Reduction strategies for hierarchical multi-label classification in protein function prediction

BMC Bioinformatics

Table 5 Specific-classes AUPRC values and per-level \(AU(\overline {PRC})\) for the Seq dataset

Level	Classes	HMC-LMLP-Predicted	Clus-HMC	Clus-HSC	Clus-SC	hmAnt-Miner
AUPRC values in specific classes
1	01	0.589	0.502	0.463	0.463	0.445
1	20	0.546	0.496	0.345	0.345	0.364
1	12	0.573	0.425	0.279	0.279	0.383
2	12/01	0.697	0.458	0.357	0.558	0.465
2	20/01	0.495	0.451	0.339	0.339	0.299
2	11/02	0.401	0.269	0.243	0.229	0.285
3	12/01/01	0.769	0.504	0.426	0.480	0.502
3	11/02/03	0.400	0.262	0.229	0.236	0.269
3	10/03/01	0.196	0.162	0.132	0.158	0.167
4	11/02/03/04	0.385	0.222	0.194	0.186	0.238
4	43/01/03/05	0.168	0.108	0.095	0.124	0.108
4	11/02/03/01	0.132	0.095	0.075	0.076	0.092
Per-level \(AU(\overline {PRC})\) values
1	-	0.312	0.246	0.224	0.224	0.234
2	-	0.097	0.070	0.062	0.071	0.063
3	-	0.033	0.033	0.034	0.032	0.027
4	-	0.015	0.017	0.027	0.026	0.016
5	-	0.005	0.008	0.021	0.014	0.008
6	-	0.012	0.002	0.010	0.025	0.006

ISSN: 1471-2105