080	8	241	48	0.40	0.43	0.41	0.36	0.36	0.36	0.21	0.23	0.22
GO:0003338	8	52	13	0.26	0.35	0.30	0.41	0.48	0.44	0.07	0.17	0.10
GO:0044767	8	1755	351	0.78	0.82	0.80	0.38	0.45	0.41	0.23	0.26	0.24
GO:0072028	8	48	12	0.36	0.38	0.37	0.42	0.54	0.47	0.00	0.00	0.00
GO:0006366	8	1840	350	0.67	0.71	0.69	0.45	0.47	0.46	0.24	0.27	0.25
GO:0006355	8	1804	350	0.51	0.55	0.53	0.38	0.39	0.38	0.30	0.29	0.29
GO:0031128	8	213	42	0.42	0.44	0.43	0.46	0.46	0.46	0.17	0.23	0.20
GO:0090184	8	1717	34	0.70	0.73	0.71	0.40	0.38	0.39	0.32	0.35	0.33
GO:0072210	8	72	18	0.39	0.46	0.42	0.45	0.46	0.45	0.00	0.00	0.00
GO:0072215	8	132	26	0.42	0.44	0.43	0.39	0.41	0.40	0.10	0.12	0.11
GO:0077273	8	199	39	0.46	0.47	0.46	0.39	0.42	0.40	0.15	0.17	0.16
GO:0072202	8	119	24	0.42	0.44	0.43	0.41	0.38	0.39	0.12	0.14	0.13
GO:0072207	8	125	25	0.41	0.45	0.43	0.33	0.41	0.37	0.09	0.12	0.10
GO:0072075	8	183	36	0.41	0.43	0.42	0.44	0.45	0.44	0.18	0.21	0.19
GO:0072170	8	108	28	0.32	0.36	0.34	0.39	0.42	0.40	0.11	0.15	0.13
GO:0072234	9	176	45	0.39	0.46	0.42	0.32	0.45	0.37	0.08	0.17	0.11
GO:0072017	9	104	20	0.38	0.47	0.42	0.40	0.45	0.42	0.15	0.19	0.17
GO:0072077	9	32	8	0.25	0.38	0.30	0.46	0.51	0.48	0.00	0.00	0.00
GO:0072078	9	148	38	0.36	0.39	0.37	0.40	0.41	0.40	0.14	0.16	0.15
GO:0072070	9	147	37	0.38	0.46	0.42	0.36	0.42	0.39	0.19	0.23	0.21
GO:0072050	9	67	15	0.38	0.45	0.41	0.40	0.38	0.39	0.14	0.07	0.09
GO:0006357	9	1992	390	0.69	0.75	0.72	0.39	0.45	0.42	0.31	0.32	0.31

The table shows the average depth (level) of each GO term in the biological process subontology and the accuracy of predicting the function of this term. R, P, and F DENOTE Recall, Precision, and F-value respectively

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com